データベースの説明

データベース全般
名称	tRNADB-CE
名称の読み方	ティーアールエヌエーディービー　シーイー
別名	-
DOI	10.18908/lsdba.nbdc00720-000
作成者	作成氏名阿部貴志* 作成者英名 Takashi Abe 作成者所属新潟大学大学院自然科学研究科作成氏名池村淑道作成者英名 Toshimichi Ikemura 作成者所属長浜バイオ大学生体分子情報学研究室作成氏名菅原潤一作成者英名 Junichi Sugawara 作成者所属慶應義塾大学作成氏名金井昭夫作成者英名 Akio Kanai 作成者所属慶應義塾大学作成氏名小原康雄作成者英名 Yasuo Ohara 作成者所属長浜バイオ大学生体分子情報学研究室作成氏名上原啓史作成者英名 Hiroshi Uehara 作成者所属長浜バイオ大学生体分子情報学研究室作成氏名木ノ内誠作成者英名 Makoto Kinouchi 作成者所属山形大学作成氏名金谷重彦作成者英名 Shigehiko Kanaya 作成者所属奈良先端科学技術大学院大学作成氏名山田優子作成者英名 Yuko Yamada 作成者所属長浜バイオ大学生体分子情報学研究室作成氏名武藤昱作成者英名 Akira Muto 作成者所属弘前大学作成氏名井口八郎作成者英名 Hachiro Inokuchi 作成者所属長浜バイオ大学生体分子情報学研究室
連絡先	E-mail :
データベース分類	RNA配列データベース
データベースの説明	エキスパートが精査を加えた、世界的に最も精度が高いtRNA遺伝子データベースで、シニア世代研究者の専門知識の活用と次世代への知識継承の一つのモデルケースとして、長浜バイオ大学で行っている取り組みの産物です。具体的には、既存の複数のtRNA遺伝子検索プログラムを用いて、塩基配列の解読された原核生物・真核生物・ウイルスのゲノムや環境由来DNA配列からtRNA遺伝子の網羅的検索を行い、プログラム間で相違のあるケースについては、エキスパートがマニュアルにより精査しています。
データベースの特長・有用性・活用方法	バクテリアと古細菌の1625 の完全長ゲノムや2993 のドラフトゲノム、151 のウイルスの完全長ゲノム、121 の葉緑体の完全長ゲノム、12 の真核生物(植物と菌類)の完全長ゲノム、約2 億3000 万の環境由来DNA 配列を対象に、tRNA 遺伝子の網羅的な探索を行って構築。 tRNA 遺伝子の探査は、3 種の予測プログラム（tRNAScan-SE, Aragorn, tRNAfinder）を併用し、予測結果が一致しない場合には、エキスパートによる精査を行っている。生物種ごとにコドン使用頻度とtRNA 遺伝子数との関係を閲覧することができ、メジャー isoaccepting tRNA が解読するコドン(適合コドン)やマイナーtRNA が解読するコドン(不適合コドン) が調べられる。
データベースの利用許諾	CC 表示-継承詳細
予算的背景・プロジェクト	名称文部科学省「ライフサイエンス統合データベース」プロジェクト
論文等	文献名 tRNADB-CE: tRNA gene database curated manually by experts. 著者名 Abe T, Ikemura T, Ohara Y, Uehara H, Kinouchi M, Kanaya S, Yamada Y, Muto A, Inokuchi H. 雑誌名/掲載年月/号 Nucleic Acids Res. 2009 Jan;37(Database issue):D163-8. 外部リンク文献名 tRNADB-CE 2011: tRNA gene database curated manually by experts. 著者名 Abe T, Ikemura T, Sugahara J, Kanai A, Ohara Y, Uehara H, Kinouchi M, Kanaya S, Yamada Y, Muto A, Inokuchi H. 雑誌名/掲載年月/号 Nucleic Acids Res. 2011 Jan;39(Database issue):D210-3. 外部リンク
データベースのオリジナルサイト情報
データベース運用場所	新潟大学工学部情報工学科バイオインフォマティクス研究室
オリジナルサイト	http://trna.ie.niigata-u.ac.jp/
運用開始年月日	2008/7/1
最終更新年月日	2012/7/23
統括サイト	-
データの一括ダウンロードサイト	http://trna.ie.niigata-u.ac.jp/
参照先データベース	DDBJ/EMBL/GENBANK
一覧表示	有り
クエリ検索	有り
Webサービス	無し
WebサービスURL	-
ユーザ登録	無し