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データベース名称 DOI データベース分類 生物種 説明 データベースの特長・有用性・活用方法 運用場所 利用許諾
KNApSAcK DietDish
(食べ合わせデータベース)
10.18908/lsdba.nbdc01337-000
植物データベース
代謝物データベース

DietDishは、食材間の食べ合わせ情報を整理したデータベースです。栄養学、薬膳、医薬学に関わる文献より抜粋した、食材間の食べ合わせの正または負の効果の有無が調べられます。食べ合わせによる効能についての情報もあります。
オリジナルデータのダウンロードについては、knapsack_addressにご一報ください。

食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースのうちの1つ。KNApSAcK Familyはメタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築されました。

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KNApSAcK Biological Activity (Metabolite Activity) 10.18908/lsdba.nbdc01175-000
植物データベース
代謝物データベース

Biological Activity (Metabolite Activity) は、代謝物における生物活性情報を得ることを目的としたデータベースです。個々の代謝物が生物へ与える影響を整理し、代謝物質名、生物活性 (機能)、標的となる生物種および参考文献の情報を収録しています。オリジナルデータのダウンロードについては、knapsack_addressにご一報ください。

食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースのうちの1つ。KNApSAcK Familyはメタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築されました。

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Trypanosomes Database 10.18908/lsdba.nbdc01243-000
タンパク質配列データベース
Homo sapiens (9606)
Trypanosoma (5690)

このトリパノソーマデータベースは、トリパノソーマ症に対する薬剤開発において、効果的なターゲットとなり得るピリミジン生合成や酸化還元反応を触媒する酵素について、包括的な情報を提供するデータベースです。
トリパノソーマはさまざまなホストに感染する、トリパノソーマ属の寄生性原生動物です。さまざまな病気(アフリカ睡眠病、南アメリカシャーガス病といったトリパノソーマ症)を引き起こし、毎年10万人以上の人々がトリパノソーマ症に苦しんでいます。それは家畜にも感染し、年間10万頭以上の畜牛が死んでいます。 現在までに、トリパノソーマ症をコントロールできる薬剤開発に効果的なターゲットが見出されてきました。そのようなターゲットの1つがトリパノソーマのDNA/RNA生合成系を調節する酵素群であり、もう1つのターゲットがトリパノソーマの酸化還元系を調節する酵素群です。実際にトリパノソーマの場合、これらの酵素は両方の反応系に関わっており、トリパノソーマの生死に大きく影響します。

このトリパノソーマデータベースでは、キーワード検索の他、生物種、酵素のカテゴリ、PDB情報の有無、OMIM IDの有無でタンパク質を絞り込んで一覧を見ることができます。また、オリジナルサイトではトリパノソーマについての論文リストを見ることもできます。

情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所

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Q-TARO
(QTL Annotation Rice Online database)
10.18908/lsdba.nbdc01234-000
塩基配列データベース
Oryza sativa (4530)

文献から集めたイネのQTL情報のデータベースです。
種々の文献検索サイトよりイネのQTL研究に関した文献情報を抽出し、最終的には1214件の論文から5096件のイネQTL情報を得ました。その上で、統計上検出された遺伝子座間相互作用あるいは遺伝子×環境間相互作用のQTLは排除しました。さらに染色体上の同一カ所に検出されたQTLを整理し、QTL物理位置の同じ形質名を持ち同じインターバルに検出されたQTLを統一することによって、冗長性の少ない代表的QTL情報を得ました。代表的QTLは、463件の論文に由来する1051件のQTL情報から構成されています(2008年3月31日現在)。これらの代表的QTL情報はSQL言語を用いて構造化され、表およびゲノムブラウザから関連情報を得ることができるQ-TARO (QTL Annotation Rice Online)データベースとして整理されました。2012年現在、新たなQTL情報の追加は行っていません。

イネの表現型については、農業形質に関わる重要な形質を中心に、その変異を遺伝的に明らかにする研究が多く行われてきました。その代表的な研究手法がQTL解析ですが、現在までQTL解析で得られた多くのQTL情報が整理されていないことから、QTLの関係(冗長性)やその染色体上の位置などの情報が明らかになっていませんでした。
そこで、我々の研究グループでは、過去20年間のQTLに関する研究論文を1214件収集し、QTL情報を収集し位置情報を得るためのDNAマーカー情報とあわせて整理を行いました。その結果、全体で5096件のQTL情報から、冗長性を極力除いた1051件の代表的QTL情報のデータベースを作成し、ゲノム上に可視化しました。
このデータベース(Q-TARO;QTL Annotation Rice Online)を利用することで目的とする染色体上のQTLの位置や情報だけでなく、関連するマーカー情報を得られることが期待されます。

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AT Atlas
(Advanced Technologies Atlas)
10.18908/lsdba.nbdc01162-000
その他の分子生物学データベース
実験解析技術・方法

AT Atlasは、ターゲットタンパク研究プログラム技術開発研究課題である「生産」、「解析」ならびに「制御」の成果を、Cell Illustratorなどによる概要図と技術の概要や活用事例のテキストを組み合わせて、分かりやすく表現することを目指した枠組みです。AT Atlasによって、あるタンパクの構造や機能を解明した実験方法を理解することができます。さらに、AT Atlasから実験プロトコルデータベースPREIMSへのリンクを辿って、実験を実際に始めるに十分な精密な実践的情報を入手することができます。Cell Illustratorは東大医科研 宮野悟教授らのグループが開発したパスウェイ描画ソフトウェアです。)

タンパク質合成実験の諸問題(難溶性、膜たんぱく質合成、タンパク質複合体の合成など)に取り組んだ各種プロトコルの情報、構造解析技術、タンパク質の機能解析に用いる化合物ライブラリー作成に関する技術についての技術開発が紹介されています。
概要図と概要の説明によって各技術がわかりやすくまとめられ、詳細な実験方法の情報も実験プロトコルデータベースPREIMSへのリンクから得ることができる実践的なデータベースとなっています。

情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所

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データベース名称 DOI データベース分類 生物種 説明 データベースの特長・有用性・活用方法 運用場所 利用許諾