データのメタデータ一覧
| データ名 ⇅ | データベース名 ⇅ | DOI ⇅ | 説明 ⇅ | データファイル ⇅ | 簡易検索URL ⇅ | データ取得方法 ⇅ | 解析方法 ⇅ | データ件数 ⇅ | データ詳細 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| (reprocessed)CAGE_peaks_expression | FANTOM5 | 10.18908/lsdba.nbdc01389-012.V003 |
CAGE法で計測したヒト及びマウスのRNA転写活性に関するピーク領域の発現情報。新たな参照配列(hg38/mm10)を使って再度マッピングを行った。 |
(reprocessed)CAGE_peaks_expression (Homo sapiens)
(1.8 GB) |
- |
CAGE法 |
ヒト:7ファイル、マウス:7ファイル |
データ詳細
open_in_full
|
|
| (reprocessed)DPI_clustering | FANTOM5 | 10.18908/lsdba.nbdc01389-018.V003 |
ヒトおよびマウスの再マッピングデータ(data-8へのリンク)に対してDPI(Decomposition-based peak identification)法を用いてピークを同定した結果(BED形式ファイル)。
|
(reprocessed)DPI_clustering (Homo sapiens)
(150MB) |
- | ヒト:4ファイル、マウス:4ファイル |
データ詳細
open_in_full
|
||
| (reprocessed)Enhancers | FANTOM5 | 10.18908/lsdba.nbdc01389-017.V003 |
CAGE法を用いてRNAの転写量を計測し、同定したヒトおよびマウスのエンハンサーのデータ。新たな参照配列(hg38/mm10)を用いて解析し直した。 |
(reprocessed)enhancer (Homo sapiens)
(101MB) |
- |
CAGE法 |
ヒト:5ファイル、マウス:4ファイル |
データ詳細
open_in_full
|
|
| (reprocessed)HeliscopeCAGE sequencing, Delve mapping and CAGE TSS aggregation | FANTOM5 | 10.18908/lsdba.nbdc01389-008.V003 |
FANTOM5プロジェクトにおいて、HeliScopeCAGE法を使って得られた、 経時変化のデータおよびある時点のスナップショットのデータ。phase2.0で得られたヒト及びマウスのリード配列に対して、新たな参照配列(hg38/mm10)を使って再度マッピングを行った。
|
fantom5_rp_exp_details.zip
(240KB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/fantom5_rp_exp_details |
HeliScopeCAGE法 (http://fantom.gsc.riken.jp/protocols/heliscope.html)
|
- |
データ詳細
open_in_full
|
|
| (reprocessed)pooled_ctss | FANTOM5 | 10.18908/lsdba.nbdc01389-013.V003 |
phase1.0から2.0までに使用したヒト及びマウスの全CAGEタグ配列のマッピング情報。新たな参照配列(hg38/mm10)を使って再度マッピングを行った。 |
(reprocessed)pooled_ctss (Homo sapiens)
(6.5GB) |
- | ヒト:2ファイル、マウス:2ファイル |
データ詳細
open_in_full
|
||
| データ名 | データベース名 | DOI | 説明 | データファイル | 簡易検索URL | データ取得方法 | 解析方法 | データ件数 | データ詳細 |