データベースのメタデータ検索
| データベース名称 ⇅ | DOI ⇅ | データベース分類 ⇅ | 生物種 ⇅ | 説明 ⇅ | データベースの特長・有用性・活用方法 ⇅ | 運用場所 ⇅ | 利用許諾 ⇅ |
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PGE
(Gene Expression Pattern Database of Mouse Embryos) |
10.18908/lsdba.nbdc00777-000 |
塩基配列データベース-コーディング/ノンコーディング領域DNA
マイクロアレイデータ、その他の発現データのデータベース
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Mus musculus
(10090)
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マウスの初期発生で発現している約25000個のcDNAの塩基配列（部分）を決定し、胚の体軸形成に関与すると考えられる遺伝子や約4000の新規遺伝子を見い出した。その際、得られたEST配列と初期発生段階である未受精卵、受精卵、２細胞期、４細胞期、8細胞期、16細胞期、32および64細胞期（blastocyst）の発現をデータベースとしている。 |
マウス胚の遺伝子発現パターンを発生段階を追って参照することができる。 |
独立行政法人 科学技術振興機構 |
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MDeR
(The metadata element repository in life sciences ライフサイエンス分野のメタデータ要素デポジトリ) |
10.18908/lsdba.nbdc00563-000 |
メタデータ要素
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ライフサイエンス分野のメタデータ要素のレポジトリサイト。
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メタデータ（要素）レポジトリとはメタデータ（要素）の登録簿であり、データそのものではなく、データが付随してもつそのデータ自身のデータ、つまりメタデータが収録されるものです。 メタデータレポジトリには、異なる標準のメタデータが登録されます。 メタデータレポジトリは、統一的なデータの概念、表現、定義を提供しますので、異なるデータベース間においてデータの共有や交換、相互運用が可能となります。 メタデータ要素はISO/IEC 11179 Part 3 (Registry metamodel and basic attributes) (ISO/IEC JTC1 SC32ホームページ、2008-03-03参照)に準拠した形で収録しています。 |
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Plabrain DB
(Planarian Brain Database) |
10.18908/lsdba.nbdc01108-000 |
マイクロアレイデータ、その他の発現データのデータベース
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Dugesia japonica
(6161)
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プラナリアの神経回路形成に関わる遺伝子群の、単一細胞ごとの遺伝子発現情報、Whole-mount in situ hybridizationによる発現解析、および組織免疫染色による解析データを収録したデータベース。 特に、FACS (Fluorescence Activated Cell Sorting)を用いた半定量的single-cell PCR (FBSC-PCR)手法による、単一細胞レベルの発現解析結果の初めての公開となる。 |
半定量的single-cell RT-PCRとFACSを組み合わせた独自の手法により、プラナリアの単一ニューロンごとの遺伝子の発現パターンを解析し公開した点が特長である。ScholarpediaのPlanaria nervous systemを本データベースと併せて参照されたい。またin situ hybridizationデータについては、JT生命誌研究館のサイトから公開されている「Oh!脳」でも、関連するいくつかの遺 伝子の情報を閲覧できる。 |
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MAGEST
(MAboya Gene Expression patterns and Sequence Tags) |
10.18908/lsdba.nbdc00128-000 |
ゲノミクスデータベース（脊椎動物以外）-無脊椎動物ゲノムデータベース
マイクロアレイデータ、その他の発現データのデータベース
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Halocynthia roretzi
(7729)
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脊索動物尾索類マボヤの遺伝子発現とESTのデータベース。なおβ版であり、アーカイブにはESTデータ部分を収録した。 |
尾索類のモデル生物であるマボヤHalocynthia roretziの遺伝子配列データベース。初期胚のESTデータを主に蓄積している。 |
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| Medaka EST Database | 10.18908/lsdba.nbdc01000-000 |
塩基配列データベース
マイクロアレイデータ、その他の発現データのデータベース
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Oryzias latipes
(8090)
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メダカEST、迅速マッピングシステムM-marker 2003、オリゴチップmedaka microarray 8Kのデータ |
すべてのクローンはNBRP Medaka（http://www.shigen.nig.ac.jp/medaka/top/top.jsp）を通じて提供可能である。 その際には |
東京大学大学院理学系研究科 生物科学専攻 動物科学大講座 動物発生学研究室 |
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