tRNA sequence data, annotation data and curation data
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Data name
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tRNA sequence data, annotation data and curation data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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DOI
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10.18908/lsdba.nbdc00720-001 |
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Description of data contents
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Data of tRNA search results and curation data. Three prediction programs (tRNAScan-SE, Aragorn and tRNA finder) were used together to search tRNA genes. If the prediction results did not match, curation was carried out by experts. The following three types of determinations are used for determining the results. - reliable tRNA gene ("circle" mark at the original website.) - ambiguous case ("triangle" mark at the original website.) - not tRNA gene ("x" mark at the original website.) The data are classified into nine types as follows according to sources. - Prokaryotic complete genome: 95,512 entries. - Prokaryotic draft genome (WGS): 196,032 entries. - Plant: 1,608 entries. - Fungus: 2,773 entries. - Virus: 151 entries. - Phage: 962 entries. - Chloroplast: 4,376 entries. - Environmental sample (ENV) from GenBank: 101,837 entries. - Environmental sample (ENV) from Sequence Read Archive: 54,872 entries. The number of data is 458,123 in total. The data are given in a CSV format text file. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Data file
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File name :
trnadb_ce.zip
File URL :
File size :
22.7 MB
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Simple search URL
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http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/trnadb_ce#en | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Data acquisition method
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- |
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Data analysis method
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Three prediction programs (tRNAScan-SE, Aragorn and tRNA finder) were used together to search tRNA genes. If the prediction results did not match, curation was carried out by experts. |
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Number of data entries
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458,123 entries |
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| Data detail | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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