ChIP-Atlas は Sequence Read Archive で公開されている既報のChIP-Seqデータを再解析することによって様々な解析結果を提供し、またユーザデータの解析を可能にするデータベースおよびそのウェブインターフェースである。データ登録者によって記述されたメタデータを再整理することによって、データを組み合わせた様々な結果を提供している。詳しくは https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki を参照のこと。

MassBank は、研究者がマススペクトルを共有することを目的とした、世界で最初の public database です。
これらのマススペクトルは、メタボローム解析をはじめとする生物科学研究や環境物質の化学分析をおこなう環境科学研究において、質量分析で検出した化合物の同定や推定に利用することができます。
また、2008年に 日本質量分析学会 の公式マススペクトルデータベースとして認められました。
マススペクトルデータの提供機関は、以下の通りです。

• アテネ大学


• ボイシ州立大学


• 中部大学


• スイス連邦水質科学研究所


• チュービンゲン大学


• 東大院工


• 福山大学生物化学研


• ジーエルサイエンス


• ライプニッツ植物化学研究所


• 日本電子株式会社


• かずさDNA研究所


• 慶應大先端生命研


• 京大院薬・生産開発研


• MetaboLights


• メタボロン社


• マックスプランク化学生態学研究所


• 日本質量分析学会


• 奈良先端大情報科学研究科


• 日大文理


• 大阪府立母子保健総合医療センター研究所


• 大阪大学


• オズワルド・クルーズ財団


• PFOS研究グループ


• 理研植物科学研究センター


• 鳥取大農


• ヘルムホルツ協会環境研究所


• コネチカット大学


• 富山大和漢薬研


• 産業医科大学


• プリバダ・アンテノル・オレゴ大学


• ワシントン州立大学

eDDASs（イーダス）は，eDNA　Database for Agricultural Soilsの略称です。全国各地の農耕地で収集された土壌物理・化学性、作物栽培様式、 およびその畑土壌由来のeDNA（environmental DNA）解析情報を収納した「国内初の農耕地eDNAバンク」であり、 独立行政法人農業環境技術研究所で運営されています。高品質な作物生産を行う上で、安定した地力の確保、連作障害等の病害の克服が重要であ り、それを実現するためには、 土壌の物理性、化学性、生物性を適切に把握する必要があります。物理性、化学性については、これまで多くの知見が得られ、 土壌診断の項目にも取り入れられていますが、生物性の評価法は確立されていません。 土壌病害の発生や有機質肥料からの養分供給には微生物が関与しており、土壌診断には、生物性の評価が不可欠です。 eDDASsは，近年著しく発展しているDNA解析技術を用いて、土壌中に生息する膨大な微生物の一端を解析し、 その情報を解析者のみならず、土壌微生物研究等に関わる多くの方々に提供することを目的としています。 eDDASsの大きな特徴は、「細菌」・「糸状菌」・「線虫」を同時に比較できることです。 このように微生物を網羅したデータベースは国内では初めてです。