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データベース名称 DOI データベース分類 生物種 説明 データベースの特長・有用性・活用方法 運用場所 利用許諾
Gclust Server 10.18908/lsdba.nbdc00464-000
タンパク質配列データベース

95生物種のタンパク質の総当たりBlast検索の結果得られたクラスタのデータベース

比較する全生物種の全タンパク質の総当たりBLASTの結果に基づいて,類似度の閾値を自動的に設定しながら, 相同タンパク質の分類を行うのがGclustの特徴である。また,機能未知タンパク質についても相同クラスタができるため, 注目する生物群に特有の相同クラスタを見つけることにより, それら生物群に固有の生理機能にかかわるタンパク質を発見する手がかりを与えることができる(系統プロファイリング)。 Gclustデータベースは系統プロファイルによる検索を可能にした相同タンパク質データベースである。

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Budding yeast cDNA sequencing project 10.18908/lsdba.nbdc00838-000
ゲノムデータベース(脊椎動物以外)-真菌ゲノムデータベース
Saccharomyces cerevisiae (4932)

Vector-capping methodによる出芽酵母完全長cDNAライブラリーから作成した完全長cDNAクローンの5'末端配列、及びPhredソフトウェアによる配列クオリティ値

Vector-capping methodによってcDNAの5'端の完全性が確認可能であるから、ゲノムにマッピングすることによって、正確な転写開始点を知ることができる。

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Yeast Interacting Proteins Database 10.18908/lsdba.nbdc00742-000
代謝系/シグナル伝達系パスウェイ-タンパク質相互作用
Saccharomyces cerevisiae (4932)

出芽酵母タンパク質に対する網羅的酵母2ハイブリッド解析によって得られた相互作用およびそれに関する付随する情報。

出芽酵母の網羅的酵母2ハイブリッド解析によって得られたタンパク質間相互作用データを、 信頼性の推定に有用な情報とともに検索できる。

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DMPD
(Dynamic Macrophage Pathway CSML Database)
10.18908/lsdba.nbdc00558-000
代謝系/シグナル伝達系パスウェイ
Homo sapiens (9606)
Mammalia (40674)

マクロファージに対する LPS 及び PMA 刺激に関連する文献キュレーションを行い、動的なシミュレーションができる CSML 形式の転写制御・シグナル伝達パスウェイモデルを集積したデータベース

【特徴】
マクロファージの分化、活性化に関しての200あまりの重要な文献から、同制御にかかわるパスウェイをXML形式の1つCSMLフォーマットで抽出した、 世界最大のパスウェイシミュレーションモデルデータベースです。
【有用性・活用方法】
CSML形式は、システムバイオロジーのソフトウェアの1つ、セルイラストレータで編集、シミュレーションが可能です。マクロファージ関連の研究をおこ なっている研究者は、関連するモデルを検索してさらにそのパスウェイをカスタマイズして利用することが可能です。また、1つのパスウェイの一部を取り出し て利用したり、複数のパスウェイを編集・統合してより大きなパスウェイモデルとして利用することもできます。 また、各モデルはPNGなどの画像でも公開しているため一般的なブラウザでもパスウェイの概要を把握することができます。

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Arabidopsis thaliana EST index 10.18908/lsdba.nbdc00364-000
植物データベース-シロイヌナズナ
Arabidopsis thaliana (3702)

かずさDNA研究所で決定したシロイヌナズナのEST配列と、それらの配列とNCBI nrデータベースとの間で行ったblastx検索の結果

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かずさDNA 研究所 植物ゲノム研究部

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