データのメタデータ検索

全 696 件 (656件から660件)

件を表示

データ名 ⇅	データベース名 ⇅	DOI ⇅	説明 ⇅	データ取得方法 ⇅	解析方法 ⇅	データ詳細
参照トランスクリプトームメタデータ	カイコ参照トランスクリプトームデータ	10.18908/lsdba.nbdc02443-001	参照トランスクリプトームデータのメタデータをGTF2フォーマットにて記述してある。 GFT2フォーマットについては、以下のサイトを参照。 http://mblab.wustl.edu/GTF22.html	カイコP50T（大造）系統の5齢3日目の幼虫から、脂肪体、中腸、マルピーギ管、精巣、卵巣、前部絹糸腺、後部絹糸腺、中部絹糸腺を取り出し、さらに中部絹糸腺をさらに前、中部、後部に分けてサンプリングした。サンプリングした組織をSOGEN (NIPPON GENE, Tokyo, Japan) と SV Total RNA Isolation System (Promega, Madison, WI) を用いてtotal RNAを抽出した。Total RNAをIllimina Novaseq 6000でシーケンスした。	シーケンスした各fastqをTrimmomatic-version 0.36 で処理したのち、新規参照ゲノム配列にHisat2 version 2.1.0でマッピングしたのちstringtie version 1.3.3でassembleし各組織におけるtransciptデータを取得した。各サンプルのtransciptデータをmergeし、これを"reference transcirptome data"としgtf ファイルを得た。	データ詳細 open_in_full
組織別発現データ	カイコ参照トランスクリプトームデータ	10.18908/lsdba.nbdc02443-002	各転写産物毎の組織別発現量をtpm値で記述したデータ。	「参照トランスクリプトームメタデータ」で説明した方法で作成した参照トランスクリプトームメタデータおよび各組織別RNAseqデータ Sequence Read Archive(SRA)からダウンロードしたRNAseqデータ(DRA005094, DRA005878, DRA005094)	上記データと利用し、Kallisto ver0.44.0にてTPM値を算出した。	データ詳細 open_in_full
How-to	ゲノム解析ツールリンク集	10.18908/lsdba.nbdc01092-003	収録されているゲノム解析ツールを効果的に使用する方法を紹介している。解析の目的、全体的な操作の流れ、コマンドラインツールやWEBサービスを対象とした具体的な操作手順を示している。			データ詳細 open_in_full
カテゴリ	ゲノム解析ツールリンク集	10.18908/lsdba.nbdc01092-001	ゲノム解析ツールを解析の目的やその手法などによって3階層のカテゴリに分類したもの。データファイルは、カテゴリの構造をXMLファイル形式で表現したものになっている。			データ詳細 open_in_full
キーワード	ゲノム解析ツールリンク集	10.18908/lsdba.nbdc01092-005	各ゲノム解析ツールに割り当てられたキーワードの一覧。キーワードの簡易な説明も提供している。			データ詳細 open_in_full
データ名	データベース名	DOI	説明	データ取得方法	解析方法	データ詳細