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fRNAdb
このデータベースについて

データベースの説明

データベース全般
名称
fRNAdb
名称の読み方
エフアールエヌエーディービー
別名
機能性RNAデータベース
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00452-000
作成者
作成氏名
光山 統泰*
作成者英名
Toutai Mituyama
作成者所属
国立研究開発法人産業技術総合研究所
作成者の文献検索
作成氏名
浅井 潔
作成者英名
Kiyoshi Asai
作成者所属
東京大学大学院新領域創成科学研究科
作成者の文献検索
連絡先
光山 統泰: 
データベース分類

RNA配列データベース

データベースの説明

機能性RNAデータベースは、文献で報告された非コードRNAを収集し、塩基配列、ゲノム位置、2次構造、文献情報などと関連付けてカタログ化したものである。RNA情報は文献および既存データベース(H-inv、NONCODE、RNAdb)からの収集による。ゲノム位置、2次構造は計算機による予測による。文献情報は、RNAファミリ名を題名・要旨に含むものを検索したものである。

データベースの特長・有用性・活用方法

機能性RNAデータベースではBLAST検索、様々なゲノムの文脈(進化的保存度や遺伝子座の特徴など)からの検索、文献からの検索と、ユーザ側の様々な基準に合致するRNAを検索するための強力な検索サービスを提供している。

データベースの利用許諾
CC 表示-継承 詳細
予算的背景・プロジェクト
名称
新エネルギー研究開発機構(NEDO) 機能性RNAプロジェクト(2006~2010)
論文等
文献名
fRNAdb: a platform for mining/annotating functional RNA candidates from non-coding RNA sequences
著者名
Kin T, Yamada K, Terai G, Okida H, Yoshinari Y, Ono Y, Kojima A, Kimura Y, Komori T, Asai K.
雑誌名/掲載年月/号
Nucleic Acids Research/2007/D145-8
外部リンク
文献名
The Functional RNA Database 3.0: databases to support mining and annotation of functional RNAs.
著者名
Mituyama T, Yamada K, Hattori E, Okida H, Ono Y, Terai G, Yoshizawa A, Komori T, Asai K.
雑誌名/掲載年月/号
Nucleic Acids Research/2009/D89-92
外部リンク
データベースのオリジナルサイト情報
データベース運用場所

産業技術総合研究所 臨海副都心センター
※オリジナルサイトでの公開を終了

オリジナルサイト
(運用終了) http://www.ncrna.org/
運用開始年月日
2006年12月
最終更新年月日
2011年
統括サイト
-
データの一括ダウンロードサイト
-
参照先データベース
-
一覧表示
無し
クエリ検索
無し
Webサービス
無し
WebサービスURL
-
ユーザ登録
無し