LD bin 一覧 (Phase II)

データ説明

データ名

LD bin 一覧 (Phase II)

DOI

10.18908/lsdba.nbdc00036-003

データ内容の説明

D2（Phase II）のLD bin 一覧。
LD bin （連鎖不平衡領域）は、r² (連鎖不平衡の指標)の高いSNP同士をグループ化したもの。
Phase IIのデータ（Genotype DataとAnnotation Data）から、LD bin単位の情報を表形式にまとめたもの。

データファイル

データファイル名:

dhaplo_d2_ld_bin_list.zip

データのURL:

https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/dhaplodb/LATEST/dhaplo_d2_ld_bin_list.zip

ファイルサイズ:

3.0MB

簡易検索URL

http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/dhaplo_d2_ld_bin_list#ja

データ取得方法

Perlegen 281K arrays、Affymetrix 500K arrays

解析方法

連鎖不平衡の尺度としてSNP間(お互いの距離が300 kb以内であるもの）のr²を計算した。このとき解析対象としたSNPはアレル頻度5%以上に限定した。相互のr²が0.8以上であるSNPをLD binにまとめ、その中からtagSNPおよびbest tagSNP（tagSNPの中で、他のSNPsに対するr²の平均が最も高いもの）を選んだ。LD binおよびtagSNPの計算にはCarlsonら（AJHG 74: 106-120, 2004）のldSelectプログラムをハプロイドデータを扱えるように改変して用いた。

データ件数

254,762件

データ詳細

項目名	項目の説明
LD bin	LD binの名称。
Chromosome	LD binが存在する染色体。 (Chr1～Chr22, ChrX)
Position Start	LD binの染色体上の開始位置。 (NCBI Build 35)
Position End	LD binの染色体上の終了位置。 (NCBI Build 35)
SNPs Count	LD binに含まれるSNPの数。
tagSNPs Count	LD binに含まれるtagSNPの数。
Best tagSNP	LD binに含まれるtagSNPのうち、r²が最も高いSNPのRefSNP ID (rs番号)。 (簡易検索ではdbSNPへのリンク）

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