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データベース名称 DOI データベース分類 生物種 説明 データベースの特長・有用性・活用方法 運用場所 利用許諾
TP Atlas
(Targeted Proteins Atlas)
10.18908/lsdba.nbdc01161-000
代謝系/シグナル伝達経路

TP Atlasは、ターゲットタンパク研究の各課題につき、Cell Illustratorを使って表現したネットワーク図をプラットフォームとして、 そこに登場するターゲットタンパク質やその構造などの詳細情報や論文情報を引き出せる「ターゲットタンパク研究成果データベース」です。シグナル伝達ネッ トワーク、酵素反応経路、化合物代謝など多様な生命現象を対象とする、基本的生命、医薬、食品環境3分野の35課題を網羅しています。(Cell Illustratorは東大医科研 宮野悟教授らのグループが開発したパスウェイ描画ソフトウェアです。)

タンパク質間の相互関係、シグナル伝達経路などが研究テーマごとに模式的に示されており、ネットワーク図はダウンロードすることもできます。各タンパク質について、タンパク質の詳細情報(配列、構造)、遺伝子情報、文献情報へとリンクされています。ターゲットタンパク研究の各課題について、その背景、ハイライト、概要が簡潔にまとめられています。

情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所

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RMG
(Rice Mitochondrial Genome)
10.18908/lsdba.nbdc00193-000
塩基配列データベース
Oryza sativa Japonica Group (39947)

イネのミトコンドリアゲノム情報についてのデータベースです。ミトコンドリアゲノムの配列や解析結果の情報を参照できます。

トウモロコシ、小麦などの主要穀物および単子葉植物のミトコンドリアゲノム情報のスタンダードとして、今後の解析に利用できます。

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KOME
(Knowledge-based Oryza Molecular biological Encyclopedia)
10.18908/lsdba.nbdc00120-000
植物データベース-イネ
Oryza sativa (4530)

「イネ完全長cDNAプロジェクト」において収集、全長塩基配列が決定されたイネ(品種:日本晴)由来の完全長cDNAクローン(約38,000)の情報が公開されている。完全長cDNAクローンは環境ストレス処理を施した様々な植物の組織から調製されている。核酸配列やアミノ酸配列のほかに、公共データベースとの相同性検索結果、マッピング情報、選択的スプライシングのパターン、タンパクドメイン情報、膜貫通構造、Gene Ontologyによる細胞内局在や遺伝子機能情報も含まれる。

完全長cDNAライブラリーは、ランダムにピックアップされている17万クローンから、ストレス処理等をおこなったジャポニカ種イネの組織20種類を使用して構築されている。3 '端シングルパス配列の配列情報により、クローンは独立した約28,000種類にグループ化される。すべての代表的なクローンは、完全に配列決定されている。

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BodyParts3D
(3次元解剖学用語データベース)
10.18908/lsdba.nbdc00837-000
器官データベース
Homo Sapiens (9606)

解剖学用語が示す人体の部品(臓器、器官)の位置と形状を3次元人体モデルで記述したデータベース

人体3次元モデルが無償利用できるのが最大の特徴。臓器の3次元的位置や形状を確認する電子アトラスとしてだけでなく、人体シミュレーションや データマッピングなどの入力データとして再利用可能である。
BodyParts3Dの臓器を任意の視点やズーム、色、透過度で表示した解剖図譜を手軽に作成できるツール、
アナトモグラフィー(http://lifesciencedb.jp/bp3d) も公開している。

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WINGpro 10.18908/lsdba.nbdc00737-000
カタログ

ライフサイエンス分野のデータベースの情報を収集、整理、分類したデータベース。2001年に医学生物学データベース案内(WING)として公開され2007年にはユーザーによる新規記事の投稿や既存記事の編集機能をサイトに搭載した。

生物種やカテゴリ分類をもとに目的のデータベースを探すことができる。

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データベース名称 DOI データベース分類 生物種 説明 データベースの特長・有用性・活用方法 運用場所 利用許諾