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データベース名称 DOI データベース分類 生物種 説明 データベースの特長・有用性・活用方法 運用場所 利用許諾
SEVENS 10.18908/lsdba.nbdc00681-000
タンパク質配列データベース-タンパク質ドメインデータベース、タンパク質分類
Eukaryotes (2759)

7本膜貫通ヘリックス型タンパク質のGPCR遺伝子を網羅的に収めたデータベースです。56の真核生物のゲノムからバイオインフォマティクス手法(GPCR遺伝子発見パイプライン)で、遺伝子を高精度に同定しています。

遺伝子探索ツール、配列アラインメントツール、モチーフ・ドメイン同定ツール、transmembrane helix(TMH)予測ツールで構成されたGPCR遺伝子発見パイプラインを利用して、2つのステージで同定処理を行いました。
1)遺伝子探索ステージ
 NCBやUCSC、Ensembl、Broad Institute、Baylor College of Medicine、dictyBase、IRGSPのftpサイトから得たデータを利用して、GPCR遺伝子候補数を抽出しました。
2)GPCR遺伝子スクリーニングステージ
 BLASTPによる配列検索、Pfamを用いたドメインの決定、PROSITEによるモチーフの決定、TMwindowsやSOSUIを用いたTMH予測の結果を利用して、前ステージのGPCR候補遺伝子を4レベル(A~D)に分類しました。

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KNApSAcK Bicycle
(KNApSAcK Bicycle Algae Metabolic Pathway)
10.18908/lsdba.nbdc01396-000
藻類データベース
代謝物データベース

藻類のタンパク質と二次代謝反応の情報を集めたデータベースです。94種類の藻類に存在する96,641個のタンパク質の情報と、これらのタンパク質が関与する化学反応 (614反応)の情報が調べられます。
オリジナルデータのダウンロードについては、knapsack_addressにご一報ください。

食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースのうちの1つ。KNApSAcK Familyはメタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築されました。

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GenLibi
(遺伝子文献情報連携システム)
10.18908/lsdba.nbdc01093-000
ヒト遺伝子/疾患
Homo sapiens (9606)
Mus musculus (10090)
Rattus norvegicus (10116)

遺伝子文献情報連携システム「GenLibi」は、JST文献情報JDream IIから得られた遺伝子機能や関連する疾患/表現型を提供するシステムです。

遺伝子関連疾患名や表現型から関連する文献情報を得ることができます。
オリジナルサイトでは、EntrezGene, RefSeq, HGNC, KEGG PATHWAY, Reactome, KEGG SSDB, JDream IIより情報を得て、ヒト、ラット、マウスの遺伝子について、遺伝子、蛋白質、多型、パスウェイ(代謝経路や生命現象の回路図)、疾患/表現型、オーソログ/アミノ酸配列を合わせて提供していました。

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Integbioデータベースカタログ 10.18908/lsdba.nbdc00001-000
カタログ

国内外の生命科学系データベースの所在情報 (URL)と、データベースについての説明や生物種などの基本的な属性情報 (メタデータ)をまとめたデータベースです。

文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省の4省による生命科学系データベース統合の取り組みの一環としてこれまで4省が独自にもっていた以下のデータベースのリストを集約し、4省にまたがるデータベースカタログを構築しました。その後も4省が協力して継続的にデータベースの情報を収集し、カタログへの追加・更新を行っています。

生命科学系データベースカタログ
WINGpro
MEDALSデータベース便覧
AgriTOGOのデータベース便覧
医薬基盤研究所のデータベースリスト

本サイトでは、データベースのURL、生物種、運用機関名などの統一された記述項目に従ってデータベースの概要を記載したレコードを閲覧できます。またレコードの記載を対象としたキーワード検索、さらに生物種、カテゴリ (データの対象及び種類)、稼働状況などの条件を組み合わせて一覧を絞り込み、目的のデータベースを探すことが可能です。

NBDC

CC0
KNApSAcK FoodProcessor
(加工食品データベース)
10.18908/lsdba.nbdc01336-000
植物データベース
代謝物データベース

FoodProcessorはレトルト・カレーと配合食材の関係をもとに構築された、加工食品の成分に関するデータベースです。加工食品(レトルトカレー)に使用された食材について、食材名、オントロジー、学名などを収録しています。製造者名や生産されている場所についての情報もあります。
オリジナルデータのダウンロードについては、knapsack_addressにご一報ください。

食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースのうちの1つ。KNApSAcK Familyはメタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築されました。

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データベース名称 DOI データベース分類 生物種 説明 データベースの特長・有用性・活用方法 運用場所 利用許諾