データベースのメタデータ検索
| データベース名称 ⇅ | DOI ⇅ | データベース分類 ⇅ | 生物種 ⇅ | 説明 ⇅ | データベースの特長・有用性・活用方法 ⇅ | 運用場所 ⇅ | 利用許諾 ⇅ |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Webリソースポータルサイト | 10.18908/lsdba.nbdc01091-000 |
カタログ
|
バイオインフォマティクス解析に役立つツールやワークフローなどのリソース情報をまとめたサイト。 |
解析ツールやワークフローが処理要素、分野、文献により階層分類されており、目的のツールやワークフローを探し出すことができる。 |
CC 表示-継承 | ||
|
eSOL
(Solubility database of all E.coli proteins) |
10.18908/lsdba.nbdc00440-000 |
タンパク質配列データベース-タンパク質属性
|
Escherichia coli
(562)
|
再構築型の試験管内タンパク質合成系を用いて、大腸菌の全てのタンパク質を発現させた際の凝集の度合い(可溶率)と合成量をまとめたデータベース。788個の凝集性タンパク質に対しては、2012年5月に分子シャペロンの凝集抑制効果データが追加されている。
|
PURE systemは再構築型でありシャペロンの混入が全くないため、合成されたタンパク質自体の可溶率やシャペロンの効果を正確に測ることができる。データはタンパク質のフォールディングの研究の基礎になるとともに、タンパク質の発現を用いる様々な研究・産業の計画・効率化に役立つと考えられる。 |
文部科学省 ターゲットタンパク研究プログラム |
CC 表示-継承 |
| tRNADB-CE | 10.18908/lsdba.nbdc00720-000 |
RNA配列データベース
|
エキスパートが精査を加えた、世界的に最も精度が高いtRNA遺伝子データベースで、 シニア世代研究者の専門知識の活用と次世代への知識継承の一つのモデルケースとして、 長浜バイオ大学で行っている取り組みの産物です。 具体的には、既存の複数のtRNA遺伝子検索プログラムを用いて、 塩基配列の解読された原核生物・真核生物・ウイルスのゲノムや環境由来DNA配列からtRNA遺伝子の網羅的検索を行い、 プログラム間で相違のあるケースについては、エキスパートがマニュアルにより精査しています。 |
|
CC 表示-継承 | ||
|
GDBS
(Gene Diversity DataBase System) |
10.18908/lsdba.nbdc00070-000 |
ヒト遺伝子/疾患-多型データベース全般
|
Homo sapiens
(9606)
|
NEDO遺伝子多様性モデル解析事業(http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/show/lsdb_project/19)において実施された、自己免疫疾患（関節リウマチ、尋常性乾癬）及び摂食障害に関連するSNPsを同定するためのタイピングデータ。実験の進行順に以下の３種類のタイピングデータが公開されている。
|
モデル疾患として選択した多因子性疾患について収集した遺伝子多型情報（JBIRCで収集し実験で多型性を確認したマイクロサテライト等）の2つのデータ ベースと疾患関連遺伝子を同定する実験・解析フロー（各種の検定、連鎖不平衡係数推定、集団のハプロタイプ頻度推定、ハプロタイプ組合せ分布推定等）のた めの7つの解析ツールである。Web上の解析サービスは平成19年3月で終了しました。解析ソフトウェアダウンロードサービスは利用可能である。 |
産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター |
CC 表示-継承 |
|
ClEST
(トコジラミ器官ESTデータベース) |
10.18908/lsdba.nbdc01137-000 |
塩基配列データベース
|
Cimex lectularius
(79782)
|
トコジラミCimex leculariusのさまざまな器官や体全体に発現する遺伝子配列（EST)のデータベース |
トコジラミはヒトなどの温血動物を吸血する害虫である。この昆虫は体内に栄養相利共生細菌Wolbachiaを保持していたり、外傷的交尾と呼ばれる奇抜な交尾行動をとる。トコジラミ属では菌細胞塊を共生維持のために、Spermalegeを外傷的交尾行動のためにそれぞれ進化させてきた。本データベースはこれらのユニークな器官のESTを扱い、基礎的な遺伝学的情報が進化生物学のみならず、医学・衛生学分野において応用されることが期待できる。 |
CC 表示-継承 | |
| データベース名称 | DOI | データベース分類 | 生物種 | 説明 | データベースの特長・有用性・活用方法 | 運用場所 | 利用許諾 |