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データのメタデータ一覧
全 696 件 (176件から180件)
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データ名 データベース名 DOI 説明 データファイル 簡易検索URL データ取得方法 解析方法 データ件数 データ詳細
(reprocessed)CAGE_peaks_expression FANTOM5 10.18908/lsdba.nbdc01389-012.V003

CAGE法で計測したヒト及びマウスのRNA転写活性に関するピーク領域の発現情報。新たな参照配列(hg38/mm10)を使って再度マッピングを行った。

(reprocessed)CAGE_peaks_expression (Homo sapiens)
(1.8 GB)
-

CAGE法

ヒト:7ファイル、マウス:7ファイル
データ詳細 open_in_full
(reprocessed)DPI_clustering FANTOM5 10.18908/lsdba.nbdc01389-018.V003

ヒトおよびマウスの再マッピングデータ(data-8へのリンク)に対してDPI(Decomposition-based peak identification)法を用いてピークを同定した結果(BED形式ファイル)。

*.tc.bed.gz:
オリジナルの定義によるCAGEタグのクラスタデータ。
*.tc.decompose_smoothing_merged.bed.gz:
DPIによる全てのピークデータ。
*.tc.decompose_smoothing_merged.ctssMaxCounts3.bed.gz:
ピークとして許容できるデータを抽出したもの。
*.tc.decompose_smoothing_merged.ctssMaxCounts11_ctssMaxTpm1.bed.gz:
ピークとしてより確からしいと考えられるデータ。

(reprocessed)DPI_clustering (Homo sapiens)
(150MB)
-

ヒト:4ファイル、マウス:4ファイル
データ詳細 open_in_full
(reprocessed)Enhancers FANTOM5 10.18908/lsdba.nbdc01389-017.V003

CAGE法を用いてRNAの転写量を計測し、同定したヒトおよびマウスのエンハンサーのデータ。新たな参照配列(hg38/mm10)を用いて解析し直した。

(reprocessed)enhancer (Homo sapiens)
(101MB)
-

CAGE法

ヒト:5ファイル、マウス:4ファイル
データ詳細 open_in_full
(reprocessed)HeliscopeCAGE sequencing, Delve mapping and CAGE TSS aggregation FANTOM5 10.18908/lsdba.nbdc01389-008.V003

FANTOM5プロジェクトにおいて、HeliScopeCAGE法を使って得られた、 経時変化のデータおよびある時点のスナップショットのデータ。phase2.0で得られたヒト及びマウスのリード配列に対して、新たな参照配列(hg38/mm10)を使って再度マッピングを行った。
「basic」ディレクトリに含まれる各ファイルの内容は、下記の通りである。
 
 

00_.assay_sdrf.txt:
各サンプルについての実験情報をタブ区切り形式で記載したもの。
*.bam:
リード配列を参照配列にマッピングした結果をバイナリ形式で表現したファイル (BAM形式)。
*.bam.bai:
BAM形式のファイルに対するインデックスファイル。
*.ctss.bed.gz:
CAGEタグの解析で同定した転写開始点の情報をBED形式で記載したファイル。
*.rdna.fa.gz:
リボソームDNAの配列データファイル (FASTA形式)。

 

fantom5_rp_exp_details.zip
(240KB)
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/fantom5_rp_exp_details

HeliScopeCAGE法 (http://fantom.gsc.riken.jp/protocols/heliscope.html)
Delve (ショートリード用アラインメントソフトウェア) (http://fantom.gsc.riken.jp/jp/software/)

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データ詳細 open_in_full
(reprocessed)pooled_ctss FANTOM5 10.18908/lsdba.nbdc01389-013.V003

phase1.0から2.0までに使用したヒト及びマウスの全CAGEタグ配列のマッピング情報。新たな参照配列(hg38/mm10)を使って再度マッピングを行った。

(reprocessed)pooled_ctss (Homo sapiens)
(6.5GB)
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ヒト:2ファイル、マウス:2ファイル
データ詳細 open_in_full
データ名 データベース名 DOI 説明 データファイル 簡易検索URL データ取得方法 解析方法 データ件数 データ詳細