| データ名 ⇅ | データベース名 ⇅ | DOI ⇅ | 説明 ⇅ | データファイル ⇅ | 簡易検索URL ⇅ | データ取得方法 ⇅ | 解析方法 ⇅ | データ件数 ⇅ | データ詳細 |
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| ORF information | KOME | 10.18908/lsdba.nbdc00120-016 |
最長ORFの情報 |
kome_orf_infomation.zip
(526 KB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/kome_orf_infomation |
完全長cDNAからORF(Open Reading Frame)を予測した時の、ORF開始位置と終端位置、及び完全長クローンに対するORFの占有率を示す。
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37,073 件 |
データ詳細
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| PIR search result | KOME | 10.18908/lsdba.nbdc00120-018 |
PIRプロテインデータベースでblastx検索した結果 |
kome_pir_search_result.zip
(29 MB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/kome_pir_search_result |
データベースはPIR Release 80.00 (December 31, 2004)を使用。 |
PIRプロテインデータベースに対して、Blastxを行った。
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1,549,409 件 |
データ詳細
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| PLACE search result | KOME | 10.18908/lsdba.nbdc00120-015 |
PLACE：シス作用調節DNAエレメントのデータベースに対してシグナル検索した結果 |
kome_place_search_result.zip
(43 MB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/kome_place_search_result |
ジャポニカ種イネゲノムデータにマッピングを行った結果を使用。
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完全長cDNAクローンの予想上流領域に対するシスエレメント解析。
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5,158,379 件 |
データ詳細
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| Product annotations | KOME | 10.18908/lsdba.nbdc00120-010 |
Genbank blastn/x の検索結果の中からタンパク質産物や機能関連で最も相同性が高いヒットを抽出した結果 |
kome_product_annotation.zip
(815 KB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/kome_product_annotation |
GenBankの塩基配列に対するblastn検索結果、及び、GenBankのアミノ酸配列に対するblastx検索結果を使用。 |
Genbankのblastn/x検索結果の中からタンパク質産物や機能関連で最も相同性が高いヒットを抽出した。
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24,184 件 |
データ詳細
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| pSort search result | KOME | 10.18908/lsdba.nbdc00120-027 |
PSORTを用いた細胞内局在予測結果 |
kome_psort_search_result.zip
(823 KB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/kome_psort_search_result |
pSort version 5.8を使用。 |
pSortを用いた細胞内局在予測を行った。 |
147,789 件 |
データ詳細
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| データ名 | データベース名 | DOI | 説明 | データファイル | 簡易検索URL | データ取得方法 | 解析方法 | データ件数 | データ詳細 |
データのメタデータ一覧