データベースの説明

データベース全般
名称	KOME
名称の読み方	-
別名	Knowledge-based Oryza Molecular biological Encyclopedia
DOI	10.18908/lsdba.nbdc00120-000
作成者	作成氏名菊池尚志作成者英名 Shoshi Kikuchi 作成者所属農業生物資源研究所
連絡先	〒305-8602 茨城県つくば市観音台２－１－２国立研究開発法人農業生物資源研究所作物ゲノム研究ユニット菊池尚志 E-mail :
データベース分類	植物データベース-イネ
生物種	Taxonomy Name Oryza sativa Taxonomy ID 4530
データベースの説明	「イネ完全長ｃDNAプロジェクト」において収集、全長塩基配列が決定されたイネ（品種：日本晴）由来の完全長cDNAクローン（約38,000)の情報が公開されている。完全長cDNAクローンは環境ストレス処理を施した様々な植物の組織から調製されている。核酸配列やアミノ酸配列のほかに、公共データベースとの相同性検索結果、マッピング情報、選択的スプライシングのパターン、タンパクドメイン情報、膜貫通構造、Gene Ontologyによる細胞内局在や遺伝子機能情報も含まれる。
データベースの特長・有用性・活用方法	完全長cDNAライブラリーは、ランダムにピックアップされている17万クローンから、ストレス処理等をおこなったジャポニカ種イネの組織20種類を使用して構築されている。3 '端シングルパス配列の配列情報により、クローンは独立した約28,000種類にグループ化される。すべての代表的なクローンは、完全に配列決定されている。
データベースの利用許諾	CC 表示-継承詳細
予算的背景・プロジェクト	名称イネ完全長cDNAプロジェクト BRAIN(生物系特定産業技術研究支援センター)監督の下、独立行政法人農業生物資源研究所(NIAS)、財団法人国際科学振興財団(FAIS)、理化学研究所(RIKEN)の共同コラボレーションによって収集され、完全に配列決定された完全長cDNAクローンの情報がこのサイトで描かれている。この作業は「イネ完全長cDNAプロジェクト」という名前のプロジェクトを介して行われてきた。
論文等	文献名 Collection, mapping, and annotation of over 28,000 cDNA clones from japonica rice 著者名 Rice Full-Length cDNA Consortium; National Institute of Agrobiological Sciences Rice Full-Length cDNA Project Team, Kikuchi S*, Satoh K, Nagata T, Kawagashira N, Doi K, Kishimoto N, Yazaki J, Ishikawa M, Yamada H, Ooka H, Hotta I, Kojima K, Namiki T, Ohneda E, Yahagi W, Suzuki K, Li CJ, Ohtsuki K, Shishiki T; Foundation of Advancement of International Science Genome Sequencing & Analysis Group, Otomo Y, Murakami K, Iida Y, Sugano S, Fujimura T, Suzuki Y, Tsunoda Y, Kurosaki T, Kodama T, Masuda H, Kobayashi M, Xie Q, Lu M, Narikawa R, Sugiyama A, Mizuno K, Yokomizo S, Niikura J, Ikeda R, Ishibiki J, Kawamata M, Yoshimura A, Miura J, Kusumegi T, Oka M, Ryu R, Ueda M, Matsubara K; RIKEN, Kawai J, Carninci P, Adachi J, Aizawa K, Arakawa T, Fukuda S, Hara A, Hashizume W, Hayatsu N, Imotani K, Ishii Y, Itoh M, Kagawa I, Kondo S, Konno H, Miyazaki A, Osato N, Ota Y, Saito R, Sasaki D, Sato K, Shibata K, Shinagawa A, Shiraki T, Yoshino M, Hayashizaki Y, Yasunishi A. 雑誌名/掲載年月/号 Science 2003 July 18; Vol.301 no.5631: pp.376-379 外部リンク文献名 Gene organization in rice revealed by full-length cDNA mapping and gene expression analysis through microarray 著者名 Satoh K, Doi K, Nagata T, Kishimoto N, Suzuki K, Otomo Y, Kawai J, Nakamura M, Hirozane-Kishikawa T, Kanagawa S, Arakawa T, Takahashi-Iida J, Murata M, Ninomiya N, Sasaki D, Fukuda S, Tagami M, Yamagata H, Kurita K, Kamiya K, Yamamoto M, Kikuta A, Bito T, Fujitsuka N, Ito K, Kanamori H, Choi IR, Nagamura Y, Matsumoto T, Murakami K, Matsubara K, Carninci P, Hayashizaki Y, Kikuchi S. 雑誌名/掲載年月/号 PLoS One. 2007 Nov 28; 2(11):e1235. 外部リンク
データベースのオリジナルサイト情報
データベース運用場所	国立研究開発法人農業生物資源研究所
オリジナルサイト	(運用終了) http://cdna01.dna.affrc.go.jp/cDNA/
運用開始年月日	2003年7月18日
最終更新年月日	2010年3月31日
統括サイト	http://agrid.dna.affrc.go.jp/
データの一括ダウンロードサイト	-
参照先データベース	DDBJ NCBI-GenBank TIGR BGI RIS Rice Microarray Opening Site (RMOS) イネミュータントパネルデータベース (Tos17) シス作用調節DNAエレメントのデータベース (PLACE) PIR SWISS-PROT UniProt InterPro Blocks Rice Proteome Database
一覧表示	有り
クエリ検索	有り
Webサービス	無し
WebサービスURL	-
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