[利用者規約]
- あのデータベースが、丸ごとダウンロード可能に！-
[ Japanese | English ]

データベースのメタデータ検索

キーワードで検索
項目で検索
または
全 157 件 (56件から60件)
件を表示
データベース名称 ⇅ DOI ⇅ データベース分類 ⇅ 生物種 ⇅ 説明 ⇅ データベースの特長・有用性・活用方法 ⇅ 運用場所 ⇅ 利用許諾 ⇅
fRNAdb
(機能性RNAデータベース) 		10.18908/lsdba.nbdc00452-000
RNA配列データベース

機能性RNAデータベースは、文献で報告された非コードRNAを収集し、塩基配列、ゲノム位置、2次構造、文献情報などと関連付けてカタログ化したものである。RNA情報は文献および既存データベース（H-inv、NONCODE、RNAdb）からの収集による。ゲノム位置、2次構造は計算機による予測による。文献情報は、RNAファミリ名を題名・要旨に含むものを検索したものである。

機能性RNAデータベースではBLAST検索、様々なゲノムの文脈(進化的保存度や遺伝子座の特徴など)からの検索、文献からの検索と、ユーザ側の様々な基準に合致するRNAを検索するための強力な検索サービスを提供している。

産業技術総合研究所 臨海副都心センター
※オリジナルサイトでの公開を終了

 CC 表示-継承
CREATE portal 10.18908/lsdba.nbdc00403-000
プロテオミクス関連
Mus musculus (10090)

かずさDNA研究所では、約2000種類のヒト遺伝子（KIAA遺伝子）のマウスホモログをクローニングし、約2000種類のマウスKIAAタンパク質に対するウサギポリクローナル抗体を作製しました。CREATE portalのInGaPデータベースでは、274種類のマウスKIAA遺伝子のmRNAとタンパク質レベルでの発現を解析した実験結果が閲覧できます。InCePデータベースでは、50種類のマウスKIAAタンパク質に対する特異的抗体を用いた細胞抽出液免疫沈降と質量分析によるタンパク質相互作用の解析を行った実験結果が閲覧できます。

マウスKIAAタンパク質の組織での発現結果を見ることができます。プロジェクトで作製した抗体の一部は、株式会社プロテイン・エクスプレスから入手が可能ですので、抗体の感度や特異性についてInGaPのデータが役立ちます。InCePでは、マウスKIAAタンパク質の機能を予測するときに必要なタンパク質相互作用の解析データを見ることができます。
CC 表示-継承
RPD
(イネプロテオームデータベース) 		10.18908/lsdba.nbdc00191-000
プロテオミクス関連
植物データベース-イネ
Oryza sativa (4530)

イネの各種器官や細胞内小器官を対象に2次元ゲル電気泳動を行い、そのスポットを収集したデータベースです。プロテオーム解析に関する様々な手法のプロトコルも掲載されています。

イネのさまざまな生育時期の各種器官あるいは精製細胞内小器官から抽出したタンパク質を2次元電気泳動し、23種類の2次元電気泳動画像に基づいてそれぞれのタンパク質を精製し、気相プロティンシーケンサーあるいは質量分析計でアミノ酸配列を決定しました。
2次元電気泳動マップ上で分離された14,724種類のタンパク質のうち、6,011種類について分子量・等電点・発現量等の情報、およびアミノ酸配列情報、さらにそれら相同検索結果情報等をカタログ化してイネプロテオームデータベースに収録しました。
このデータベースは、タンパク質名等のキーワードやアクセッション番号、等電点と分子量、アミノ酸配列を入力することによって、あるいは二次元電気泳動マップ上タンパク質のスポットをクリックすることによって検索することができます。さらに、公開されている各種データベース、イネ解析ツール等とリンクしています。

国立研究開発法人 農業生物資源研究所

 CC 表示-継承
JSNP
(Japanese Single Nucleotide Polymorphisms) 		10.18908/lsdba.nbdc00114-000
ヒト遺伝子/疾患-多型データベース全般
Homo sapiens (9606)

日本人の持つ約19万7000の多型データにアノテーション（遺伝子情報、位置情報、アミノ酸置換情報等）を付加して公開しているデータベース

日本人集団における遺伝子多型頻度の取得が可能

東京大学 医科学研究所 ※オリジナルサイトでの公開を終了

 CC 表示-継承
RED II INAHO
(Rice Expression Database II INAHO) 		10.18908/lsdba.nbdc01557-000
植物データベース-イネ
マイクロアレイ、遺伝子発現
Oryza sativa (4530)

The Rice Expression Database II INAHO（RED II INAHO）は、イネのアブシジン酸とジベレリンの応答性遺伝子の転写プロファイリングを調べるために、60-merのオリゴヌクレオチドマイクロアレイを用いてイネの遺伝子発現を分析したデータベースです。

redii_inaho_experimentテーブルから実験データを取得できます。また、redii_inaho_probeテーブルから特定の遺伝子のためのアクセッション番号を見つけることができます。その後、アレイBLASTの結果に対する様々な実験条件下での発現プロファイルを取得します。
 
文献
Yazaki J, Kishimoto N, Nagata Y, Ishikawa M, Fujii F, Hashimoto A, Shimbo K, Shimatani Z, Kojima K, Suzuki K, Yamamoto M, Honda S, Endo A, Yoshida Y, Sato Y, Takeuchi K, Toyoshima K, Miyamoto C, Wu J, Sasaki T, Sakata K, Yamamoto K, Iba K, Oda T, Otomo Y, Murakami K, Matsubara K, Kawai J, Carninci P, Hayashizaki Y, Kikuchi S.
Genomics approach to abscisic acid- and gibberellin-responsive genes in rice.
DNA Res. 2003 Dec 31;10(6):249-61.
PMID: 15029956
 
Yazaki J, Shimatani Z, Hashimoto A, Nagata Y, Fujii F, Kojima K, Suzuki K, Taya T, Tonouchi M, Nelson C, Nakagawa A, Otomo Y, Murakami K, Matsubara K, Kawai J, Carninci P, Hayashizaki Y, Kikuchi S.
Transcriptional profiling of genes responsive to abscisic acid and gibberellin in rice: phenotyping and comparative analysis between rice and Arabidopsis.
Physiol Genomics. 2004 Apr 13;17(2):87-100.
PMID: 14982972

国立研究開発法人 農業生物資源研究所

 CC 表示-継承
データベース名称 DOI データベース分類 生物種 説明 データベースの特長・有用性・活用方法 運用場所 利用許諾