データベースの説明

塩基配列データベース

文献から集めたイネのQTL情報のデータベースです。
種々の文献検索サイトよりイネのQTL研究に関した文献情報を抽出し、最終的には1214件の論文から5096件のイネQTL情報を得ました。その上で、統計上検出された遺伝子座間相互作用あるいは遺伝子×環境間相互作用のQTLは排除しました。さらに染色体上の同一カ所に検出されたQTLを整理し、QTL物理位置の同じ形質名を持ち同じインターバルに検出されたQTLを統一することによって、冗長性の少ない代表的QTL情報を得ました。代表的QTLは、463件の論文に由来する1051件のQTL情報から構成されています（2008年3月31日現在）。これらの代表的QTL情報はSQL言語を用いて構造化され、表およびゲノムブラウザから関連情報を得ることができるQ-TARO (QTL Annotation Rice Online)データベースとして整理されました。2012年現在、新たなQTL情報の追加は行っていません。

イネの表現型については、農業形質に関わる重要な形質を中心に、その変異を遺伝的に明らかにする研究が多く行われてきました。その代表的な研究手法がQTL解析ですが、現在までQTL解析で得られた多くのQTL情報が整理されていないことから、QTLの関係（冗長性）やその染色体上の位置などの情報が明らかになっていませんでした。
そこで、我々の研究グループでは、過去20年間のQTLに関する研究論文を1214件収集し、QTL情報を収集し位置情報を得るためのDNAマーカー情報とあわせて整理を行いました。その結果、全体で5096件のQTL情報から、冗長性を極力除いた1051件の代表的QTL情報のデータベースを作成し、ゲノム上に可視化しました。
このデータベース(Q-TARO;QTL Annotation Rice Online)を利用することで目的とする染色体上のQTLの位置や情報だけでなく、関連するマーカー情報を得られることが期待されます。