データベースのメタデータ検索
| データベース名称 ⇅ | DOI ⇅ | データベース分類 ⇅ | 生物種 ⇅ | 説明 ⇅ | データベースの特長・有用性・活用方法 ⇅ | 運用場所 ⇅ | 利用許諾 ⇅ |
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| Autophagy Database | 10.18908/lsdba.nbdc01196-000 |
タンパク質配列データベース
構造データベース-タンパク質構造
代謝系/シグナル伝達経路-タンパク質・タンパク質相互作用
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オートファジーデータベースは、多数の生物種におけるオートファジー関連タンパク質とそのホモログの情報を提供するデータベースである。
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オートファジー関連のタンパク質とそのホモログをキーワードで検索し、機能や立体構造などの情報を見ることができる。
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CC 表示-継承 | ||
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Legenda
(疾患情報テキストマイニングデータベース) |
10.18908/lsdba.nbdc00549-000 |
ヒト遺伝子/疾患
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Homo sapiens
(9606)
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Legenda は文献から抽出した疾患-遺伝子-物質との関係を納めた疾患情報テキストマイニングデータベースです。PubMed 全体の文献のアブストラクトを用いて、遺伝子名、疾患名、などを識別し、用語の共起関係に基づく遺伝子と疾患の関係についての網羅的な解析を行いました。 |
Legendaではコンセプトのペアが持つ関連度を、2種の指標（MIMとMMIM）で計算し、DBに格納しています。MIM（Mutual Information Measure）は、２つの確率変数の直接的な相互依存の尺度を表す為に利用しています。また、MMIMは、間接的な依存の尺度を表しています。更に、独自の3種（遺伝子辞書、遺伝子機能辞書、疾患・物質名辞書）の辞書を格納しています。 |
産業技術総合研究所 臨海副都心センター |
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ConfC
(Database of conformation changes in protein structures) |
10.18908/lsdba.nbdc00400-000 |
構造データベース-低分子
構造データベース-核酸構造
構造データベース-タンパク質構造
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PDB (Protein Data Bank)内のタンパク質立体構造から動的情報を抽出したデータベースです。タンパク質立体構造の動的情報は、1）進化的構造変化、2）結合による構造変化、3）構造的揺らぎの３種類を、それぞれ個別に抽出し、分類した。 |
残基置換や挿入･欠損によるタンパク質の構造安定性や機能発現の変化、立体構造を考慮した遺伝子疾患のメカニズムの研究などにおける重要な基盤となり、タンパク質の動きを考慮したタンパク質機能予測、ドラッグデザイン、ドメイン予測、特定構造をとらない領域予測、遺伝子疾患の診断法や治療法などの応用研究に活用する。 |
産業技術総合研究所 臨海副都心センター |
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H-InvDB
(H-Invitational Database) |
10.18908/lsdba.nbdc00092-000 |
塩基配列データベース-遺伝子構造、イントロン/エクソン、スプライス部位
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Homo sapiens
(9606)
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H-InvDBはヒトのすべての転写産物を対象とした統合データベースです。ヒト遺伝子の構造、選択的スプライシングバリアント、機能性RNA、タンパク質としての機能、機能ドメイン、細胞内局在、代謝経路、立体構造、疾病との関連、遺伝子多型（SNP、マイクロサテライト等）、 遺伝子発現プロファイル、分子進化学的特徴、タンパク質間相互作用(PPI)、遺伝子ファミリー などの精査されたアノテーション（注釈付け）情報を提供しています。
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タンパク質コード遺伝子座（遺伝子）をタンパク質存在の信頼度に従って、カテゴリ化しています。目的に応じて遺伝子セットを選択して解析できます。
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SSBD
(生命動態システム科学の統合データベース) |
10.18908/lsdba.nbdc01349-000 |
その他の分子生物学データベース
動態データベース
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Mus musculus
(10090)
Drosophila melanogaster
(7227)
Caenorhabditis elegans
(6239)
Escherichia coli
(562)
Zebrafish
(7955)
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顕微鏡を活用した計測や数理モデリングで得られる時空間情報を数値として有する定量データのデータベースです。さまざまな生物の分子や細胞、個体の動態の定量データを収集・公開しており、格納されているデータはブラウザ上で 多次元表示することができます。 |
定量データとそのメタ情報はBiological Dynamics Markup Language（BDML）形式のファイルとしてダウンロードできます。RESTful APIを介してSSBDの定量データを解析するクライアントアプリケーションを、プログラミング言語やプラットフォームに制限されることなく 開発できます。さらには、定量データを可視化・解析するためのソフトウェアや、定量データの元となる動画像もダウンロードできます。 |
国立研究開発法人 理化学研究所 |
CC 表示-継承 |
| データベース名称 | DOI | データベース分類 | 生物種 | 説明 | データベースの特長・有用性・活用方法 | 運用場所 | 利用許諾 |