データベースのメタデータ検索
| データベース名称 ⇅ | DOI ⇅ | データベース分類 ⇅ | 生物種 ⇅ | 説明 ⇅ | データベースの特長・有用性・活用方法 ⇅ | 運用場所 ⇅ | 利用許諾 ⇅ |
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| Atlas (ISH Data Base) | 10.18908/lsdba.nbdc00373-000 |
マイクロアレイデータ、その他の発現データのデータベース
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Dictyostelium discoideum
(44689)
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Dictyostelium discoideum cDNAクローンについて、 Whole-mount in situ hybridization に基づく空間的遺伝子発現情報を収録したもの。 |
シンプルな発生・分化をすることでモデル生物として利用されているDictyostelium discoideumの発生期に発現する遺伝子について局在データを示すことにより、それらの遺伝子機能について推察することができる。 また、部位特異的な遺伝子についてDicty_cDBへのリンクから遺伝子の構造とアノテーション情報を得ることができる。 |
筑波大学 大学院生命環境科学研究科 遺伝情報学 発生・ゲノム情報 |
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GETDB
(Gal4 Enhancer Trap Insertion Database) |
10.18908/lsdba.nbdc00236-000 |
ゲノムデータベース（無脊椎動物）-無脊椎動物ゲノムデータベース
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Drosophila melanogaster
(7227)
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ショウジョウバエにおいてGal4-UAS法に基づくエンハンサートラップ系統をNPコンソーシアムとして約４６００の挿入系統を作成し、 それらのすべてについてエンハンサー活性を胚および幼虫において検定した。 また挿入位置をゲノム配列上にマップして遺伝子との対応関係を２１５７カ所の独立したサイトについて明らかにした。 本データベースはGal4エンハンサートラップ系統の挿入位置とエンハンサー活性のパターンをまとめたデータベースとして公開されている。 |
系統については国立遺伝学研究所と京都工芸繊維大学ショウジョウバエ遺伝資源センターにおいて維持、配布されている。 |
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WorTS
(Worm TS mutant database) |
10.18908/lsdba.nbdc01139-000 |
その他の分子生物学データベース
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Caenorhabditis elegans
(6239)
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表現型および遺伝子名から検索可能な線虫の胚発生致死温度感受性変異株のデータベース。 変異株毎に、遺伝子名等の一般的な情報、及び変異情報、表現型の情報等を格納している。エントリー数150。 |
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大阪大学 微生物病研究所 細胞機能分野 |
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AcEST
(Adiantum capillus-veneris EST) |
10.18908/lsdba.nbdc00839-000 |
塩基配列データベース
植物データベース-その他の植物
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Adiantum capillus-veneris
(13818)
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首都大学東京で決定したホウライシダのESTシーケンスと、それらのシーケンスとUniProtKB/Swiss-Prot、TrEMBLデータベースと の間で行ったblastx検索の結果をデータベース化したものである。これまで、様々な植物ゲノム解析が進められているが、陸上植物(種子、シダ、コケ植物)の中でシダ植物のゲノムに関する研究は発展していない。そこで光形態形成に関する研究に用いられてきたホウライシダ(Adiantum capillus-veneris)をシダのモデル植物として位置づけるために、 EST配列の解析を行った。 |
AcESTはホウライシダ(Adiantum capillus-veneris)のEST配列データ約3万件に二次情報を追加したデータベースである。シダ植物の新規遺伝子を探索するために活用することが可能であり、遺伝子の進化の解明やシダ植物特異的な遺伝子情報の収集をすることが出来る。 |
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Dicty_cDB
(Dictyostelium cDNA Database) |
10.18908/lsdba.nbdc00419-000 |
単細胞真核生物ゲノムデータベース
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Dictyostelium discoideum
(44689)
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Dicty_cDBは、社会性アメーバとして知られる細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのEST解析によって得られた配列一次情報にさまざまな二次情報を追加して公開している遺伝子情報データベースである。 このデータベースは、 細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのcDNA大規模解析（Dictyostelium cDNA Project in Japan）の成果である。 |
D. discoideumの全ESTとアセンブリによって得られたUniGeneついて塩基配列とBLAST検察結果等を表示してある。 クローンそのものはNBRPから配布されている（http://nenkin.lab.nig.ac.jp/）。 |
筑波大学 大学院生命環境科学研究科 遺伝情報学 発生・ゲノム情報 |
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| データベース名称 | DOI | データベース分類 | 生物種 | 説明 | データベースの特長・有用性・活用方法 | 運用場所 | 利用許諾 |