データのメタデータ検索
| データ名 ⇅ | データベース名 ⇅ | DOI ⇅ | 説明 ⇅ | データ取得方法 ⇅ | 解析方法 ⇅ | データ詳細 |
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| Yeast Interacting Proteins DatabaseのFullデータ(オリジナル版） | Yeast Interacting Proteins Database | 10.18908/lsdba.nbdc00742-004 |
Yeast Interacting Proteins Databaseにおける全データ。 遺伝子情報（gene name, description)は論文(*1)発 表時のデータ。 データ件数は4,549件。 CSV形式のテキストファイル。 |
酵母２ハイブリッド法（Fields, S. & Song, O. K. (1989) Nature (London) 340, 245-246.） |
実験によって取得された相互作用の信頼度の指標として、酵母蛋白質とその相互作用についての文献情報等を、 YPD（Yeast Proteome Database, Costanzo, M. C., Hogan, J. D., Cusick, M. E., Davis, B. P., Fancher, A. M., Hodges, P. E., Kondu, P., Lengieza, C., Lew-Smith, J. E., Lingner, C., et al. (2000) Nucleic Acids Res. 28, 73-76.）等から収集し記載している。 |
データ詳細
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| 画像 | おもしろい糸状菌 | 10.18908/lsdba.nbdc00845-002 |
糸状菌の写真 (GIF形式)。 |
データ詳細
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| 説明 | おもしろい糸状菌 | 10.18908/lsdba.nbdc00845-001 |
海洋性の糸状菌17種について、顕微鏡写真データ名(簡易検索サイトでは画像）、学名、説明のリスト。 |
データ詳細
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| トランスクリプトームアノテーション情報（ヒト、ショウジョウバエ） | カイコ参照トランスクリプトームデータ | 10.18908/lsdba.nbdc02443-003 |
各転写産物をヒトおよびショウジョウバエの遺伝子セットをsubjectにしてBLAST検索し、トップヒットした遺伝子シンボルを割当てることでアノテーション情報を付与した。 |
Referece trasnscriptomic data に対して、Ensemble内のhuman (version GRCh38)とDrosophila melanogaster (version BDGP6.22)のprotein データセットに対して blastをしてトップヒットした遺伝子をBiomartを用いてシンボル表記に変換した。 |
Blast検索 |
データ詳細
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| 参照トランスクリプトームデータの予測アミノ酸配列 | カイコ参照トランスクリプトームデータ | 10.18908/lsdba.nbdc02443-004 |
参照トランスクリプトームデータからTranscoder (v5.5.0)を使って予測されたアミノ酸配列のマルチfasta file |
参照トランスクリプトームデータ |
Transcoder (v5.5.0) |
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| データ名 | データベース名 | DOI | 説明 | データ取得方法 | 解析方法 | データ詳細 |