データのメタデータ一覧
| データ名 ⇅ | データベース名 ⇅ | DOI ⇅ | 説明 ⇅ | データファイル ⇅ | 簡易検索URL ⇅ | データ取得方法 ⇅ | 解析方法 ⇅ | データ件数 ⇅ | データ詳細 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CAGE peaks | FANTOM5 | 10.18908/lsdba.nbdc01389-002.V003 |
CAGE法で計測したRNA転写開始活性に関するピーク領域のデータ。 |
CAGE_peaks
(4.1 GB) |
- |
CAGE法 |
35 ファイル |
データ詳細
open_in_full
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| CAGE peaks identified as true TSS by TSS classifier | FANTOM5 | 10.18908/lsdba.nbdc01389-007.V003 |
CAGE法で測定した転写開始点の各ピークについて、近傍配列が既知TSSの特徴を持つ(TSS-like)かどうかを評価したもの。ファイル「TSS_human.bed.gz」と「TSS_mouse.bed.gz」は、同定した転写開始点のデータを含む。 |
TSS_classifier
(32 MB) |
- |
TSS Classifier（http://sourceforge.net/p/tometools/wiki/TssClassifier/） |
4 ファイル |
データ詳細
open_in_full
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| CAGE_peaks_annotation | FANTOM5 | 10.18908/lsdba.nbdc01389-010.V003 |
CAGE法で計測したヒト及びマウスのRNA転写開始活性に関するピーク領域のアノテーション情報。 |
CAGE_peaks_annotation
(195 MB) |
- |
CAGE法 |
9 ファイル |
データ詳細
open_in_full
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| DRA_accession_tables | FANTOM5 | 10.18908/lsdba.nbdc01389-014.V003 |
DRA (http://trace.ddbj.nig.ac.jp/dra/index.html)に登録されたFANTOM5サンプルデータのアクセション番号リスト。 |
fantom5_dra_accession_tables.zip
(64 KB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/fantom5_dra_accession_tables |
DRA |
3,075 件 |
データ詳細
open_in_full
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| Enhancers | FANTOM5 | 10.18908/lsdba.nbdc01389-004.V003 |
Phase1およびPhase2において、CAGE法を用いてRNAの転写量を計測し、同定したヒトおよびマウスのエンハンサーのデータ。 |
Enhancers
(160 MB) |
- |
CAGE法 |
9 ファイル |
データ詳細
open_in_full
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| データ名 | データベース名 | DOI | 説明 | データファイル | 簡易検索URL | データ取得方法 | 解析方法 | データ件数 | データ詳細 |