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データ名 データベース名 DOI 説明 データ取得方法 解析方法 データ詳細
Summary_CAGEScan FANTOM5 10.18908/lsdba.nbdc01389-016.V003

CAGEscan法による実験結果のサマリを核酸配列ライブラリ毎にまとめたもの。

CAGEscan法(http://fantom.gsc.riken.jp/jp/protocols/nanocage.html)

データ詳細 open_in_full
Cyanobacteria ORF情報とクロロフィル蛍光時系列データ Fluorome 10.18908/lsdba.nbdc00451-001

Cyanobacteria ORF情報(ORF name、Gene name、Location of mutation、Product description)と蛍光時系列グラフ画像ファイル名。 CSV形式のテキストファイル。

Cyanobacteria ORF情報:CyanoBaseから取得した。

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Cyanobacteria変異体のクロロフィル蛍光時系列数値データ Fluorome 10.18908/lsdba.nbdc00451-002

変異体の細胞を弱光条件から強光条件に移した直後の蛍光強度変化を時系列データとして取得した。 対照として、野生型の細胞からも同時に蛍光の時系列データを取得した。 培養時の明るさを2種類設定(200、及び 20 micro-mol photons /m2 s)してそれぞれデータを取得した。
データファイルはグラフ画像ファイルの元データである。
各データはタブ区切りテキストファイルで全データをZIP形式で圧縮。 ファイル名はBOX名と弱光(L)、強光(H)と拡張子(.txt)。
(例:01_C_10_H.txt、01_C_10_L.txt)

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Cyanobacteria変異体間の、クロロフィル蛍光時系列データ比較に基づく類似度距離 Fluorome 10.18908/lsdba.nbdc00451-004

異なる変異体のクロロフィル蛍光時系列データの類似度を2種類の方法で定量化した類似距離。
変異体と野生型の135点の蛍光時系列データを、135次元空間の表現型ベクトルと見なし、2つの変異体の表現型ベクトルがなす角度を類似距離として定義したtype 1、および、2つの変異体の蛍光時系列データの連続する2点間の差分値(傾き)の偏差二乗和を類似距離として定義したtype 2の2種類の方法で計算した。培養のばらつきによる誤差を最小にするため、変異体のデータは、その変異体と同じプレートにおいて培養された野生株のデータによってノーマライズしたのちにそれぞれの計算を行なっている。type1においては、変異体の蛍光強度を野性株の蛍光強度で割った値の対数をノーマライズデータとし、type2においては、変異体の傾きから野生型の傾きを引き算したものをノーマライズデータとした。
上述以外の詳細はOzaki & Sonoike (2009) Photosyn. Res. 101, 47-58を参照。
CSV形式のテキストファイル。

Cyanobacteria変異体のクロロフィル蛍光時系列データを解析

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クロロフィル蛍光時系列データのグラフ画像ファイル Fluorome 10.18908/lsdba.nbdc00451-003

変異体、野生型のクロロフィル蛍光時系列データのグラフ画像ファイル。 弱光条件、強光条件のグラフ画像ファイル(PNG形式)、計1,493ファイルをZIP形式で圧縮。

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データ名 データベース名 DOI 説明 データ取得方法 解析方法 データ詳細