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データ名 データベース名 DOI 説明 データ取得方法 解析方法 データ詳細
fRNAdbサマリ fRNAdb 10.18908/lsdba.nbdc00452-001

機能性RNAデータベースは、文献で報告された機能性RNAを収集し、塩基配列、ゲノム位置、2次構造、文献情報などと関連付けてカタログ化したものである。

RNA情報は文献および既存データベースからの収集による。ゲノム位置、2次構造は計算機による予測による。文献情報は、RNAファミリ名を題名・要旨に含むものを検索したものである。

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RNA二次構造イメージ fRNAdb 10.18908/lsdba.nbdc00452-005

各エントリのRNA二次構造の画像データ
・png.zip:RNA二次構造の画像データ(PNG形式)
・pdf.zip:RNA二次構造の画像データ(PDF形式)
・thumbnail.zip:RNA二次構造画像のサムネイル(JPG形式)

「配列データ」より取得

RNAニ次構造予測ツールCentroidFoldによる予測結果(可能なもののみ)を利用している。

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データベースダンプ fRNAdb 10.18908/lsdba.nbdc00452-002

オリジナルサイトで公開されていたデータベースをダンプしたデータ
fRNAdb.pdf:データベースのスキーマ図
fRNAdb_schema.sql:データベースのスキーマファイル
fRNAdb_table.7z:データベースのダンプファイル
fRNAdbtsv.zip:ダンプファイルをタブ区切りテキストに変換したファイル

RNA情報は文献および既存データベースからの収集による。ゲノム位置、2次構造は計算機による予測による。文献情報は、RNAファミリ名を題名・要旨に含むものを検索したものである。

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マッピング情報 fRNAdb 10.18908/lsdba.nbdc00452-004

4生物種ゲノムに対するマッピング結果
・dm3_*.zip:ショウジョウバエ
・hg18_*.zip:ヒト
・mm9_*.zip:マウス
・rn3_*.zip:ラット

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補足データ fRNAdb 10.18908/lsdba.nbdc00452-006

・xref.zip:エントリのID、アクセション番号、マッピングされたゲノム上の位置(ヒトのみ)
・count_taxon.tsv:fRNAdbに収録された全生物種のリストと収録数

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データ名 データベース名 DOI 説明 データ取得方法 解析方法 データ詳細