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データベース名称 DOI データベース分類 生物種 説明 データベースの特長・有用性・活用方法 運用場所 利用許諾
TogoTV
動画コレクション

『統合TV』は、生命科学分野の有用なデータベースやツールの使い方を動画で紹介するウェブサイトです。

・はじめての方でも簡単に
DBやウェブツールに慣れていなくても、動画で操作方法を解説しています。
・無償で使えます
紹介しているほとんどのDB・ウェブツールは無償で使える有用なものです。
・コツや裏技も
基本的な使い方だけでなく、書籍やウェブサイトでは見落とされがちな、ちょっとしたコツや裏技も紹介します。
・どんな環境でも再生
YouTubeが見れるなら統合TVも視聴できます。
・初学者から本格的な研究者まで
学部生や修士課程の大学院生には、レベルに応じた解説を。 これからDBやウェブツールやツールを使い倒して実験や研究を効率的に進めたいという人には、本格的なバイオインフォマティクス解析の入門編・発展編も。
・合わせ技も可能
各番組をユーザーが必要に応じて自由に検索して組み合わせて、「合わせ技」として自在に応用可能です。 活用事例はこちらをご覧ください。
・コンテンツにDOIを付与
統合TVに掲載されているコンテンツについてご引用いただく際に、恒久的な URL として DOI (Digital Object Identifier) を使用することができます。
・AJACS講習会の資料・テキストとの連携
過去の講習会の資料・テキストと動画が「AJACS講習会資料」 で閲覧できるようになり、受講生の復習のみならず、初学者の学習教材としてご活用いただけます。
・改善を続けています
利用者の求めるものは日々変化するため、データベースの開発・構築が完結することはありません。 統合TVも、利用者の要望に柔軟に対応しながら、有用なデータベースのひとつとなるように改良し続けています。例えば、動画をすべて再生しなくともおおよその内容がわかるダイジェストの導入やご引用いただく際に便利なDOIの付与、AJACS講習会テキストとの連携など、日々進化しています。

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抗体医薬品データベース 10.18908/lsdba.nbdc01651-000
抗体医薬品

バイオ医薬品として知られる抗体医薬品に着眼し、承認薬や臨床試験における第I相試験(フェーズ I)から第III相試験(フェーズ III)の3段階の治験段階の情報を表示し、データベースとしてまとめた。

現在開発中の抗体医薬品を含め、主な適応疾患ターゲットタンパク質や適応疾患と関連するパスウェイ情報をまとめている。また抗体医薬品とDrugBankやPDBデータとのID連携を可能としている。

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SKIP幹細胞情報データベース
(ヒト幹細胞情報化推進事業 Stemcell Knowledge & Information Portal)
10.18908/lsdba.nbdc01524-000
ヒト遺伝子/疾患
幹細胞情報
論文情報
Homo sapiens (9606)

SKIP(Stemcell Knowledge & Information Portal)は幹細胞に関する情報を集約したポータルサイトです。 幹細胞を用いた研究や医療の最新情報への入り口を提供するサイトです。社会と協調した幹細胞研究・再生医療研究の活性化を目指し、様々な情報やサービスをご提供しています。

世界中の幹細胞情報を簡単検索 理研BRC、医薬基盤研、Coriell、ATCCなどに登録されている細胞情報や、大学の研究室で作製された細胞情報をOne Stop検索できます。

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PGDBj - オルソログデータベース
(Plant Genome Database Japan - Ortholog Database)
10.18908/lsdba.nbdc01194-02-000.V002
タンパク質配列データベース-タンパク質ドメインデータベース、タンパク質分類
Viridiplantae (33090)
Cyanobacteria (1117)

「オルソログ」とは、共通の祖先遺伝子から種分岐に伴って派生した遺伝子間の対応関係、もしくは、そのような対応関係にある遺伝子群を指し、生物種間のシンテニーに基づいたゲノム進化や遺伝子機能を推定する上で重要な手掛かりとなります。PGDBjオルソログDBは、異なる生物種間におけるアミノ酸配列の類似性に基づいた遺伝子のオルソログ情報を蓄積したデータベースです。現在、緑色植物40種とラン藻213種のオルソログ情報が含まれています。

PGDBjオルソログDBは、生物種間の進化系統を反映させた階層的なデータベースであり、生物種間の「ハブ」として国内外の様々な植物ゲノムデータベースが連結されています。これにより、利用者が本DBに対して入力したキーワードやアミノ酸配列に基づいて、生物種や系統群を超えたデータの検索が可能であり、モデル植物から作物を含む多様な生物種における遺伝子の機能や特性に関する情報を一度に取得することができます。

かずさDNA研究所

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シロイヌナズナフェノームデータベース 10.18908/lsdba.nbdc01509-000
植物データベース-シロイヌナズナ
Arabidopsis thaliana (3702)

シロイヌナズナの表現型は、遺伝的・環境的・実験的要因に対する主要な実験植物の全ての応答性を内包しています。今日、膨大な文献情報が蓄積され、これらは基礎研究分野、応用研究分野のいずれにおいても植物オミックス研究の発展に不可欠なリソースになっています。研究実験の発展のためには、変異株のようなバイオリソース情報と表現型を結び付けることも重要です。しかしながら、文献情報における表記のゆらぎがその効果的な活用を妨げています。 私たちは、新たなシロイヌナズナフェノームデータベースを開発しました。このデータベースは、下記の2つのデータベースから構成されています。
・理研シロイヌナズナ変異株フェノーム
利用者が関心のある表現型を使って、理研で作成された変異株を検索できます。研究実験に有用な試料を探すことができます。
・文献由来植物フェノーム
公刊された文献から人手でキュレーションしたシロイヌナズナの表現型をまとめており、表現型からゲノム、ゲノムから表現型を連関させる研究の実現を容易にします。

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