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生命科学系データベースアーカイブ
データベースアーカイブ説明図

いくら良質なデータベースでも、説明が十分でない、利用条件が明確でない、ダウンロードできないなどの理由で十分に利用され、引用され、相応しい評価をうける機会を逃していることがあります。

生命科学系データベースアーカイブは、国内のライフサイエンス研究者が生み出したデータセットをわが国の公共財としてまとめて長期間安定に維持保管し、データ説明(メタデータ)を統一して検索 を容易にすると共に、利用許諾条件などの明示を行うことで、多くの人が容易にデータへアクセスしダウンロードを行えるようにするサービスです (詳細説明)。

データを長期にわたり保全し、データベース作成者のクレジットを明示する一方、公的機関や民間等様々なユーザが利用しやすい形にすることで、それぞれの研究の生命科学へのいっそうの貢献を支援します。 データベースの寄託を随時募集しています(寄託応募要領)。

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アーカイブデータベース一覧 (ヘルプ

  データベース データベース運用場所 代表者 データベースカテゴリ 生物種 要約(キーワードを太字表示) 利用許諾
  データベース データベース運用場所 代表者 データベースカテゴリ 生物種 要約(キーワードを太字表示) 利用許諾
FANTOM5 FANTOM5 理化学研究所 生命医科学研究センター外部リンク 林崎 良英 発現 ヒト、マウス、イヌ、ラット、アカゲザル、ニワトリ ヒトやマウスの様々な細胞種における転写産物転写因子活性に関するデータベース CC 表示 詳細
PoSSuM PoSSuM 産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター外部リンク 富井 健太郎 構造データベース-低分子 - タンパク質上の低分子結合サイトを推定するためのデータベース CC 表示-継承
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ChemTHEATRE ChemTHEATRE 愛媛大学 沿岸環境科学研究センター外部リンク 仲山 慶 化学物質のモニタリングデータ - ChemTHEATREは、環境中の化学物質のモニタリング結果を集めたデータベースです。 CC 表示-継承
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医学・薬学予稿集全文データベース 医学・薬学予稿集全文データベース ライフサイエンス統合データベースセンター外部リンク 川本 祥子 文献 - 医学・薬学関係の学会や研究会、医師会の年会・大会・集会の予稿集に掲載された記事の書誌情報とスキャン画像のデータベース CC 表示-継承
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ライフサイエンス 新着論文レビュー ライフサイエンス 新着論文レビュー ライフサイエンス統合データベースセンター外部リンク 飯田 啓介 文献 - 日本人を著者とする生命科学分野の論文について、論文の著者自身の執筆による日本語レビュー CC 表示
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ライフサイエンス 領域融合レビュー ライフサイエンス 領域融合レビュー ライフサイエンス統合データベースセンター外部リンク 飯田 啓介 文献 - 第一線の研究者が執筆した生命科学分野における最新の研究成果の日本語レビュー CC 表示
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科学技術用語形態素解析辞書 科学技術用語形態素解析辞書 バイオサイエンスデータベースセンター外部リンク 建石 由佳 辞書 - JSTシソーラス(2015年版)の見出し語と同義語を、形態素解析エンジンMeCabのユーザー辞書として使える形にしたデータベース CC 表示-継承
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NBDC NikkajiRDF NBDC NikkajiRDF 科学技術振興機構外部リンク - 化合物 - 日本化学物質辞書(日化辞)のデータを化合物情報のRDF記述で標準となっているオントロジーを用いてRDF化したデータベース CC 表示-継承
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HHDB HHDB 国立研究開発法人 量子科学技術研究開発機構 量子ビーム科学研究部門外部リンク 玉田 太郎 立体構造 生物全般 水素及び水和水を含むタンパク質や核酸の立体構造データ(中性子回折法や高分解能X線回折法による)に含まれる水素結合のデータベース CC 表示-継承
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核酸医薬品データベース 核酸医薬品データベース 産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター外部リンク 福井 一彦 核酸医薬品 - バイオ医薬品として知られる核酸医薬品の承認薬や、臨床試験における治験段階の情報をまとめたデータベース CC 表示-継承
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Mouse Basement Membrane Bodymap Mouse Basement Membrane Bodymap 科学技術振興機構外部リンク 関口 清俊 タンパク質の局在とターゲッティング マウス 発生中のマウス胚における基底膜タンパク質の局在性を示す画像のデータベース CC 表示-継承 詳細
日化辞 InChI対応表 日化辞 InChI対応表 科学技術振興機構外部リンク - 化合物 - 日本化学物質辞書(日化辞 Nikkaji)の化合物IDとInChIおよびInChIKeyの対応に関するデータベース CC 表示
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YAKUZEN YAKUZEN 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室外部リンク 金谷 重彦 薬膳レシピ - 食材が持つ効能 (性味,帰経など) と薬膳レシピのデータベース CC 表示-継承
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jPOSTリポジトリメタデータ jPOSTリポジトリメタデータ jPOSTチーム 石濱 泰 プロテオミクス - 質量分析の生データ、ピークリスト、解析データを登録するためのリポジトリ CC 表示-継承
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KEGG MEDICUS KEGG MEDICUS 京都大学化学研究所金久研究室外部リンク 金久 實 疾患、薬剤 ヒト 疾患医薬品環境物質などのデータを、ゲノム情報を基盤とした生体システム情報として統合したデータベース CC 表示-継承
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PGDBj 登録生物種リスト・マーカーリスト・QTLリスト・DBリンク・ゲノム解析手法 PGDBj 登録生物種リスト・マーカーリスト・QTLリスト・DBリンク・ゲノム解析手法 かずさDNA研究所外部リンク 田畑 哲之 植物ゲノム 植物・藻類・緑藻 モデル生物と作物を含む植物種について、基本情報マーカーQTLDBリンクゲノム解析手法の情報を整理したデータベース CC 表示-継承
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GENIUS II GENIUS II

諏訪 牧子 タンパク質配列DB バクテリア、古細菌、真核生物 多重媒介配列検索法(MISS法)を用いて 各生物種ゲノムの全ORFを構造既知の タンパク質の立体構造に帰属したデータベース CC 表示-継承
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HATODAS - 重原子データベース HATODAS - 重原子データベース 理化学研究所 播磨研究所 放射光科学総合研究センター外部リンク 国島 直樹 立体構造 生物全般 タンパク質のX線結晶解析で行われる重原子化の事例を収集したデータベース CC 表示-継承
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GRIPDB GRIPDB

根本 航 タンパク質構造 ヒト Gタンパク質共役型受容体同士の相互作用ペアについての情報を提供するデータベース CC 表示-継承
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MicrobeDB.jp MicrobeDB.jp 国立遺伝学研究所外部リンク 黒川 顕 ゲノム情報 古細菌、真正細菌 ゲノム情報を核として様々な微生物学上の知識統合したデータベース CC 表示-継承
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Togo Picture Gallery Togo Picture Gallery ライフサイエンス統合データベースセンター外部リンク 小野 浩雅 画像コレクション - 生命科学分野の誰でも自由に閲覧・利用できる無料の画像のコレクション。 CC 表示
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TogoTV TogoTV ライフサイエンス統合データベースセンター外部リンク 小野 浩雅 動画コレクション - 生命科学分野の有用なデータベースやツールの使い方を紹介する動画のコレクション CC 表示
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抗体医薬品データベース 抗体医薬品データベース

福井 一彦 抗体医薬品 - 抗体医薬品について、承認薬や臨床試験における3段階の治験段階の情報をまとめたデータベース CC 表示-継承
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SKIP幹細胞情報データベース SKIP幹細胞情報データベース 慶應義塾大学医学部臨床遺伝学センター/幹細胞情報室外部リンク 小崎 健次郎 遺伝子、疾患 ヒト 各研究機関が保有するヒト幹細胞サンプルに関する情報を集約したデータベース CC 表示-継承
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PGDBj - オルソログデータベース PGDBj - オルソログデータベース かずさDNA研究所外部リンク 中谷 明弘 オルソログ 緑色植物、ラン藻 異なる生物種間におけるアミノ酸配列の類似性に基づいた遺伝子のオルソログ情報を蓄積したデータベース CC 表示-継承
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シロイヌナズナフェノームデータベース シロイヌナズナフェノームデータベース 理化学研究所バイオリソースセンター外部リンク 桝屋 啓志 表現型 シロイヌナズナ 理研で作成されたシロイヌナズナ変異体観察情報とその表現型のデータ、公刊された文献由来の表現型のデータからなるシロイヌナズナの表現型データベース CC 表示-継承
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DB-SPIRE DB-SPIRE 産業技術総合研究所 臨海副都心センター外部リンク 野口 保 タンパク質構造 - 実験的または配列解析によって同定されたアミノ酸配列モチーフのタンパク質立体構造における位置を登録したデータベース CC 表示-継承
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dbQSNP dbQSNP 九州大学 生体防御医学研究所 附属遺伝情報実験センター ゲノム構造学分野外部リンク 林 健志 遺伝子多型 ヒト ヒトゲノム上のSNPを探索し、そのアレル頻度を種々のプールDNAのSSCP解析により決定したデータベース CC 表示-継承
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TMFunction TMFunction 産業技術総合研究所 臨海副都心センター外部リンク グロミハ マイケル タンパク質構造 - α-ヘリックス及びβ-バレル型膜タンパク質に含まれる機能的残基のデータベース CC 表示-継承
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PSCDB PSCDB 名古屋大学情報科学研究科外部リンク 雨宮 崇之 タンパク質構造 - タンパク質の立体構造変化リガンド結合の関係を表したデータベース CC 表示-継承
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NITE NBRC Yeast Image Collection NITE NBRC Yeast Image Collection 独立行政法人 製品評価技術基盤機構 バイオテクノロジーセンター外部リンク 川崎 浩子 画像 酵母 酵母の3種の形状(細胞、菌糸、胞子)画像と、撮影時の培地条件に関するデータを収録したデータベース CC 表示-継承
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Autophagy Database Autophagy Database 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所外部リンク 菅原 秀明 タンパク質配列、代謝系/シグナル伝達経路-タンパク質・タンパク質相互作用、タンパク質構造 ショウジョウバエ、マウス、ヒト、出芽酵母など 多数の生物種におけるオートファジー関連タンパク質とそのホモログの情報を提供するデータベース CC 表示-継承
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Legenda Legenda 産業技術総合研究所 臨海副都心センター外部リンク 日紫喜 光良 遺伝子、疾患 ヒト 文献から抽出した疾患-遺伝子-物質との関係を納めた疾患情報テキストマイニングデータベース CC 表示-継承
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ConfC ConfC 産業技術総合研究所 臨海副都心センター外部リンク 野口 保 タンパク質構造、低分子、核酸構造 - PDB (Protein Data Bank)内のタンパク質立体構造から動的情報を抽出したデータベース CC 表示-継承
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H-InvDB H-InvDB 東海大学 医学部 基礎医学系 分子生命科学 情報生物医学研究室外部リンク 今西 規 塩基配列データベース-遺伝子構造、イントロン/エクソン、スプライス部位 ヒト ヒトのすべての転写産物を対象とし、ヒト遺伝子の構造、選択的スプライシングバリアントなどの精査されたアノテーション情報を提供する統合データベース CC 表示-継承
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SSBD SSBD 国立研究開発法人 理化学研究所外部リンク 大浪 修一 動態データベース マウス、ゼブラフィッシュ、ショウジョウバエ、線虫、大腸菌 顕微鏡を活用した計測や数理モデリングで得られる時空間情報を数値として有する定量データのデータベース CC 表示-継承
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ChIP-Atlas ChIP-Atlas 九州大学大学院 医学研究院 発生再生医学分野外部リンク 沖 真弥 発現 ヒト、マウス、ショウジョウバエ、線虫、酵母、ラット Sequence Read Archiveで公開されているChIP-Seqデータを再解析したデータベース CC 表示-継承
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Metabolonote Metabolonote かずさDNA研究所外部リンク 櫻井 望 実験手法 生物全般 メタボロミクス研究で取得された実験データに対する詳細な実験手法の情報(メタデータ)を専門に管理するデータベース CC 表示-継承
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MassBank MassBank 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室外部リンク 西岡 孝明 質量分析 - 代謝物質(基礎代謝、植物二次代謝標準物質)を高分解能質量分析によって測定したマススペクトルを収集したデータベース -
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SAHG SAHG 産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター外部リンク 本野 千恵 タンパク質構造、ヒトORF、タンパク質配列 ヒト ヒトゲノム由来の全タンパク質配列の立体構造モデルを予測し、結果を視覚的に表示したデータベース CC 表示-継承
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eDDASs eDDASs 農業環境変動研究センター外部リンク 對馬 誠也 メタゲノム 糸状菌、細菌、線虫 国内の農耕地の土壌微生物を示すeDNA解析情報のデータベース CC 表示-継承
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fRNAdb fRNAdb 産業技術総合研究所 臨海副都心センター外部リンク 光山 統泰 RNA配列 32,978生物種 文献で報告された非コードRNAを収集し、塩基配列、ゲノム位置、2次構造、文献情報などと関連付けてカタログ化したデータベース CC 表示-継承
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CREATE portal CREATE portal かずさDNA研究所外部リンク 古閑 比佐志 プロテオミクス マウス 抗体を作製して274種類のマウスKIAA遺伝子の発現を解析したInGaPと、50種類のマウスKIAAタンパク質の相互作用を解析したInCePを収録したデータベース CC 表示-継承
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RPD RPD 農業生物資源研究所外部リンク 小松 節子 プロテオミクス イネ イネの各種器官や細胞内小器官を対象に2次元ゲル電気泳動を行い、そのスポットを収集したデータベース CC 表示-継承
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JSNP JSNP 東京大学 医科学研究所外部リンク - 遺伝子多型 ヒト 日本人の持つ約19万7000の多型データにアノテーション(遺伝子情報、位置情報、アミノ酸置換情報等)を付加したデータベース CC 表示-継承
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RED II INAHO RED II INAHO 農業生物資源研究所外部リンク 菊池 尚志 植物データベース-イネ、マイクロアレイ、遺伝子発現 イネ 60-merのオリゴヌクレオチドマイクロアレイを用いてイネの遺伝子発現を分析したデータベース CC 表示-継承
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RED RED 農業生物資源研究所外部リンク 菊池 尚志 植物データベース-イネ、マイクロアレイ、遺伝子発現 イネ イネゲノムプロジェクトにおいて8987ESTアレイを用いて解析された遺伝子発現データを集約したデータベース CC 表示-継承
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ASTRA ASTRA 産業技術総合研究所外部リンク 長崎 英樹 塩基配列データベース-遺伝子構造、イントロン/エクソン、スプライス部位 6生物種(ヒト、マウス、ショウジョウバエ、線虫、シロイヌナズナ、イネ) 6真核生物種のゲノム中の選択的スプライシング選択的転写開始パターンデータベース CC 表示-継承
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MassBase MassBase かずさDNA研究所外部リンク 荒 武 分子生物学、代謝 154生物種 質量分析装置による代謝産物の分析データを、生データに近い形で蓄積・公開するためのデータベース CC 表示-継承
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RMOS RMOS 農業生物資源研究所外部リンク 菊池 尚志 実験解析技術・方法 イネ イネマイクロアレイプロジェクトで作成されたマイクロアレイとその関連情報 CC 表示-継承
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RGP physicalmap RGP physicalmap 農業生物資源研究所外部リンク 佐々木 卓治 YACクローン イネ RGPのDNAマーカーで選抜されたイネYACクローンの物理マッピング CC 表示-継承
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RGP caps RGP caps 農業生物資源研究所外部リンク 佐々木 卓治 DNAマーカー イネ イネの多型検出のために開発されたDNAマーカー(STSマーカーおよびCAPSマーカー)のデータベース CC 表示-継承
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RGP estmap2001 RGP estmap2001 農業生物資源研究所外部リンク 佐々木 卓治 EST イネ YACベースのイネ転写産物地図作成に使用されたEST部位情報のデータベース CC 表示-継承
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GlycoProtDB GlycoProtDB 産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センター外部リンクグライコプロテオーム解析チーム 梶 裕之 構造―糖 線虫、マウス、ヒト 質量分析法を主体としたプロテオミクスの手法で実験的に同定されたN結合型糖タンパク質の糖結合位置のデータベース。 CC 表示-継承
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PCDq PCDq 産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター外部リンク 今西 規 タンパク質 ヒト 予測複合体を含めたヒト蛋白質複合体のデータベース CC 表示-継承
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RGP gmap2000 RGP gmap2000 農業生物資源研究所外部リンク 佐々木 卓治 DNAマーカー イネ イネの高密度連鎖地図(2000年版)作成に使用されたRFLPマーカーのデータベース CC 表示-継承
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TMBETA-GENOME TMBETA-GENOME 産業技術総合研究所 ゲノム情報研究センター外部リンク グロミハ マイケル タンパク質 古細菌、真正細菌、真核生物 ゲノム配列の解読が完了している生物種のゲノム中に含まれるβ−バレル型膜タンパク質のデータベース CC 表示-継承
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DNA ProbeLocator DNA ProbeLocator 産業技術総合研究所外部リンク 日紫喜 光良 DNA配列 ヒト 多様なプラットフォームのマイクロアレイプローブ配列すべてを完全長cDNA配列に対してマッピングしたデータベース CC 表示-継承
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OpenPML OpenPML バイオ産業情報化コンソーシアム外部リンク - 遺伝型-表現型データ記述形式 - 遺伝型-表現型データ記述形式の標準化規格PML について記述したデータベース CC 表示-継承
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RGP gmap98 RGP gmap98 農業生物資源研究所外部リンク 佐々木 卓治 DNAマーカー イネ イネの高密度連鎖地図作成に使用されたRFLPマーカーのデータベース CC 表示-継承
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RPSD RPSD 農業生物資源研究所外部リンク 山崎 俊正 立体構造 イネ イネなど7種類の植物のタンパク質の立体構造に関するデータベース CC 表示-継承
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RGP gmap RGP gmap 農業生物資源研究所外部リンク 美濃部 侑三 DNAマーカー イネ イネ連鎖地図作成に使用されたDNAマーカーのデータベース CC 表示-継承
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KAIKOcDNA KAIKOcDNA 農業生物資源研究所外部リンク 末次 克行 cDNA カイコ カイコの部分的cDNA配列にアノテーションを付与したデータベース CC 表示-継承
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KNApSAcK MetalMine KNApSAcK MetalMine 前橋工科大学 生命情報学科 生命情報化学研究室外部リンク 中村 建介 タンパク質 生物全般 金属イオン結合タンパク質のデータベース CC 表示-継承
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おもしろい糸状菌 おもしろい糸状菌 農業・食品産業技術総合研究機構 北海道農業研究センター外部リンク - 図鑑 菌類 海洋性の糸状菌17種について、顕微鏡写真、学名、形態の説明をまとめたデータベース CC 表示-継承
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PLACE PLACE 農業生物資源研究所外部リンク 肥後 健一 発現制御 植物 高等植物遺伝子のプロモーター等の発現制御に関わる領域の塩基配列モチーフを論文から収集し、解説等を付加したデータベース CC 表示-継承
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SEVENS SEVENS 産業技術総合研究所 ゲノム情報研究センター外部リンク 諏訪 牧子 タンパク質 真核生物 7本膜貫通ヘリックス型タンパク質GPCR遺伝子を網羅的に収めたデータベース CC 表示-継承
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KNApSAcK Bicycle KNApSAcK Bicycle 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室外部リンク 金谷 重彦 代謝 各種藻類 藻類タンパク質二次代謝反応の情報を集めたデータベース CC 表示-継承
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GenLibi GenLibi 科学技術振興機構外部リンク - 文献 ヒト、マウス、ラット JST文献情報JDream IIから得られた遺伝子機能や関連する疾患/表現型を提供するデータベース CC 表示-継承
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Integbioデータベースカタログ Integbioデータベースカタログ バイオサイエンスデータベースセンター外部リンク - カタログ - 生命科学系データベースの所在情報 (URL)と、データベースの説明や生物種などの属性情報 (メタデータ)をまとめたデータベース CC0
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KNApSAcK FoodProcessor KNApSAcK FoodProcessor 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室外部リンク 金谷 重彦 代謝 植物、動物、菌類、藻類 レトルト・カレーと配合食材の関係をもとに構築された加工食品の成分に関するデータベース CC 表示-継承
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KNApSAcK DietDish KNApSAcK DietDish 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室外部リンク 金谷 重彦 代謝 生物全般 食材間の食べ合わせ情報に関するデータベース CC 表示-継承
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KNApSAcK Biological Activity (Metabolite Activity) KNApSAcK Biological Activity (Metabolite Activity) 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室外部リンク 金谷 重彦 代謝 生物全般 代謝物の生物活性情報に関するデータベース CC 表示-継承
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Trypanosomes Database Trypanosomes Database 文部科学省 ターゲットタンパク研究プログラム外部リンク 菅原 秀明 タンパク質 トリパノソーマ、ヒト トリパノソーマ症に対する薬剤開発において、効果的なターゲットとなり得るピリミジン生合成や酸化還元反応を触媒する酵素のデータベース CC 表示-継承
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Q-TARO Q-TARO 農業生物資源研究所外部リンク 米丸 淳一 QTL イネ 文献から集めたイネのQTL情報のデータベース CC 表示-継承
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AT Atlas AT Atlas 文部科学省 ターゲットタンパク研究プログラム外部リンク 菅原 秀明 その他の分子生物学データベース、実験解析技術・方法 生物全般 ターゲットタンパク研究プログラムで開発された技術の図解のデータベース CC 表示-継承
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TP Atlas TP Atlas 文部科学省 ターゲットタンパク研究プログラム外部リンク 菅原 秀明 代謝系/シグナル伝達経路 ヒト、細菌、各種モデル生物 ネットワーク図をプラットフォームとしたターゲットタンパク研究成果データベース CC 表示-継承
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RMG RMG 農業生物資源研究所外部リンク 門脇 光一 DNA配列 イネ イネのミトコンドリアゲノムの配列や解析結果のデータベース CC 表示-継承
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KOME KOME 農業生物資源研究所外部リンク 菊池 尚志 cDNA イネ イネ完全長cDNAプロジェクトにおいて収集、全長塩基配列が決定されたイネ由来の完全長cDNAクローンの情報を収録したデータベース CC 表示-継承
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BodyParts3D BodyParts3D ライフサイエンス統合データベースセンター外部リンク 大久保 公策 器官 ヒト 解剖学用語が示す人体の部品(臓器、器官)の位置と形状を3次元人体モデルで記述したデータベース CC 表示-継承
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WINGpro WINGpro 科学技術振興機構外部リンク - カタログ - ライフサイエンス分野のデータベースの情報収集、整理、分類したデータベース CC 表示-継承
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生物アイコン 生物アイコン バイオサイエンスデータベースセンター外部リンク 大久保 公策 画像 生物全般 細菌から動植物まで200種以上の生物種の画像(アイコン)を収録したデータベース CC 表示
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KNApSAcK Core KNApSAcK Core 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室外部リンク 金谷 重彦 代謝 生物全般 二次代謝物と生物種の関係についてのデータベース CC 表示-継承
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KNApSAcK Lunch Box & Tea Pot KNApSAcK Lunch Box & Tea Pot 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室外部リンク 金谷 重彦 代謝 生物全般 食用植物、健康促進や薬用効果のある植物などについてのデータベース CC 表示-継承
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KNApSAcK DietNavi KNApSAcK DietNavi 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室外部リンク 金谷 重彦 代謝 生物全般 食材と生活習慣病の関係性についてのデータベース CC 表示-継承
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KNApSAcK WorldMap KNApSAcK WorldMap 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室外部リンク 金谷 重彦 代謝 生物全般 世界の薬用植物と使用国の関係についてのデータベース CC 表示-継承
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KNApSAcK KAMPO KNApSAcK KAMPO 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室外部リンク 金谷 重彦 代謝 植物、動物、菌類、藻類 生薬と漢方処方の効能に関するデータベース CC 表示-継承
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KNApSAcK JAMU (IndonesiaHerb) KNApSAcK JAMU (IndonesiaHerb) 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室外部リンク 金谷 重彦 代謝 植物、菌類、藻類 インドネシア生薬に関するデータベース CC 表示-継承
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KNApSAcK Biological Activity (Natural Activity) KNApSAcK Biological Activity (Natural Activity) 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室外部リンク 金谷 重彦 代謝 植物、菌類、藻類 食用/薬用植物等と活性との関係についてのデータベース CC 表示-継承
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KNApSAcK Motorcycle KNApSAcK Motorcycle 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室外部リンク 金谷 重彦 代謝 植物、細菌、菌類など 植物、細菌、菌類などの有効成分の生合成過程に関する二次代謝反応データベース CC 表示-継承
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生命科学系主要プロジェクト一覧 生命科学系主要プロジェクト一覧 バイオサイエンスデータベースセンター外部リンク 西川 哲夫 カタログ - 日本国内の主要プロジェクトに関する情報(体制、予算、概要、データベースサイト、ダウンロードサイト、報告書や文献へのリンク情報等)を収集したカタログ型のデータベース。 CC 表示-継承
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ゲノム解析ツールリンク集 ゲノム解析ツールリンク集 科学技術振興機構 外部リンク - カタログ - 分子生物学分野のデータ解析に欠かせないツール提供サイトへのリンク集 CC 表示-継承
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Webリソースポータルサイト Webリソースポータルサイト 科学技術振興機構 外部リンク - カタログ - バイオインフォマティクス解析に役立つツールやワークフローなどのリソース情報をまとめたデータベース CC 表示-継承
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eSOL eSOL 文部科学省 ターゲットタンパク研究プログラム 外部リンク 田口 英樹 蛋白質 大腸菌 試験管内合成系で大腸菌の全タンパク質を発現した際の凝集の度合い(可溶率)と、シャペロンによる凝集抑制効果のデータベース CC 表示-継承
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tRNADB-CE tRNADB-CE 新潟大学 工学部情報工学科バイオインフォマティクス研究室外部リンク 阿部 貴志 RNA配列 原核生物 世界的に最も精度が高い、エキスパートが精査を加えたtRNA 遺伝子データベース CC 表示-継承
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GDBS GDBS 産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報センター外部リンク 五條堀 孝 遺伝子多型 ヒト 多因子性疾患(関節リウマチ、尋常性乾癬、摂食障害)に関する遺伝子多型情報タイピングにより解析したデータベース CC 表示-継承
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ClEST ClEST 産業技術総合研究所 生物プロセス研究部門 生物共生進化機構研究グループ外部リンク 森山 実 cDNA トコジラミ トコジラミCimex leculariusのさまざまな器官や体全体に発現する遺伝子配列(EST)のデータベース CC 表示-継承
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Open TG-GATEs 病理写真データベース Open TG-GATEs 病理写真データベース 医薬基盤研究所外部リンク トキシコゲノミクスプロジェクト トキシコゲノミクスデータベース ラット 160の化合物を用いて実施した動物試験で作製した肝臓および腎臓の病理標本の高解像度画像データベース CC 表示-継承
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Open TG-GATEs Open TG-GATEs 医薬基盤研究所外部リンク トキシコゲノミクスプロジェクト トキシコゲノミクスデータベース ヒト、ラット 170の化合物をラット個体およびラット・ヒト肝細胞へ曝露した際の遺伝子発現毒性のデータベース CC 表示-継承
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DIAM - 微生物情報 DIAM - 微生物情報 バイオインダストリー協会外部リンク - 文献 微生物全般 (ウイルス、真正細菌界、古細菌界、菌界、原生生物界を含む) 微生物の同定・分類関連情報、安全関連情報、利用関連情報データベース CC 表示-継承
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DIAM - バイオセイフティ関連の法規制 DIAM - バイオセイフティ関連の法規制 バイオインダストリー協会外部リンク - 文献 - 国内外のバイオセイフティ関連の法規制についての文献集およびQ&A CC 表示-継承
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GenoBase ver.6 GenoBase ver.6 奈良先端科学技術大学院大学 生体情報学講座外部リンク 森 浩禎 DNA配列、遺伝子構造、イントロン/エクソン、スプライス部位 大腸菌 大腸菌Escherichia coliのORF情報を中心に、遺伝子・クローン・PPI実験・文献等の関連データを収録したデータベース CC 表示-継承
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Mouse B6N BAC Clone Database Mouse B6N BAC Clone Database 理化学研究所バイオリソースセンター 実験動物開発室外部リンク 吉木 淳 DNA配列 マウス マウス (C57BL/6N系統)BACライブラリーを構成するクローンの末端配列情報のデータベース CC 表示-継承
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DGBY DGBY 農業・食品産業技術総合研究機構 食品総合研究所外部リンク 安藤 聡 発現 酵母 パン酵母遺伝子製パン関連ストレス下での発現と破壊株表現型を網羅的に解析したストレス耐性に関するデータベース CC 表示-継承
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Fluorome Fluorome 早稲田大学 教育学部理学科外部リンク 園池 公毅 変異体・表現型 シアノバクテリア 原核光合成生物であるシアノバクテリアのクロロフィル蛍光強度の時間変化を変異株ごとに取得し、変異株間で定量比較したデータベース CC 表示-継承
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INOH INOH 東京大学大学院医科学研究所外部リンク 高木 利久 代謝系/シグナル伝達経路 各種モデル生物(ヒト、マウス、ラット)を含む 専門家が文献から抽出した生体内分子機序に関する知識(パスウェイ)を、様々な機械処理が可能な形式で電子化したデータベース CC 表示-継承
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The Rice Growth Monitoring for the Phenotypic Functional Analysis The Rice Growth Monitoring for the Phenotypic Functional Analysis 農業生物資源研究所外部リンク 篠村 知子 表現型 イネ イネの発芽から開花までの生育画像を数分から数時間間隔で継続的に取得できる システムによる、表現型の網羅的解析結果のデータベース CC 表示-継承
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FANTOM web resource FANTOM web resource 理化学研究所 オミックス基盤研究領域 外部リンク 林崎 良英 発現 ヒト
マウス
CAGE法を使って得られたゲノムワイドな転写開始点等のデータベース CC 表示-継承
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Medaka Full-length cDNA Database Medaka Full-length cDNA Database 自然科学研究機構 基礎生物学研究所 進化多様性生物学領域 バイオリソース研究室 外部リンク 成瀬 清 cDNA メダカ メダカ近交系Hd-rRⅡ1完全長cDNAライブラリー11種に由来するcDNA配列データベース CC 表示-継承
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D-HaploDB D-HaploDB 九州大学 生体防御医学研究所 附属遺伝情報実験センター ゲノム構造学分野外部リンク 林 健志 多型 ヒト 全胞状奇胎を用いて直接決定した日本人ゲノムハプロタイプと連鎖不平衡構造のデータベース CC 表示-継承
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RIKEN SSBC RIKEN SSBC 理化学研究所 生命分子システム基盤研究領域外部リンク 横山 茂之 立体構造 ヒト、マウス 高等動植物等タンパク質結晶観察画像・X線回折画像・付随実験情報のデータベース CC 表示-非営利-改変禁止
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Micro-Tom BAC End Sequence Database Micro-Tom BAC End Sequence Database 筑波大学大学院生命環境科学研究科遺伝子実験センター外部リンク 浅水 恵理香 DNA配列 トマト トマト品種マイクロトムBACライブラリーを構成するクローンの末端配列情報のデータベース CC 表示-継承
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PGE PGE 科学技術振興機構 外部リンク ERATO土居バイオアシンメトリプロジェクト 発現 マウス マウス胚の初期発生における遺伝子発現パターンデータベース CC 表示-継承
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MDeR MDeR 科学技術振興機構外部リンク - メタデータ要素 - ライフサイエンス分野のメタデータ要素のレポジトリサイト CC 表示-継承
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Plabrain DB Plabrain DB 京都大学大学院理学研究科 生物科学専攻 生物物理学教室 分子発生学講座外部リンク 阿形 清和 発現, 局在 プラナリア プラナリア神経回路形成に関わる遺伝子群の単一細胞での発現情報と、Whole-mount in situ hybridizationおよび組織免疫染色による画像データを収録したデータベース CC 表示-継承
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MAGEST MAGEST 東京大学 医科学研究所 外部リンク 真壁 和裕 cDNA マボヤ マボヤの遺伝子発現とESTのデータベース CC 表示-継承
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Medaka EST Database Medaka EST Database 東京大学大学院理学系研究科 生物科学専攻 動物科学大講座動物発生学研究室 外部リンク 武田 洋幸 cDNA、発現 メダカ メダカEST、迅速マッピングシステムM-marker 2003、medaka microarray 8Kのデータ CC 表示-継承
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Heterozygosity of the Microsatellite Markers in the Japanese Population Heterozygosity of the Microsatellite Markers in the Japanese Population 九州大学 生体防御医学研究所付属遺伝情報実験センター ゲノム構造学分野外部リンク 山本 健 多型 ヒト 日本人におけるマイクロサテライトマーカーへテロ接合度のデータベース CC 表示-継承
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TMPDB TMPDB 弘前大学大学院 理工学研究科 電子情報工学科 外部リンク 清水 俊夫 蛋白質 生物全般 膜貫通トポロジーモデル各種トポロジー予測法の性能検証結果のデータベース CC 表示-継承
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RA target genes in the Ciona embryo RA target genes in the Ciona embryo 高知大学 理学部 応用理学科 外部リンク 藤原 滋樹 発現 カタユウレイボヤ カタユウレイボヤ胚におけるレチノイン酸標的遺伝子候補マイクロアレイによる発現解析Whole mount in situ hybridizationによる画像のデータベース CC 表示-継承
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DIAM - 安全性に関する文献 DIAM - 安全性に関する文献 バイオインダストリー協会外部リンク - 文献 - バイオテクノロジーにおける安全性に関する文献情報データベース CC 表示-継承
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DIAM - バイオテクノロジーの基礎知識 DIAM - バイオテクノロジーの基礎知識 バイオインダストリー協会外部リンク - 文献 - バイオテクノロジーの安全性についての解説、用語説明、Q&A CC 表示-継承
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The NAISTrap database The NAISTrap database 奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科 動物遺伝子機能学講座外部リンク 石田 靖雅 変異体・発現 マウス 遺伝子トラップで得たマウスES細胞のデータベース CC 表示-継承
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DGSP Database - Drosophila Gene Search Project Database DGSP Database - Drosophila Gene Search Project Database 首都大学東京 大学院理工学研究科 生命科学専攻 細胞遺伝学研究室外部リンク 相垣 敏郎 変異体 ショウジョウバエ ショウジョウバエのGSベクター挿入系統のデータベース CC 表示-継承
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EGTC - Database for the Exchangeable Gene Trap Clones EGTC - Database for the Exchangeable Gene Trap Clones 熊本大学 生命資源研究・支援センター外部リンク 荒木 正健 変異体 マウス マウスの可変型遺伝子トラップクローンのデータベース CC 表示-継承
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Transposon insertion site database - germline Transposon insertion site database - germline 大阪大学大学院 医学系研究科 環境・生体機能学外部リンク 堀江 恭二 変異体 マウス Sleeping Beautyトランスポゾンを用いて作製した変異マウスに関するデータベース CC 表示-継承
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KTmAbDB - C.elegans Monoclonal Antibody Collection KTmAbDB - C.elegans Monoclonal Antibody Collection 理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター 発生ゲノミクス研究チーム外部リンク 杉本 亜砂子 局在 線虫 線虫C. elegans胚の特異的な細胞種・細胞内構造を認識するモノクローナル抗体コレクションのデータベース CC 表示-継承
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Atlas (ISH Data Base) Atlas (ISH Data Base) 筑波大学 大学院生命環境科学研究科 ゲノム情報外部リンク 漆原 秀子 発現 粘菌 Dictyostelium discoideum cDNAクローンについて、 Whole-mount in situ hybridization に基づく空間的遺伝子発現情報を収録したもの CC 表示-継承
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GETDB - Gal4 Enhancer Trap Insertion Database GETDB - Gal4 Enhancer Trap Insertion Database 京都工芸繊維大学外部リンク 林 茂生 変異体・発現 ショウジョウバエ ショウジョウバエにおいて、Gal4エンハンサートラップ系統の挿入位置とエンハンサー活性のパターンをまとめたデータベース CC 表示-継承
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WorTS - Worm TS mutant Database WorTS - Worm TS mutant Database 大阪大学 微生物研究所 細胞機能分野外部リンク 中村 邦明 変異体・表現型 線虫 線虫の胚発生致死温度感受性変異株のデータベース CC 表示-継承
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AcEST AcEST 首都大学東京 大学院理工学研究科生命科学専攻 植物環境応答研究室外部リンク 鐘ヶ江 健 cDNA シダ シダのEST配列と機能アノテーション結果のデータベース CC 表示-継承
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Dicty_cDB - Dictyostelium cDNA Database Dicty_cDB - Dictyostelium cDNA Database 筑波大学 大学院生命環境科学研究科 ゲノム情報外部リンク 漆原 秀子 cDNA 粘菌 Dictyostelium discoideum cDNAの塩基配列と機能アノテーション結果 (相同性検索・モチーフ検索・産物の局在性予測・発現特性・ゲノムへのアラインメント等)の情報を収録したもの CC 表示-継承
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Gclust Server Gclust Server 東京大学大学院 総合文化研究科 広域科学専攻生命環境科学系外部リンク 佐藤 直樹 蛋白質配列 95生物種 総当たりBlast比較の結果得られた, 95生物種のタンパク質配列のクラスタのデータベース CC 表示-継承
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Budding yeast cDNA sequencing project Budding yeast cDNA sequencing project 東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻外部リンク 伊藤 隆司 cDNA 酵母 出芽酵母の完全長クローンの5'cDNA配列データベース CC 表示-継承
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Yeast Interacting Proteins Database Yeast Interacting Proteins Database 東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻外部リンク 伊藤 隆司 代謝系/シグナル伝達系パスウェイ-タンパク質相互作用 酵母 Y2Hによる出芽酵母のタンパク間相互作用のデータベース CC 表示-継承
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DMPD (Dynamic Macrophage Pathway CSML Database) DMPD (Dynamic Macrophage Pathway CSML Database) 東京大学 医科学研究所外部リンク 宮野 悟 代謝系/シグナル伝達系パスウェイ ヒト、哺乳類 マクロファージの分化、活性化に関するパスウェイデータベース CC 表示-継承
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Arabidopsis thaliana EST index Arabidopsis thaliana EST index かずさDNA研究所外部リンク 植物ゲノム研究部 中村 保一 cDNA シロイヌナズナ シロイヌナズナのEST配列と、それらの配列とNCBI nrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。 CC 表示-継承
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Chlamydomonas reinhardtii EST index Chlamydomonas reinhardtii EST index かずさDNA研究所外部リンク 植物ゲノム研究部 中村 保一 cDNA クラミドモナス クラミドモナスのEST配列と、それらの配列とNCBIのnrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。 CC 表示-継承
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Lotus japonicusEST index Lotus japonicusEST index かずさDNA研究所外部リンク 植物ゲノム研究部 中村 保一 cDNA ミヤコグサ ミヤコグサのEST配列と、それらの配列とNCBIのnrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。 CC 表示-継承
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Trifolium pratense EST index Trifolium pratense EST index かずさDNA研究所外部リンク 植物ゲノム研究部 中村 保一 cDNA ムラサキツメクサ ムラサキツメクサのEST配列と、それらの配列とNCBI nrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。 CC 表示-継承
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生命科学系データベースカタログ 生命科学系データベースカタログ バイオサイエンスデータベースセンター外部リンク 川本 祥子 カタログ - 生命科学系データベースの情報(URL・稼働状況・提供機関・生物種・データ種)を対象や生物種などの項目別に閲覧検索できるカタログ型のデータベース。 CC 表示-継承
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生命科学系学協会カタログ 生命科学系学協会カタログ バイオサイエンスデータベースセンター外部リンク 川本 祥子 カタログ - 生命科学系学協会の情報(URL・名称・連絡先・会員数・学会誌)を分類別に閲覧検索できるカタログ型のデータベース。 CC 表示-継承
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施設名辞書 施設名辞書 ライフサイエンス統合データベースセンター外部リンク 大久保 公策 辞書 - 施設名称や研究室名称と、それらの各表記の対応辞書 CC 表示-継承
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遺伝子名称シソーラス 遺伝子名称シソーラス ライフサイエンス統合データベースセンター外部リンク 大久保 公策 辞書 9生物種(ヒト、マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、ショウジョウバエ、線虫、出芽酵母、分裂酵母、枯草菌) 9生物種(ヒト、マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、ショウジョウバエ、線虫、出芽酵母、分裂酵母、枯草菌)を対象に遺伝子名、 遺伝子ファミリ名を集め並列関係【同義】および上下関係【ファミリ名】で関係付けました。 頭文字表記や代表的な遺伝子・ゲノムデータベースID情報も名称と扱います。 CC 表示-継承
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