データベースの説明

データベース全般

名称:

tRNADB-CE

読み方:

ティーアールエヌエーディービー　シーイー

別名:

作成者:

作成者氏名:	阿部貴志*
英名:	Takashi Abe
所属:	新潟大学大学院自然科学研究科

作成者氏名:	池村淑道
英名:	Toshimichi Ikemura
所属:	長浜バイオ大学生体分子情報学研究室

作成者氏名:	菅原潤一
英名:	Junichi Sugawara
所属:	慶應義塾大学

作成者氏名:	金井昭夫
英名:	Akio Kanai
所属:	慶應義塾大学

作成者氏名:	小原康雄
英名:	Yasuo Ohara
所属:	長浜バイオ大学生体分子情報学研究室

作成者氏名:	上原啓史
英名:	Hiroshi Uehara
所属:	長浜バイオ大学生体分子情報学研究室

作成者氏名:	木ノ内誠
英名:	Makoto Kinouchi
所属:	山形大学

作成者氏名:	金谷重彦
英名:	Shigehiko Kanaya
所属:	奈良先端科学技術大学院大学

作成者氏名:	山田優子
英名:	Yuko Yamada
所属:	長浜バイオ大学生体分子情報学研究室

作成者氏名:	武藤昱
英名:	Akira Muto
所属:	弘前大学

作成者氏名:	井口八郎
英名:	Hachiro Inokuchi
所属:	長浜バイオ大学生体分子情報学研究室

連絡先:

E-mail :

データベース分類:

RNA配列データベース

生物種:

原核生物

説明:

エキスパートが精査を加えた、世界的に最も精度が高いtRNA遺伝子データベースで、シニア世代研究者の専門知識の活用と次世代への知識継承の一つのモデルケースとして、長浜バイオ大学で行っている取り組みの産物です。具体的には、既存の複数のtRNA遺伝子検索プログラムを用いて、塩基配列の解読されたほぼ全ての原核生物ゲノムからtRNA遺伝子の網羅的検索を行い、プログラム間で相違のあるケースについては、エキスパートがマニュアルにより精査しています。

データベースの特長・有用性・活用方法:

バクテリアの740 の完全長ゲノムや616 のドラフトゲノム、約1500 万の環境由来DNA 配列を対象に、tRNA 遺伝子の網羅的な探索を行って構築。
tRNA 遺伝子の探査は、3 種の予測プログラム（tRNAScan-SE, Aragorn, tRNAfinder）を併用し、予測結果が一致しない場合には、エキスパートによる精査を行っている。
生物種ごとにコドン使用頻度とtRNA 遺伝子数との関係を閲覧することができ、メジャー isoaccepting tRNA が解読するコドン(適合コドン)やマイナーtRNA が解読するコドン(不適合コドン) が調べられる。

予算的背景・プロジェクト:

文部科学省「ライフサイエンス統合データベース」プロジェクト

論文等:

文献名:	tRNADB-CE: tRNA gene database curated manually by experts.
著者名:	Abe T, Ikemura T, Ohara Y, Uehara H, Kinouchi M, Kanaya S, Yamada Y, Muto A, Inokuchi H.
雑誌名/掲載年月/号:	Nucleic Acids Res. 2009 Jan;37(Database issue):D163-8.
Pubmed ID:	18842632

データベースのオリジナルサイト情報

データベース運用場所:

長浜バイオ大学生体分子情報学研究室

オリジナルサイト:

http://trna.nagahama-i-bio.ac.jp/

運用開始年月日:

2008/7/1

最終更新年月日:

2009/08/18

統括サイト:

http://lifesciencedb.jp/

データの一括ダウンロードサイト:

http://trna.nagahama-i-bio.ac.jp/cgi-bin/trnadb/index.cgi

参照先データベース:

DDBJ/EMBL/GENBANK

一覧表示:

有り

クエリ検索:

有り

Webサービス:

無し

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