このデータベースについて
LD bin 一覧 (Phase II)
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データ名
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LD bin 一覧 (Phase II) | ||||||||||||||||
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DOI
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10.18908/lsdba.nbdc00036-003 |
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データ内容の説明
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D2（Phase II）のLD bin 一覧。 LD bin （連鎖不平衡領域）は、r<sup>2</sup> (連鎖不平衡の指標)の高いSNP同士をグループ化したもの。 Phase IIのデータ（Genotype DataとAnnotation Data）から、LD bin単位の情報を表形式にまとめたもの。 | ||||||||||||||||
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データファイル
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データファイル名 :
dhaplo_d2_ld_bin_list.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
3.0MB
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簡易検索URL
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http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/dhaplo_d2_ld_bin_list#ja | ||||||||||||||||
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データ取得方法
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Perlegen 281K arrays、Affymetrix 500K arrays |
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解析方法
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連鎖不平衡の尺度としてSNP間(お互いの距離が300 kb以内であるもの）のr2を計算した。このとき解析対象としたSNPはアレル頻度5%以上に限定した。相互のr2が0.8以上であるSNPをLD binにまとめ、その中からtagSNPおよびbest tagSNP（tagSNPの中で、他のSNPsに対するr2の平均が最も高いもの）を選んだ。LD binおよびtagSNPの計算にはCarlsonら（AJHG 74: 106-120, 2004）のldSelectプログラムをハプロイドデータを扱えるように改変して用いた。 |
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データ件数
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254,762件 |
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| データ詳細 | |||||||||||||||||
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