マーカーはNipponbareのcDNAクローン由来のものを用いました。遺伝子座の位置は、NipponbareとKasalath間での組替え価を実験的に調べることから算出しました。マーカーの配列に対するアノテーションはタンパク質データベースを用いて推定しました。地図の図で別の位置になっているのは1174ポイントです。染色体毎に、159, 129, 148, 95, 107, 104, 88, 83, 54, 68, 79, 60の計1174です。

NipponbareとKasalathに由来する186のF2個体をmapping populationとして用いました。

マーカーは主にNipponbareの様々なcDNAライブラリーに由来しており、C、R、G、Y、L、P、T、W、B、M、VまたはTEL番号で示されるクローン名によって表示されます。マーカー名の最初の文字は、以下の通りに位置づけられたクローンのカテゴリーを示します：

• C：カルスライブラリー由来のcDNAクローン
• R：ルートライブラリからのcDNA
• G：ランダムゲノムクローン
• Y：YACエンドのクローン
• L：NotI-linkingクローン
• P：ランダム増幅多型DNA(RAPD)
• T：STSマーカー
• W：小麦クローン
• B：大麦クローン
• M：トウモロコシクローン
• TEL：テロメアに関連した配列
• S：黄化シュート(Sが10,000より小さい場合)、または緑のシュート (Sが10,000より大きい場合)由来のcDNA
• F：準同質遺伝子系統のシュート由来のcDNA
• Vと他のシンボルマーク(Ky4, Kyu08, Kyy03, SINE1_r6)：他の稲品種由来のクローン

W番号は、M.D.Gale氏（John Innes Centre、英国）によって開発されたクローンのPSR数と一致します。Vで示されるマーカーは、他の作用で分離したSINE1r6を含むゲノムとcDNAクローンの両方を含みます。クローン番号に続く文字A, B, C, Dは、それらの遺伝子座が、多重コピー配列の多型DNA断片の１つを使ったマッピングにより割り当てられたことを示しています。Yの番号の後のL, Rは、YACクローンのそれぞれ左右端を示しています。

RFLPマーカーの位置決定がコードするタンパク質の名称等はPIR (Rel.48.0)とSWISS PROT (Rel.33)での類似度から推定されたものです。

2,275 件