TMBETA-GENOME
このデータベースについて
データベースの説明
| データベース全般 | |
名称
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TMBETA-GENOME
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名称の読み方
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ティーエムベータゲノム |
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別名
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Annotation of Beta-Barrel Membrane Proteins in Genomic Sequences |
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DOI
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10.18908/lsdba.nbdc00713-000 |
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作成者
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作成氏名
グロミハ マイケル*
作成者英名
Michael Gromiha
作成者所属
産業技術総合研究所 生命情報科学研究センター
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連絡先
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Dr. M. MICHAEL GROMIHA Associate Professor Department of Biotechnology IIT Madras Chennai - 600 036 Tel: +91-44-2257-4138(O) E-mail:  http://www.iitm.ac.in/bioinfo/Gromiha/ |
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データベース分類
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タンパク質配列データベース-タンパク質属性 |
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生物種
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データベースの説明
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TMBETA-GENOMEはゲノム配列の解読が完了している生物種のゲノム中に含まれるβ−バレル型膜タンパク質のデータベースです。各ゲノム配列に対して、機械学習と統計的手法を用いた計算が実行され、それらのアノテーション結果がデータベースに格納されています。 |
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データベースの特長・有用性・活用方法
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ゲノムの各配列についてβ-バレル型膜タンパク質と判定された配列をFASTAフォーマットで取得することができ、さらなる解析に用いることができます。また"TMBETA-DISC"や"TMBETA-SVM"などの予測ツールを提供しており（アーカイブ版には含まれません）、アミノ酸配列を入力してβ-バレル型膜タンパク質の判別解析を行うことができます。 |
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データベースの利用許諾
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CC 表示-継承 詳細 |
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予算的背景・プロジェクト
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論文等
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文献名
TMBETA-GENOME: database for annotated beta-barrel membrane proteins in genomic sequences.
著者名
Gromiha MM, Yabuki Y, Kundu S, Suharnan S, Suwa M.
雑誌名/掲載年月/号
Nucleic Acids Res. 2007 Jan;35(Database issue):D314-6. Epub 2006 Nov 6.
外部リンク
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| データベースのオリジナルサイト情報 | |
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データベース運用場所
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産業技術総合研究所 ゲノム情報研究センター |
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オリジナルサイト
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運用開始年月日
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最終更新年月日
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統括サイト
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http://medals.jp/list/detail/70.html |
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データの一括ダウンロードサイト
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参照先データベース
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NCBI, Ensembl |
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一覧表示
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有り |
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クエリ検索
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有り |
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Webサービス
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無し |
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WebサービスURL
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ユーザ登録
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無し |