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データ名 ⇅	データベース名 ⇅	DOI ⇅	説明 ⇅	データ取得方法 ⇅	解析方法 ⇅	データ詳細
DNAマーカー詳細情報	RGP gmap	10.18908/lsdba.nbdc00318-01-002	イネ連鎖地図作成に使用されたDNAマーカーの詳細情報	マップを作るための多型のDNAマーカーのソースとして、２種のcDNAクローン (カルスと根由来)、３種のゲノミッククローン (randomly selected clone, NotI-linking clone, YAC end-clone)と、RAPD (Randomly amplified polymorphic DNA) マーカーを用いました。これらは全て日本晴由来です。他にコムギと他のイネの品種由来のDNAクローン約90個も使用しました。	NotI-linking クローンは内部にNotI切断部位を持つ日本晴ゲノムのSau3AI切断DNA断片から出来ています。NotI切断部位にHygromycin耐性遺伝子を組込むことにより、ハイグロマイシン耐性クローンとして選抜されました。 NotI-linkingクローンをマッピングする場合、T3, T7, Nos, 35Sプライマーを使用して、PCR産物を作成、または、特定の制限酵素で切断したDNA断片を作成して、サザンハイブリダイゼーションを行ないます。プライマー配列は以下の通りです。 T3 5'-ATTAACCCTCACTAAAG-3' T7 5'-AATACGACTCACTATAG-3' 35S 5'-TGTGGGTTAGCATTCTTTCTG-3' Nos 5'-TTACTAGATCGGGAATTGCCA-3' ほとんどのプローブの断片長はM4とRVプライマーによるPCR産物のサイズとして表記しています。プライマー配列は以下の通りです。 M4 5'-GTTTTCCCAGTCACGAC-3' RV 5'-CAGGAAACAGCTATGAC-3' WマーカーのプローブサイズはMichael Gale博士（John Innes Centre, Norwich (英)）からの情報に基づくものです。マーカーの位置関係の解析は、MAPMAKER/EXP 3.0で行いました。	データ詳細 open_in_full
サザン画像	RGP gmap	10.18908/lsdba.nbdc00318-01-003	親世代のサザンハイブリダイゼーション画像ファイル	サザンハイブリダイゼーション	F2植物の選抜のために、以下の８種の制限酵素で処理したDNAでサザンハイブリダイゼーションを行った。制限酵素名： BamHI, BglII, EcoRV, HindIII, ApaI, DraI, EcoRI, KpnI	データ詳細 open_in_full
DNAマーカー詳細情報	RGP gmap2000	10.18908/lsdba.nbdc00318-03-002	イネ連鎖地図作成に使用したDNAマーカーの詳細情報。	地図を作るための多型DNAマーカーのソースとして、２種のcDNAクローン (カルスと根由来)、３種のゲノミッククローン (randomly selected clone, NotI-linking clone, YAC end-clone)、RAPD (Randomly amplified polymorphic DNA) マーカーを用いました。これらは全て日本晴に由来します。その他に、コムギと他のイネ品種由来のDNAクローンも使用しました。	WマーカーのプローブサイズはMichael Gale博士（John Innes Centre, Norwich (英)）からの情報に基づくものです。マーカーの位置関係の解析は、MAPMAKER/EXP 3.0で行いました。	データ詳細 open_in_full
高密度連鎖地図情報	RGP gmap2000	10.18908/lsdba.nbdc00318-03-001	イネRFLP(制限酵素断片長多型)高密度連鎖地図情報。	イネRFLP連鎖地図は以前作成した「A High-Density Rice Genetic Map 1998（高密度イネ遺伝地図1998）」のマーカーに1000近い新しいRFLPマーカーを加えた、3267のDNAマーカーを用いて構築しました。追加マーカーのRFLP分析では、プローブとして、cDNA挿入断片全体よりもcDNAの3'非翻訳領域（UTR）を多く使用しました。このような場合、マーカー名はSの文字で終わります。挿入断片の目的の領域と同様に、3'UTR（非翻訳領域）を増幅するために、ユニバーサルプライマー「M13RV」と、3'末端の配列データを使って設計し得る適切な特異的プライマーを使用しました。マーカーの命名と他の種々の詳細は「A High-Density Rice Genetic Map 1998（高密度イネ遺伝地図1998）」のデータに従っています。	表では、各染色体上での短腕のテロメア末端からの各マーカーの地図上の位置（遺伝的距離をcMで表示）、染色体番号、マーカー名、RFLP分析でプローブとして使用した挿入断片の5'末端と3'末端配列のDDBJ accession番号（入手可能な場合のみ）を表示します。マーカーの位置関係の解析は、MAPMAKER/EXP 3.0で行いました。	データ詳細 open_in_full
アイソザイムの遺伝子座リスト	RGP gmap98	10.18908/lsdba.nbdc00318-02-003	アイソザイム遺伝子として推定され、本高密度連鎖地図にマッピングされた、cDNAクローンについての情報リスト	タンパク質データベースを用いたcDNAの類似性解析より。	5'末端の300-400bpからcDNAインサートの配列を決定し、PIR (Rel.48.0)とSWISS PROT (Rel.33)で類似配列の探索を行いました。類似性スコアリングにはBLOSUM50マトリックスを使用しました。類似性検索で期待値が0.0001より小さく、スコアが最高値を示すクローンを機能的に同定されたクローンとしました。また、マップされたcDNAの塩基配列がアイソザイム遺伝子に類似性検索にてHitしたものを選抜しました。	データ詳細 open_in_full
データ名	データベース名	DOI	説明	データ取得方法	解析方法	データ詳細