データベースの説明

データベース全般
名称	eSOL
名称の読み方	イーソル
別名	Solubility database of all E.coli proteins
DOI	10.18908/lsdba.nbdc00440-000
作成者	作成氏名丹羽達也作成者英名 Tatsuya Niwa 作成者所属東京工業大学大学院生命理工学研究科生体分子機能工学専攻作成氏名菅原秀明作成者英名 Hideaki Sugawara 作成者所属国立遺伝学研究所データベース運用開発プロジェクト作成氏名上田卓也作成者英名 Takuya Ueda 作成者所属東京大学大学院新領域創成科学研究科メディカルゲノム専攻作成氏名田口英樹* 作成者英名 Hideki Taguchi 作成者所属東京工業大学大学院生命理工学研究科生体分子機能工学専攻
連絡先	東京工業大学大学院生命理工学研究科生体分子機能工学専攻田口英樹（Hideki Taguchi） E-mail: Tel.: 045-924-5785
データベース分類	タンパク質配列データベース-タンパク質属性
生物種	Taxonomy Name Escherichia coli Taxonomy ID 562
データベースの説明	再構築型の試験管内タンパク質合成系を用いて、大腸菌の全てのタンパク質を発現させた際の凝集の度合い(可溶率)と合成量をまとめたデータベース。788個の凝集性タンパク質に対しては、2012年5月に分子シャペロンの凝集抑制効果データが追加されている。大腸菌K-12株の全遺伝子のライブラリーであるASKAライブラリー（Kitagawa et al. 2005）のプラスミドから、PCR反応によって各遺伝子断片を増幅し、試験管内タンパク質合成系PURE systemを用いてタンパク質を合成して、遠心分離前後のSDS-PAGEとオートラジオグラフィーで可溶率を求めている。凝集性タンパク質（シャペロンなし可溶率が30%以下のものとして定義）に対しては、タンパク質合成時に大腸菌の主要なシャペロンであるTrigger Factor (TF), DnaK/DnaJ/GrpE (KJE), GroEL/ES (GroE) をそれぞれ個別に加え、各シャペロンによる可溶率の変化を調べている。
データベースの特長・有用性・活用方法	PURE systemは再構築型でありシャペロンの混入が全くないため、合成されたタンパク質自体の可溶率やシャペロンの効果を正確に測ることができる。データはタンパク質のフォールディングの研究の基礎になるとともに、タンパク質の発現を用いる様々な研究・産業の計画・効率化に役立つと考えられる。
データベースの利用許諾	CC 表示-継承詳細
予算的背景・プロジェクト	名称文部科学省科学研究費補助金　特定領域研究　「生体ナノシステムの制御」<a href="http://kaken.nii.ac.jp/d/p/17049009.ja.html" target="_blank">17049009</a>、<a href="http://kaken.nii.ac.jp/d/p/19037007.ja.html" target="_blank">19037007</a>、「タンパク質の社会」<a href="http://kaken.nii.ac.jp/d/p/19058002.ja.html" target="_blank">19058002</a> 名称文部科学省科学研究費補助金　研究活動スタート支援　<a href="http://kaken.nii.ac.jp/d/p/22870010.ja.html" target="_blank">22870010</a> 名称文部科学省科学研究費補助金　基盤研究(A)　<a href="http://kaken.nii.ac.jp/d/p/18201040.ja.html" target="_blank">18201040</a> 名称文部科学省ターゲットタンパク研究プログラム　技術開発分野　「生産」領域<a href="http://www.tanpaku.org/td_production/ppc1.php" target="_blank">PPC1</a>、「情報プラットフォーム」領域<a href="http://www.tanpaku.org/td_platform/ipc1.php" target="_blank">IPC1</a>
論文等	文献名 Global analysis of chaperone effects using a reconstituted cell-free translation system. 著者名 Niwa T, Kanamori T, Ueda T, Taguchi H. 雑誌名/掲載年月/号 Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Jun 5;109(23):8937-42. 外部リンク文献名 Bimodal protein solubility distribution revealed by an aggregation analysis of the entire ensemble of Escherichia coli proteins. 著者名 Niwa T, Ying BW, Saito K, Jin W, Takada S, Ueda T, Taguchi H. 雑誌名/掲載年月/号 Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 Mar 17;106(11):4201-6. 外部リンク
データベースのオリジナルサイト情報
データベース運用場所	文部科学省ターゲットタンパク研究プログラム
オリジナルサイト	http://www.tanpaku.org/tp-esol/
運用開始年月日	2009/06/18
最終更新年月日	2012/05/02
統括サイト	http://www.tanpaku.org/
データの一括ダウンロードサイト	http://www.tanpaku.org/tp-esol/download.php
参照先データベース	GenoBase
一覧表示	無し
クエリ検索	有り
Webサービス	無し
WebサービスURL	-
ユーザ登録	無し