データベースのメタデータ検索
| データベース名称 ⇅ | DOI ⇅ | データベース分類 ⇅ | 生物種 ⇅ | 説明 ⇅ | データベースの特長・有用性・活用方法 ⇅ | 運用場所 ⇅ | 利用許諾 ⇅ |
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| GENIUS II | 10.18908/lsdba.nbdc00471-000 |
タンパク質配列データベース
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Bacteria
(2)
Archaea
(2157)
Eukaryota
(2759)
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多重媒介配列検索法（MISS法）を用いて234生物種ゲノムの全ORFを構造既知のタンパク質の立体構造に帰属したデータベースシステムです。 |
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HATODAS
(重原子データベース) |
10.18908/lsdba.nbdc00490-000.V002 |
タンパク質配列データベース-タンパク質属性
タンパク質配列データベース-タンパク質配列モチーフ、タンパク質活性部位
構造データベース-タンパク質構造
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タンパク質のＸ線結晶解析で行われる重原子化の事例を収集したデータベース |
タンパク質の配列や結晶化条件から重原子化実験に使う重原子化合物や実験条件を検討するために役立つ。 （ただしアーカイブにはインタフェイスは含まれていない。 インタフェイスは http://hatodas.harima.riken.jp/ で利用可能である。） |
独立行政法人理化学研究所 播磨研究所 放射光科学総合研究センター * オリジナルサイトでの公開を終了 |
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GRIPDB
(GPCRs Interaction Partners Database) |
10.18908/lsdba.nbdc01665-000 |
タンパク質配列データベース-タンパク質配列モチーフ、タンパク質活性部位
タンパク質配列データベース-タンパク質ファミリー別データベース
構造データベース-タンパク質構造
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Homo Sapiens
(9606)
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Gタンパク質共役型受容体同士の相互作用ペアについての情報を提供するデータベースです。実験または予測により確認された相互作用領域の情報が格納されています。ペアを構成するモノマーの立体構造上での相互作用インターフェイスの位置情報も、実験もしくは予測により提供されています。 |
相互作用のためのインターフェイスへの変異導入は、相互作用ペアの機能解析のための指針となります。インターフェイスを模倣したペプチドもしくは低分子の設計は、機能制御に利用できます。 |
産業技術総合研究所 臨海副都心センター |
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| MicrobeDB.jp | 10.18908/lsdba.nbdc01181-000.V002 |
微生物統合データベース
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Fungi
(4751)
Bacteria
(2)
Archaea
(2157)
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MicrobeDB.jpは、ゲノム情報を核として遺伝子・系統・環境等の様々な微生物学のデータをセマンティックウェブ技術を用いて統合し、幅広い分野における微生物学の知見の利用を促進することができる統合データベースです。 |
MicrobeDB.jp version 2(doi: 10.18908/lsdba.nbdc01181-000.V002)では、2013年までのデータを用いているversion 1(doi: 10.18908/lsdba.nbdc01181-000.V001)から、ゲノム・オーソログ・菌株・メタゲノム等の様々なデータを大幅に追加するとともに個々のRDFデータの構造等の改善を行いました。上記データ群は、塩基・アミノ酸配列の類似性を基準に統合化しました。また、我々のグループで開発している、生息環境や感染症などの各種オントロジーも上記データの追加にあわせて語彙の追加や構造の見直しを行い、それらのオントロジーを用いてversion 2のRDFデータをアノテーションすることで、意味の類似性を基にした統合化も行いました。すべてのデータはRDFまたはOWLによって記述されておりますので、Tripleストアにデータをロードすることで、SPARQL言語を用いて検索することができます。 |
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| Togo Picture Gallery |
画像コレクション
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生命科学分野のイラストをだれでも自由に閲覧・利用できるように無料で公開しています。 研究発表のスライド作成や資料作成等にお使いください。 |
カテゴリーとして、モデル生物、実験器具、実験装置、模式図、次世代シーケンサー、細胞、顕微鏡があり、幅広い資料にお使いいただけます。
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| データベース名称 | DOI | データベース分類 | 生物種 | 説明 | データベースの特長・有用性・活用方法 | 運用場所 | 利用許諾 |
