MicrobeDB.jp
このデータベースについて
データベースの説明
| データベース全般 | |||||||
名称
|
MicrobeDB.jp
 |
||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
名称の読み方
|
マイクローブディービージェーピー | ||||||
|
別名
|
- | ||||||
|
DOI
|
10.18908/lsdba.nbdc01181-000.V002 |
||||||
|
バージョン
|
|
||||||
|
作成者
|
作成氏名
黒川顕*  
作成者英名
Ken Kurokawa
作成者所属
国立遺伝学研究所・生命情報研究センター
作成者の文献検索
作成氏名
中村保一
作成者英名
Yasukazu Nakamura
作成者所属
国立遺伝学研究所・生命情報研究センター
作成者の文献検索
作成氏名
内山郁夫
作成者英名
Ikuo Uchiyama
作成者所属
基礎生物学研究所
作成者の文献検索
作成氏名
森宙史
作成者英名
Hiroshi Mori
作成者所属
国立遺伝学研究所・生命情報研究センター
作成者の文献検索
作成氏名
藤澤貴智
作成者英名
Takatomo Fujisawa
作成者所属
国立遺伝学研究所・生命情報研究センター
作成者の文献検索
作成氏名
千葉啓和
作成者英名
Hirokazu Chiba
作成者所属
基礎生物学研究所
作成者の文献検索
作成氏名
山本希
作成者英名
Nozomi Yamamoto
作成者所属
東京工業大学生命理工学院
作成氏名
鈴木真也
作成者英名
Shinya Suzuki
作成者所属
東京工業大学生命理工学院
作成氏名
西出浩世
作成者英名
Hiroyo Nishide
作成者所属
基礎生物学研究所
|
||||||
|
連絡先
|
〒411-8540 静岡県三島市谷田1111 国立遺伝学研究所生命情報研究センター 黒川顕 E-mail: 
|
||||||
|
データベース分類
|
微生物統合データベース |
||||||
|
生物種
|
|||||||
|
データベースの説明
|
MicrobeDB.jpは、ゲノム情報を核として遺伝子・系統・環境等の様々な微生物学のデータをセマンティックウェブ技術を用いて統合し、幅広い分野における微生物学の知見の利用を促進することができる統合データベースです。 |
||||||
|
データベースの特長・有用性・活用方法
|
MicrobeDB.jp version 2(doi: 10.18908/lsdba.nbdc01181-000.V002)では、2013年までのデータを用いているversion 1(doi: 10.18908/lsdba.nbdc01181-000.V001)から、ゲノム・オーソログ・菌株・メタゲノム等の様々なデータを大幅に追加するとともに個々のRDFデータの構造等の改善を行いました。上記データ群は、塩基・アミノ酸配列の類似性を基準に統合化しました。また、我々のグループで開発している、生息環境や感染症などの各種オントロジーも上記データの追加にあわせて語彙の追加や構造の見直しを行い、それらのオントロジーを用いてversion 2のRDFデータをアノテーションすることで、意味の類似性を基にした統合化も行いました。すべてのデータはRDFまたはOWLによって記述されておりますので、Tripleストアにデータをロードすることで、SPARQL言語を用いて検索することができます。 |
||||||
|
データベースの利用許諾
|
CC 表示-継承 詳細 | ||||||
|
予算的背景・プロジェクト
|
名称
独立行政法人科学技術振興機構 ライフサイエンスデータベース統合推進事業 統合化推進プログラム  |
||||||
|
論文等
|
-
|
||||||
| データベースのオリジナルサイト情報 | |||||||
|
データベース運用場所
|
|||||||
|
オリジナルサイト
|
http://microbedb.jp/ | ||||||
|
運用開始年月日
|
2012年12月12日 (version 1) | ||||||
|
最終更新年月日
|
2017/02/01 | ||||||
|
統括サイト
|
http://microbedb.jp/ | ||||||
|
データの一括ダウンロードサイト
|
- | ||||||
|
参照先データベース
|
NCBI RefSeq, INSDC GenBank, INSDC SRA, NBRC, JCM, NCBI BioProject, NCBI BioSample, NCBI Taxonomy, JGI GOLD, UniProt, PubMed |
||||||
|
一覧表示
|
無し | ||||||
|
クエリ検索
|
有り | ||||||
|
Webサービス
|
無し | ||||||
|
WebサービスURL
|
- | ||||||
|
ユーザ登録
|
無し | ||||||