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データ名 データベース名 DOI 説明 データ取得方法 解析方法 データ詳細
日化辞と他のDBのリンク情報のRDFデータ(PubChem由来) NBDC Nikkaji RDF 10.18908/lsdba.nbdc01530-02-007.V011

日化辞の個々の化合物とPubChemのSubstance、CompoundおよびGlyTouCan (https://glytoucan.org/)の化合物の対応関係をskos:exactMatchやskos:closeMatchを用いて記述したRDFデータ。このデータはBioHackathon 2015 (http://2015.biohackathon.org/hackathon)の成果の1つです。

このデータはPubChem Upload (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/upload/)のサービスを使って収集した日化辞化合物とPubChem substance, compoundのマッピングデータから作成。

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日化辞と他のDBのリンク情報のRDFデータ(UniChem由来) NBDC Nikkaji RDF 10.18908/lsdba.nbdc01530-02-006.V011

InChIKeyの情報に基づき化合物データベース間の化合物IDのマッピング情報を提供しているUniChem(https://www.ebi.ac.uk/unichem/)のデータを活用し、日化辞化合物と他のデータベース*で収録されている化合物との対応関係をskos:closeMatchを用いて記述したRDFデータ。
*: ChEMBL, DrugBank, PDB, Guide to Pharmacology, KEGG, ChEBI, ZINC, Gene Expression Atlas, PharmGKB, Human Metabolome Database (HMDB), PubChem, NMRShiftDB, Aggregated Computational Toxicology Resource (ACToR), BindingDB, KNApSAcK.

このデータはUniChemのFTPサイト(ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/chembl/UniChem/)でダウンロードした日化辞化合物と他の化合物データベースの化合物のマッピングデータから作成。KNApSAcK (http://kanaya.naist.jp/KNApSAcK/)のマッピングデータは、KNApSAcKが提供するInChIKeyから生成。

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日化辞のInChIのRDFデータ NBDC Nikkaji RDF 10.18908/lsdba.nbdc01530-02-002.V011

日化辞番号(日化辞の化学物質のID)とInChIおよびInChIKeyの関係のRDFデータ。日化辞のコアデータのRDFデータと組み合わせて使うことをお薦めします。

InChIおよびInChIKeyはJ-GLOBALより取得しています。日化辞に登録されている化合物のうち「物質タイプ:構造情報あり」の化合物のみを対象とします。

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日化辞のMOL/SDFのRDFデータ NBDC Nikkaji RDF 10.18908/lsdba.nbdc01530-02-009.V011

日化辞番号(日化辞の化学物質のID)とMOL/SDF情報(MOL/SDFファイルの内容をURLエンコードした文字列)の関係のRDFデータ。Chemical Information Ontology(CHEMINF)やSemanticscience Integrated Ontology(SIO)などのオントロジーを使用。日化辞のコアデータのRDFデータと組み合わせて使うことをお薦めします。

MOL/SDF情報はJ-GLOBALより取得しています。日化辞に登録されている化合物のうち「物質タイプ:構造情報あり」の化合物のみを対象とします。

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日化辞のSMILESのRDFデータ NBDC Nikkaji RDF 10.18908/lsdba.nbdc01530-02-003.V011

日化辞番号(日化辞の化学物質のID)とCanonical SMILESの関係のRDFデータ。Chemical Information Ontology(CHEMINF)やSemanticscience Integrated Ontology(SIO)などのオントロジーを使用。日化辞のコアデータのRDFデータと組み合わせて使うことをお薦めします。

Canonical SMILESはJ-GLOBALより取得しています。日化辞に登録されている化合物のうち「物質タイプ:構造情報あり」の化合物のみを対象とします。

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データ名 データベース名 DOI 説明 データ取得方法 解析方法 データ詳細