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このデータベースについて

タンパク質結合による構造変化のデータ

データ説明
データ名
タンパク質結合による構造変化のデータ
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00400-001
データ内容の説明
タンパク質配列の相同性が90%以上で、重ね合わせたタンパク質構造の原子間の距離が20Å以上のタンパク質ペアを登録する。
データファイル
データファイル名 :
confc_all.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
14.2 KB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/confc_all
データ取得方法

タンパク質立体構造データベースPDB (Protein Data Bank)

解析方法

重ね合わせたタンパク質立体構造の二面角の変化を計算し、構造変化の大きい部位を求めるためにZ soreを計算した。

データ件数

352 件

データ詳細
項目名 項目の説明
confID

このテーブルのID

classID

構造変化のクラスの情報も含むID

index

レコードのインデックス

pdbIDA

構造比較したPDBのID(A)

pdbIDB

構造比較したPDBのID(B)

pdbChainA

構造比較したPDBのチェインID(A)

pdbChainB

構造比較したPDBのチェインID(B)

confDatafile

構造解析結果ファイル(zip形式)へのリンク

confClass

構造変化の種類(結合分子の種類)

confName

構造変化の名前(結合分子の情報)

dmax

重ね合わせたタンパク質構造の原子間距離の最大値

rmsd

重ね合わせたタンパク質構造のRMSD値

identity

タンパク質配列の一致度