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            "description": "首都大学東京で決定したホウライシダのESTシーケンスと、それらのシーケンスとUniProtKB\/Swiss-Prot、TrEMBLデータベースと の間で行ったblastx検索の結果をデータベース化したものである。これまで、様々な植物ゲノム解析が進められているが、陸上植物(種子、シダ、コケ植物)の中でシダ植物のゲノムに関する研究は発展していない。そこで光形態形成に関する研究に用いられてきたホウライシダ(Adiantum capillus-veneris)をシダのモデル植物として位置づけるために、 EST配列の解析を行った。",
            "features": "AcESTはホウライシダ(Adiantum capillus-veneris)のEST配列データ約3万件に二次情報を追加したデータベースである。シダ植物の新規遺伝子を探索するために活用することが可能であり、遺伝子の進化の解明やシダ植物特異的な遺伝子情報の収集をすることが出来る。",
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                    "reference_title": "Analysis of expressed sequence tags in prothallia of Adiantum capillus-veneris.",
                    "reference_authors": "Yamauchi, D., Sutoh, K., Kanegae, H., Horiguchi, T., Matsuoka, K., Fukuda, H., Wada, M.",
                    "journal": "J. Plant Res. 118 (3): 223-227.",
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            "description": "公共データベースに登録された遺伝子発現データについて、各種統計情報から検索・閲覧・比較することができる目次サイトです。",
            "features": "遺伝子発現データベースの中身をひと目で：ヒストグラムからデータを選択、項目を選択してリスト表示することができます。\r\n登録データランキングでより探しやすく：生物種ごと、手法ごとのデータ数のランキングを一覧できます。\r\n動的なグラフ描画：クリック操作で見たい生物種、手法に絞り込んだヒストグラムが動的に表示されます。",
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                    "reference_title": "All of gene expression (AOE): integrated index for public gene expression databases",
                    "reference_authors": "Hidemasa Bono",
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            "description": "かずさDNA研究所で決定したシロイヌナズナのEST配列と、それらの配列とNCBI nrデータベースとの間で行ったblastx検索の結果",
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                    "reference_title": "A large scale analysis of cDNA in Arabidopsis thaliana: Generation of 12,028 non-redundant expressed sequence tags from normalized and size-selected cDNA libraries",
                    "reference_authors": "Asamizu E, Nakamura Y, Sato S, Tabata S",
                    "journal": "DNA Research, 7, 175-180 (2000)",
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            "last_updated_date": "2008-03",
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            "alias": "Alternative Splicing and Transcription Archives (ASTRA)",
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                    "creator_name": "長崎 英樹",
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                    "creator_affiliation": "産業技術総合研究所 (現在: かずさDNA研究所)",
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                    "creator_name": "後藤 修",
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                    "creator_affiliation": "産業技術総合研究所",
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                    "creator_name": "有田 正規",
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                    "journal": "Gene. 2005 Dec 30;364:53-62.",
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                    "journal": "Bioinformatics. 2006 May 15;22(10):1211-6.",
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            "description": "AT Atlasは、ターゲットタンパク研究プログラム技術開発研究課題である「生産」、「解析」ならびに「制御」の成果を、Cell Illustratorなどによる概要図と技術の概要や活用事例のテキストを組み合わせて、分かりやすく表現することを目指した枠組みです。AT Atlasによって、あるタンパクの構造や機能を解明した実験方法を理解することができます。さらに、AT Atlasから実験プロトコルデータベースPREIMSへのリンクを辿って、実験を実際に始めるに十分な精密な実践的情報を入手することができます。Cell Illustratorは東大医科研 宮野悟教授らのグループが開発したパスウェイ描画ソフトウェアです。)",
            "features": "タンパク質合成実験の諸問題（難溶性、膜たんぱく質合成、タンパク質複合体の合成など）に取り組んだ各種プロトコルの情報、構造解析技術、タンパク質の機能解析に用いる化合物ライブラリー作成に関する技術についての技術開発が紹介されています。\r\n概要図と概要の説明によって各技術がわかりやすくまとめられ、詳細な実験方法の情報も実験プロトコルデータベースPREIMSへのリンクから得ることができる実践的なデータベースとなっています。",
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            "description": "Dictyostelium discoideum cDNAクローンについて、 Whole-mount in situ hybridization に基づく空間的遺伝子発現情報を収録したもの。",
            "features": "シンプルな発生・分化をすることでモデル生物として利用されているDictyostelium discoideumの発生期に発現する遺伝子について局在データを示すことにより、それらの遺伝子機能について推察することができる。 また、部位特異的な遺伝子についてDicty_cDBへのリンクから遺伝子の構造とアノテーション情報を得ることができる。",
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                    "reference_authors": "Maeda M, Sakamoto H, Iranfar N, Fuller D, Maruo T, Ogihara S, Morio T, Urushihara H, Tanaka Y, Loomis WF.",
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                    "reference_authors": "Maruo T, Sakamoto H, Iranfar N, Fuller D, Morio T, Urushihara H, Tanaka Y, Maeda M, Loomis WF.",
                    "journal": "Eukaryot Cell. 2004 Oct;3(5):1241-8.",
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            "how_to_read": "オートファジーデータベース",
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            "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01196-000",
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                {
                    "creator_name": "菅原 秀明",
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                    "creator_name": "本間 桂一",
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            "categories": [
                "タンパク質配列データベース",
                "代謝系\/シグナル伝達経路-タンパク質・タンパク質相互作用",
                "構造データベース-タンパク質構造"
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            "organisms": [],
            "organism_free_style": "ショウジョウバエ、マウス、ヒト、出芽酵母を含む以下の生物種。\r\n原生生物 3種\r\n菌類 19種\r\n植物 5種\r\n無脊椎動物 12種\r\n脊索動物 8種\r\n哺乳類 22種",
            "description": "オートファジーデータベースは、多数の生物種におけるオートファジー関連タンパク質とそのホモログの情報を提供するデータベースである。\r\nまず出芽酵母・ヒト・マウスにおいて実験的にオートファジー関連と示されたタンパク質を網羅的に収集した後、真核生物種におけるオーソログ、ホモログを同定し、機能、配列、立体構造、分子間相互作用などの情報や独自の実験解析結果を加えて公開している。関連論文リストは日々更新している。",
            "features": "オートファジー関連のタンパク質とそのホモログをキーワードで検索し、機能や立体構造などの情報を見ることができる。\r\nまたオートファジーの進行過程において必須なリン脂質であるホスファチジル・イノシトール3リン酸 (PI3P) に結合する可能性のあるタンパク質のリストも提供しており、それらのタンパク質の機能などの情報を見ることができる。",
            "fundings": [
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                    "funding_name": "文科省「ターゲットタンパク研究プログラム (2007-2011)\r\n課題ID:IPC1  ターゲットタンパク研究情報プラットフォームの構築運用",
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            "references": [
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                    "reference_title": "The Autophagy Database: an all-inclusive information resource on autophagy that provides nourishment for research.",
                    "reference_authors": "Homma K, Suzuki K, Sugawara H.",
                    "journal": "Nucleic Acids Res. 2011 Jan;39(Database issue):D986-90.",
                    "reference_pubmed_id": 20972215,
                    "reference_jglobal_id": "201302259065406495"
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            "description": "解剖学用語が示す人体の部品（臓器、器官）の位置と形状を３次元人体モデルで記述したデータベース",
            "features": "人体３次元モデルが無償利用できるのが最大の特徴。臓器の３次元的位置や形状を確認する電子アトラスとしてだけでなく、人体シミュレーションや データマッピングなどの入力データとして再利用可能である。\r\nBodyParts3Dの臓器を任意の視点やズーム、色、透過度で表示した解剖図譜を手軽に作成できるツール、\r\nアナトモグラフィー(http:\/\/lifesciencedb.jp\/bp3d) も公開している。",
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                    "reference_title": "BodyParts3D: 3D structure database for anatomical concepts.",
                    "reference_authors": "Mitsuhashi N, Fujieda K, Tamura T, Kawamoto S, Takagi T, Okubo K.",
                    "journal": "Nucleic Acids Res. 2008 Oct 3.",
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                    "creator_name": "伊藤 隆司",
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                "ゲノムデータベース（脊椎動物以外）-真菌ゲノムデータベース"
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            "organism_free_style": "",
            "description": "Vector-capping methodによる出芽酵母完全長cDNAライブラリーから作成した完全長cDNAクローンの5'末端配列、及びPhredソフトウェアによる配列クオリティ値",
            "features": "Vector-capping methodによってcDNAの5'端の完全性が確認可能であるから、ゲノムにマッピングすることによって、正確な転写開始点を知ることができる。",
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                    "reference_title": "A large-scale full-length cDNA analysis to explore the budding yeast transcriptome.",
                    "reference_authors": "Miura F, Kawaguchi N, Sese J, Toyoda A, Hattori M, Morishita S, Ito T.",
                    "journal": "Proc Natl Acad Sci U S A. 2006 Nov 21;103(47):17846-51.",
                    "reference_pubmed_id": 17101987,
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                    "creator_affiliation": "愛媛大学 沿岸環境科学研究センター",
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            "description": "既存の化学物質の環境中濃度に関する情報は，学術論文あるいは公的機関の報告書として電子化されてはいますが，そのほとんどはテキストファイルやエクセルファイルとして保存されており，モデリングやリスク解析を行う上では決して使いやすい形式とはいえません。気候変動研究に比べて地球規模の化学汚染の予測が大きく遅れているのは，予測モデルの入力データや検証材料になり得るモニタリングデータが整備されていないことが一因だと考えられます。このように多額の研究費を投じて得られた貴重な研究成果が十二分に活用されていないのは大きな損失です。これらの貴重な情報を将来にわたって有効活用するためには，汎用性の高いデータベースの構築が必須の課題だと考えます。そのため我々は，環境中化学物質の濃度情報に関するデータベースを構築し，あらゆる化学物質のモニタリング情報を収録・閲覧できるプラットフォーム（ChemTHEATRE）を創出したいと考えています。このプラットフォームを活用することで，化学物質のトレーサビリティが確保され，環境中での挙動・運命予測が容易になる上，化学物質排出量や毒性情報等に関する外部のデータベースとの連携により高精度かつ透明性の高い化学物質の生態リスク評価が可能となります。また，情報の高度な可視化技術との連係によりモニタリング研究の社会への還元，とくに環境教育への寄与やオープンサイエンス化が期待できます。",
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            "maintenance_site": "愛媛大学　沿岸環境科学研究センター",
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                    "creator_name": "大田 達郎",
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                "ヒト\/その他の脊椎動物ゲノム-ヒトゲノムデータベース\/マップ\/ビューワ",
                "塩基配列データベース-転写調節部位、転写因子",
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                {
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                {
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                {
                    "organism_name": "Rattus norvegicus",
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                }
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            "organism_free_style": "",
            "description": "ChIP-Atlas は Sequence Read Archive で公開されている既報のChIP-Seqデータを再解析することによって様々な解析結果を提供し、またユーザデータの解析を可能にするデータベースおよびそのウェブインターフェースである。データ登録者によって記述されたメタデータを再整理することによって、データを組み合わせた様々な結果を提供している。詳しくは https:\/\/github.com\/inutano\/chip-atlas\/wiki を参照のこと。",
            "features": "ChIP-Atlas を利用することにより、既報の ChIP-Seq データのピーク情報をゲノムブラウザで閲覧したり、転写因子が制御している遺伝子を調べたり、共局在因子を調べたり、ユーザデータを入力としたエンリッチメント解析を行うことができる。",
            "fundings": [
                {
                    "funding_name": "JST NBDC 平成２７年度 統合化推進プログラム（統合データ解析トライアル）",
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            "maintenance_site": "京都大学大学院 医学研究科 創薬医学講座",
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            "description": "かずさDNA研究所が決定したクラミドモナスのEST配列と、それらの配列とNCBIのnrデータベースとの間で行ったblastx検索結果",
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                    "reference_title": "Establishment of Publicly Available cDNA Material and Information Resource of Chlamydomonas reinhardtii (Chlorophyta), to Facilitate Gene Function Analysis",
                    "reference_authors": "Asamizu E, Nakamura Y, Miura K, Fukuzawa H, Fujiwara S, Hirono M, Iwamoto K, Matsuda Y, Min agawa J, Shimogawara K, Takahashi Y, Tabata S",
                    "journal": "Phycologia, 43, 722-726 (2004)",
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                {
                    "reference_title": "Generation of Expressed Sequence Tags from low-CO2 and high-CO 2 adapted cells of Chlamydomonas reinhardtii",
                    "reference_authors": "Asamizu E, Miura K, Kucho K, Inoue Y, Fukuzawa H, Ohyama K, Nakamura Y, Tabata S",
                    "journal": "DNA Research, 7, 305-307 (2000)",
                    "reference_pubmed_id": 11089912,
                    "reference_jglobal_id": "200902106248386201"
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                {
                    "reference_title": "A Large Scale Structural Analysis of cDNAs in a Unicellular Green Alga, Chlamydomonas reinhardtii. I. Generation of 3433 Non-redundant Expressed Sequence Tags",
                    "reference_authors": "Asamizu E, Nakamura Y, Sato S, Fukuzawa H, Tabata S",
                    "journal": "DNA Research, 6, 369-373 (1999)",
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            "organism_free_style": "",
            "description": "トコジラミCimex leculariusのさまざまな器官や体全体に発現する遺伝子配列（EST)のデータベース",
            "features": "トコジラミはヒトなどの温血動物を吸血する害虫である。この昆虫は体内に栄養相利共生細菌Wolbachiaを保持していたり、外傷的交尾と呼ばれる奇抜な交尾行動をとる。トコジラミ属では菌細胞塊を共生維持のために、Spermalegeを外傷的交尾行動のためにそれぞれ進化させてきた。本データベースはこれらのユニークな器官のESTを扱い、基礎的な遺伝学的情報が進化生物学のみならず、医学・衛生学分野において応用されることが期待できる。",
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                {
                    "reference_title": "Comparative transcriptomics of the bacteriome and spermalege of the bedbug Cimex lectularius (Hemiptera: Cimicidae)",
                    "reference_authors": "Minoru Moriyama, Ryuichi Koga, Takahiro Hosokawa, Naruo Nikoh, Ryo Futahashi, Takema Fukatsu",
                    "journal": "Appl Entomol Zool. 2012 Aug; 47(3):233-243.",
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            "categories": [
                "構造データベース-タンパク質構造",
                "構造データベース-低分子",
                "構造データベース-核酸構造"
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            "description": "PDB (Protein Data Bank)内のタンパク質立体構造から動的情報を抽出したデータベースです。タンパク質立体構造の動的情報は、1）進化的構造変化、2）結合による構造変化、3）構造的揺らぎの３種類を、それぞれ個別に抽出し、分類した。",
            "features": "残基置換や挿入･欠損によるタンパク質の構造安定性や機能発現の変化、立体構造を考慮した遺伝子疾患のメカニズムの研究などにおける重要な基盤となり、タンパク質の動きを考慮したタンパク質機能予測、ドラッグデザイン、ドメイン予測、特定構造をとらない領域予測、遺伝子疾患の診断法や治療法などの応用研究に活用する。",
            "fundings": [],
            "funding_free_style": "科研費　研究成果公開促進費　課題番号１６８１１７　タンパク質構造変化部位データベース　2004年度",
            "references": [
                {
                    "reference_title": "タンパク質構造変化部位データベースの構築",
                    "reference_authors": "野口 保",
                    "journal": "第5回日本蛋白質科学会年会プログラム\/2005\/6",
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            "maintenance_site": "産業技術総合研究所 臨海副都心センター\r\n※オリジナルサイトでの公開を終了",
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                "http:\/\/mbs.cbrc.jp\/ConfC\/"
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            "name": "CREATE portal",
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                    "creator_name": "古閑 比佐志",
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            "categories": [
                "プロテオミクス関連"
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            "organisms": [
                {
                    "organism_name": "Mus musculus",
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                }
            ],
            "organism_free_style": "",
            "description": "かずさDNA研究所では、約2000種類のヒト遺伝子（KIAA遺伝子）のマウスホモログをクローニングし、約2000種類のマウスKIAAタンパク質に対するウサギポリクローナル抗体を作製しました。CREATE portalのInGaPデータベースでは、274種類のマウスKIAA遺伝子のmRNAとタンパク質レベルでの発現を解析した実験結果が閲覧できます。InCePデータベースでは、50種類のマウスKIAAタンパク質に対する特異的抗体を用いた細胞抽出液免疫沈降と質量分析によるタンパク質相互作用の解析を行った実験結果が閲覧できます。",
            "features": "マウスKIAAタンパク質の組織での発現結果を見ることができます。プロジェクトで作製した抗体の一部は、株式会社プロテイン・エクスプレスから入手が可能ですので、抗体の感度や特異性についてInGaPのデータが役立ちます。InCePでは、マウスKIAAタンパク質の機能を予測するときに必要なタンパク質相互作用の解析データを見ることができます。",
            "fundings": [],
            "funding_free_style": "千葉県地域結集型共同研究事業（平成13〜18年度）",
            "references": [
                {
                    "reference_title": "A comprehensive approach for establishment of the platform to analyze functions of KIAA proteins II: public release of inaugural version of InGaP database containing gene\/protein expression profiles for 127 mouse KIAA genes\/proteins",
                    "reference_authors": "Koga H, Yuasa S, Nagase T, Shimada K, Nagano M, Imai K, Ohara R, Nakajima D, Murakami M, Kawai M, Miki F, Magae J, Inamoto S, Okazaki N, Ohara O.",
                    "journal": "DNA Research\/2004年8月\/4号",
                    "reference_pubmed_id": 15500254,
                    "reference_jglobal_id": "200902275729419053"
                },
                {
                    "reference_title": "InCeP: intracellular pathway based on mKIAA protein-protein interactions",
                    "reference_authors": "Murakami M, Shimada K, Kawai M, Koga H.",
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            "description": "全胞状奇胎を用いて直接決定した日本人ゲノムのハプロタイプおよび連鎖不平衡構造に関する公開データベース。",
            "features": "全胞状奇胎のゲノムは単一精子に由来するため、D-HaploDBでは直接決定されたハプロタイプの情報が得られる。これに対して、例えばハップマップが提供するアジア人ハプロタイプは推定ハプロタイプであり、ある程度の誤りを含むと考えられる。オリジナルサイトではゲノムブラウザ機能を利用でき、また2011年６月に新規アレイデータ（D4）が追加されている。",
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                    "journal": "Nucleic Acids Res. 2007 Jan;35(Database issue):D685-9.",
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                    "reference_authors": "Higasa K, Kukita Y, Kato K, Wake N, Tahira T, Hayashi K.",
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            "description": "本データベースは、実験的または配列解析（ホモロジーサーチとマルチプルアライメント）によって同定されたアミノ酸配列モチーフのタンパク質立体構造における位置を登録したものです。アミノ酸配列モチーフデータベースとして、PROSITEとBLOCKSの2種類を用いました。前者は実験的のみ、後者は実験的および配列解析によるモチーフを登録したデータベースです。タンパク質立体構造データベースとしてはPDBを用い、各エントリーにおけるSEQRES行とATOM 行の両方の配列情報から、それぞれモチーフ位置を決めています。PDBのエントリーによっては、配列情報が一致するとは限らないので、どちらか一方だとモチーフ情報を見落とす可能性があるためです。",
            "features": "本データベースは,バイオインフォマティクスや生化学・構造生物学の実験研究者が,タンパク質立体構造における機能構造を迅速に把握することを可能にすることを目的にしています。\r\nまた,タンパク質構造変化部位データベース（ConfC）などと連携し,タンパク質構造機能相関を動的な問題として捉えて,機能部位予測をするための基礎データとすることも可能です。",
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            "features": "主に転写開始点周辺に分布するSNPを探索し、その種々のヒト集団でのアレル頻度をプールDNA-SSCP解析によって高精度で決定しており、様々な表現型を支配する遺伝的背景の解析に役立つ。",
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                    "reference_title": "dbQSNP: a database of SNPs in human promoter regions with allele frequency information determined by single-strand conformation polymorphism- based method",
                    "reference_authors": "Tahira T, Baba S, Higasa K, Kukita Y, Suzuki Y, Sugano S, Hayashi K",
                    "journal": "Human Mutation 2005 Aug. 26(2) 69-77",
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                {
                    "reference_title": "Precise estimation of allele frequencies of single-nucleotide polymorphisms by a quantitative SSCP analysis of pooled DNA.",
                    "reference_authors": "Sasaki T, Tahira T, Suzuki A, Higasa K, Kukita Y, Baba S, Hayashi K.",
                    "journal": "Am J Hum Genet. 2001 Jan;68(1):214-8.",
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                    "journal": "Biotechniques. 2003 Apr;34(4):746-50.",
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                {
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                    "reference_authors": "Higasa K, Kukita Y, Baba S, Hayashi K.",
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                    "reference_authors": "Miyagawa H, Yamai M, Sakaguchi D, Kiyohara C, Tsukamoto H, Kimoto Y, Nakamura T, Lee JH, Tsai CY, Chiang BL, Shimoda T, Harada M, Tahira T, Hayashi K, Horiuchi T.",
                    "journal": "Rheumatology (Oxford). 2008 Feb;47(2):158-64",
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                    "reference_title": "Estimation of SNP allele frequencies by SSCP analysis of pooled DNA",
                    "reference_authors": "Tahira T, Kukita Y, Higasa K, Okazaki Y, Yoshinaga A, Hayashi K",
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                    "reference_title": "Optimization of capillary array electrophoresis single-strand conformation polymorphism analysis for routine molecular diagnostics",
                    "reference_authors": "Jespersgaard C, Larsen LA, Baba S, Kukita Y, Tahira T, Christiansen M, Vuust J, Hayashi K, Andersen PS",
                    "journal": "Electrophoresis 27: 3816-3822 (2006)",
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                {
                    "reference_title": "Multicolor post-PCR labeling of DNA fragments with fluorescent dideoxynucleotides.",
                    "reference_authors": "Kukita Y, Hayashi K",
                    "journal": "BioTechniques 33: 502-506 (2002)",
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                    "reference_title": "Hemi-stranded SSCP analysis of single-nucleotide polymorphisms in short sequence-tagged sites.",
                    "reference_authors": "Kukita Y, Manago S, Baba S, Hayashi K",
                    "journal": "BioTechniques 33:1118-1121 (2002)",
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                    "reference_authors": "Hayashi K, Wenz HM, Inazuka M, Tahira T, Sasaki T, Atha DH",
                    "journal": "Methods in Molecular Biology 163: 109-126 (2001)",
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                    "reference_title": "Recent enhancements in SSCP.",
                    "reference_authors": "Hayashi K",
                    "journal": "Genetic Analysis: Biomolecular Engineering 14: 193-196 (1999)",
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                    "reference_authors": "Kukita Y, Tahira T, Sommer SS, Hayashi K",
                    "journal": "Human Mutation 10: 400-407 (1997)",
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                {
                    "reference_title": "One-tube post-PCR fluorescent labeling of DNA fragments",
                    "reference_authors": "Inazuka M, Tahira T, Hayashi K",
                    "journal": "Genome Research 6: 551-557 (1996)",
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                {
                    "reference_title": "PCR-SSCP: A method for detection of mutations",
                    "reference_authors": "Hayashi K",
                    "journal": "Genetic Analsysis: Techniques and Applications 9: 73-79 (1992)",
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                {
                    "reference_title": "PCR-SSCP: A simple and sensitive method for detection of mutations in the genomic DNA",
                    "reference_authors": "Hayashi, K",
                    "journal": "PCR Methods and Applications 1: 34-38 (1991)",
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            "organism_free_style": "",
            "description": "パン酵母の製造や製パン過程は、パン酵母にとって過酷なストレス（製パン関連ストレス）を伴います。製パン関連ストレスは、ドライイースト製造における乾燥（乾燥ストレス）、菓子パン生地に添加される高濃度のショ糖による高浸透圧（高ショ糖ストレス）、冷凍生地製パン法における凍結・融解（冷凍ストレス）等、広範かつ複合的なものであり、パン酵母の発酵力を著しく低下させます。\r\n\r\n図: https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/images\/db_meta\/dgby\/about.jpg\r\n\r\n　私共は、これら3つの製パン関連ストレスに着目したパン酵母のポストゲノム研究を行ってきました。 この研究では、1) DNAマイクロアレイを用いた網羅的遺伝子発現解析（トランスクリプトミクス）、2) 酵母遺伝子破 壊株セットを用いた網羅的表現型解析（フェノミクス）、という二つのアプローチによって、ストレス耐性に関連する遺伝子の情報を取得しました。これらの情報を皆様にご活用頂けるようにデータベース化し、DGBY （Database for Gene function and expression of Baker’s Yeast）として公開致しました。",
            "features": "パン酵母の製パン関連ストレス（乾燥、冷凍、高濃度ショ糖）に対する応答遺伝子あるいは耐性に必要な遺伝子の探索に利用できます。",
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            "funding_free_style": "本データベースは、｢農研機構・生研センターの新技術・新分野創出のための基礎研究推進事業｣により行われた 研究結果を活用して構築しております。都合により現在は部分運用になっておりますが、随時更新する予定です。",
            "references": [
                {
                    "reference_title": "Functional genomic analysis of commercial baker's yeast during initial stages of model dough-fermentation.",
                    "reference_authors": "Tanaka F, Ando A, Nakamura T, Takagi H, Shima J.",
                    "journal": "Food Microbiol. 2006 Dec;23(8):717-28. Epub 2006 Apr 4.",
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                {
                    "reference_title": "Functional genomics of commercial baker's yeasts that have different abilities for sugar utilization and high-sucrose tolerance under different sugar conditions.",
                    "reference_authors": "Tanaka-Tsuno F, Mizukami-Murata S, Murata Y, Nakamura T, Ando A, Takagi H, Shima J.",
                    "journal": "Yeast. 2007 Oct;24(10):901-11.",
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                {
                    "reference_title": "Changes in gene expression of commercial baker's yeast during an air-drying process that simulates dried yeast production.",
                    "reference_authors": "Nakamura T, Mizukami-Murata S, Ando A, Murata Y, Takagi H, Shima J.",
                    "journal": "J Biosci Bioeng. 2008 Oct;106(4):405-8.",
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                {
                    "reference_title": "Identification and classification of genes required for tolerance to high-sucrose stress revealed by genome-wide screening of Saccharomyces cerevisiae.",
                    "reference_authors": "Ando A, Tanaka F, Murata Y, Takagi H, Shima J.",
                    "journal": "FEMS Yeast Res. 2006 Mar;6(2):249-67.",
                    "reference_pubmed_id": 16487347,
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                {
                    "reference_title": "Identification and classification of genes required for tolerance to freeze-thaw stress revealed by genome-wide screening of Saccharomyces cerevisiae deletion strains.",
                    "reference_authors": "Ando A, Nakamura T, Murata Y, Takagi H, Shima J.",
                    "journal": "FEMS Yeast Res. 2007 Mar;7(2):244-53. Epub 2006 Sep 21.",
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                },
                {
                    "reference_title": "Possible roles of vacuolar H+-ATPase and mitochondrial function in tolerance to air-drying stress revealed by genome-wide screening of Saccharomyces cerevisiae deletion strains.",
                    "reference_authors": "Shima J, Ando A, Takagi H.",
                    "journal": "Yeast. 2008 Mar;25(3):179-90.",
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            "maintenance_site": "独立行政法人 農業・食品産業技術総合研究機構 食品総合研究所",
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                "ゲノミクスデータベース（脊椎動物以外）-無脊椎動物ゲノムデータベース"
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                {
                    "organism_name": "Drosophila melanogaster",
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                }
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            "organism_free_style": "",
            "description": "ショウジョウバエのGSベクター挿入系統のマップ情報、挿入サイトのゲノム配列、近傍の遺伝子、強制発現される遺伝子、特定のGAL4を使って強制発現を 誘導した時に生じる表現型情報が登録されている。",
            "features": "系統については京都工芸繊維大学ショウジョウバエ遺伝資源センターにおいて維持、配布されている。",
            "fundings": [
                {
                    "funding_name": "文部科学省特定領域研究　ゲノム研究\r\nhttps:\/\/www.genome-sci.jp\/tokutei2005\/modules\/g4_paper2\/paperinfo.php?paperid=3533",
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            "references": [
                {
                    "reference_title": "The gene search system. A method for efficient detection and rapid molecular identification of genes in Drosophila melanogaster.",
                    "reference_authors": "Toba G, Ohsako T, Miyata N, Ohtsuka T, Seong KH, Aigaki T.",
                    "journal": "Genetics. 1999 Feb;151(2):725-37.",
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            "maintenance_site": "首都大学東京 大学院理工学研究科 生命科学専攻 細胞遺伝学研究室",
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            "description": "ＤＩＡＭから提供されている遺伝子組換え微生物やバイオセイフティ関連情報のうち、「国内のカルタヘナ法（＊）関連文書」、「海外の法規制の概説」、「カ ルタヘナ法Q&A」についてまとめたデータベース。\r\n（＊カルタヘナ法：遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律）",
            "features": "国内のカルタヘナ法に関する最新情報を幅広く閲覧することができ、遺伝子組換え生物に関わる欧米諸国の規制の解説や関連情報を閲覧できる。",
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            "funding_free_style": "「海外の法規制の概説」は、(独)新エネルギー・産業技術総合開発機構委託事業「遺伝子組換え体の産業利用におけるリスク管理に関す る研究事業」(2002-2006)にて構築されたバイオセイフティデータベースに由来する。その後、経済産業省委託事業「環境対応技術開発等（バイオイ ンダストリー安全対策調査（バイオテクノロジーを産業利用する際の安全性に関する調査研究））」（2005-2009)で構築された組み換え微生物等の産 業使用促進情報システム(略称：JBAM）に2007年に統合、DIAMとして構築、その後全体的な拡充がなされた。",
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            "maintenance_site": "（財） バイオインダストリー協会\r\n※2011年3月31日をもって、DIAMのオリジナルサイトの公開を終了",
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            "description": "ＤＩＡＭから提供されている遺伝子組換え微生物やバイオセイフティ関連情報のうち、バイオセイフティに関する基礎知識をまとめたデータベース。\r\n一般市民の方々を対象とするバイオテクノロジーに関する解説（入門編）、代表的な質疑応答集(Q&A)、用語説明を含む。",
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            "description": "Dicty_cDBは、社会性アメーバとして知られる細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのEST解析によって得られた配列一次情報にさまざまな二次情報を追加して公開している遺伝子情報データベースである。 このデータベースは、 細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのcDNA大規模解析（Dictyostelium cDNA Project in Japan）の成果である。",
            "features": "D. discoideumの全ESTとアセンブリによって得られたUniGeneついて塩基配列とBLAST検察結果等を表示してある。 クローンそのものはNBRPから配布されている（http:\/\/nenkin.lab.nig.ac.jp\/）。",
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                {
                    "reference_title": "Analyses of cDNAs from growth and slug stages of Dictyostelium discoideum",
                    "reference_authors": "Urushihara H, Morio T, Saito T, Kohara Y, Koriki E, Ochiai H, Maeda M, Williams JG, Takeuchi I, Tanaka Y.",
                    "journal": "Nucleic Acids Res. 2004 Mar 9;32(5):1647-53.",
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            "features": "【特徴】\r\nマクロファージの分化、活性化に関しての200あまりの重要な文献から、同制御にかかわるパスウェイをXML形式の１つCSMLフォーマットで抽出した、 世界最大のパスウェイシミュレーションモデルデータベースです。\r\n【有用性・活用方法】\r\nCSML形式は、システムバイオロジーのソフトウェアの１つ、セルイラストレータで編集、シミュレーションが可能です。マクロファージ関連の研究をおこ なっている研究者は、関連するモデルを検索してさらにそのパスウェイをカスタマイズして利用することが可能です。また、１つのパスウェイの一部を取り出し て利用したり、複数のパスウェイを編集・統合してより大きなパスウェイモデルとして利用することもできます。 また、各モデルはPNGなどの画像でも公開しているため一般的なブラウザでもパスウェイの概要を把握することができます。",
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            "description": "アフィメトリクス、アジレント、ならびにDNAチップ研究所から提供された多様なプラットフォームのマイクロアレイプローブ配列すべてを完全長cDNA配列に対してマッピングした結果を格納しています。",
            "features": "DNA ProbeLocatorはプローブのマッピングデータをエクソン構造と共に、直感的に表現するデータベースです。データはヒトゲノム（build35）を用いており、H-InvDBに格納されている完全長のクローンで検証された遺伝子に関するアノテーション情報を提供します。\r\n現在、下記のプラットフォームのデータが格納されています。\r\n \r\n\r\n1. Affymetrix GeneChip (HG-Focus, HG-U133A, HG-U133A_2, HG-U133B, HG-U133_Plus_2, HG-U95A,HG-U95Av2, HG-U95B, HG-U95C, HG-U95D, HG-U95E, HuGene FL, HuEx-1_0)\r\n2. DNA Chip Research Inc. AceGene Human Oligo Chip 30K\r\n3. I.M.A.G.E. (1673145 clones)\r\n4. Agilent-012097 Human 1A Oligo Microarray (V2) (G4110B)\r\n5. Agilent-012391 Whole Human Genome Oligo Microarray (G4112A)",
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            "description": "eDDASs（イーダス）は，eDNA　Database for Agricultural Soilsの略称です。全国各地の農耕地で収集された土壌物理・化学性、作物栽培様式、 およびその畑土壌由来のeDNA（environmental DNA）解析情報を収納した「国内初の農耕地eDNAバンク」であり、 独立行政法人農業環境技術研究所で運営されています。高品質な作物生産を行う上で、安定した地力の確保、連作障害等の病害の克服が重要であ り、それを実現するためには、 土壌の物理性、化学性、生物性を適切に把握する必要があります。物理性、化学性については、これまで多くの知見が得られ、 土壌診断の項目にも取り入れられていますが、生物性の評価法は確立されていません。 土壌病害の発生や有機質肥料からの養分供給には微生物が関与しており、土壌診断には、生物性の評価が不可欠です。 eDDASsは，近年著しく発展しているDNA解析技術を用いて、土壌中に生息する膨大な微生物の一端を解析し、 その情報を解析者のみならず、土壌微生物研究等に関わる多くの方々に提供することを目的としています。 eDDASsの大きな特徴は、「細菌」・「糸状菌」・「線虫」を同時に比較できることです。 このように微生物を網羅したデータベースは国内では初めてです。",
            "features": "eDDASsの特徴は、各地で収集された農耕地eDNA情報を相互に比較できる点にあります。 eDDASsでは、近年広く世界中で普及しているDGGE（濃度勾配変性ゲル電気泳動）法というDNA解析手法を用いて、 全国各地の農耕地からeDNAを取り出しその中の生物の多様性を解析した結果を提供します。 しかし、DGGE解析にも問題点はあります。 それは、(1)用いるプライマーが異なると得られる結果が異なること、 (2)ゲルが異なると同一DNAサンプルを用いた場合でもDNAパターンが異なることです。 この問題を克服するために、(1)では同一のプライマーを用いる、 (2)では全てのゲルに同一マーカー（マーカーDNA）を付けることによって、 データを相互に比較できるようにしました（標準化）。 eDDASsで用いる標準法は、「土壌eDNA解析マニュアル（細菌・糸状菌相・線虫相）」にまとめられています。",
            "fundings": [
                {
                    "funding_name": "農林水産省受託プロジェクト「土壌微生物相の解明による土壌生物性の解析技術の開発（eDNAプロジェクト）」 （平成１８年度から５年計画で実施）",
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            "maintenance_site": "国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構　農業環境変動研究センター",
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                "http:\/\/www.naro.affrc.go.jp\/archive\/niaes\/project\/edna\/edna_jp\/index.html"
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                "ヒト\/その他の脊椎動物ゲノム-モデル生物、比較ゲノミクス"
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            "description": "遺伝子を破壊した後で様々な修飾を行うことが出来る可変型遺伝子トラップ法により作製したマウスES細胞のデータベース",
            "features": "登録しているES細胞の一部はキメラマウスを作製し、マウス系統を樹立している。 マウス胚・精子または成体マウスはCARD R-BASEから供給可能である。 また、部位特異的組換えシステムを用いて、レポーター遺伝子を任意の遺伝子に置換することが可能である。",
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                    "funding_name": "文部科学省特定領域研究　ゲノム研究\r\nhttps:\/\/www.genome-sci.jp\/tokutei2005\/modules\/g4_paper2\/paperinfo.php?paperid=2956",
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            "references": [
                {
                    "reference_title": "International Gene Trap Project: towards gene-driven saturation mutagenesis in mice.",
                    "reference_authors": "Araki, M., Araki, K., Yamamura, K.",
                    "journal": "Curr. Pharm. Biotechnol.\/ 2009\/ 10, 221-229.",
                    "reference_pubmed_id": 19199955,
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                    "creator_name": "丹羽 達也",
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                    "creator_affiliation": "東京工業大学 大学院生命理工学研究科 生体分子機能工学専攻",
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                    "creator_name": "菅原 秀明",
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                    "creator_name": "上田 卓也",
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                    "creator_affiliation": "東京大学 大学院新領域創成科学研究科 メディカルゲノム専攻",
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                    "creator_name": "田口 英樹",
                    "creator_english_name": "Hideki Taguchi",
                    "creator_affiliation": "東京工業大学 大学院生命理工学研究科 生体分子機能工学専攻",
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                }
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            "description": "再構築型の試験管内タンパク質合成系を用いて、大腸菌の全てのタンパク質を発現させた際の凝集の度合い(可溶率)と合成量をまとめたデータベース。788個の凝集性タンパク質に対しては、2012年5月に分子シャペロンの凝集抑制効果データが追加されている。\r\n大腸菌K-12株の全遺伝子のライブラリーであるASKAライブラリー（Kitagawa et al. 2005）のプラスミドから、PCR反応によって各遺伝子断片を増幅し、試験管内タンパク質合成系PURE systemを用いてタンパク質を合成して、遠心分離前後のSDS-PAGEとオートラジオグラフィーで可溶率を求めている。\r\n凝集性タンパク質（シャペロンなし可溶率が30%以下のものとして定義）に対しては、タンパク質合成時に大腸菌の主要なシャペロンであるTrigger Factor (TF), DnaK\/DnaJ\/GrpE (KJE), GroEL\/ES (GroE) をそれぞれ個別に加え、各シャペロンによる可溶率の変化を調べている。",
            "features": "PURE systemは再構築型でありシャペロンの混入が全くないため、合成されたタンパク質自体の可溶率やシャペロンの効果を正確に測ることができる。データはタンパク質のフォールディングの研究の基礎になるとともに、タンパク質の発現を用いる様々な研究・産業の計画・効率化に役立つと考えられる。",
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            "references": [
                {
                    "reference_title": "Global analysis of chaperone effects using a reconstituted cell-free translation system.",
                    "reference_authors": "Niwa T, Kanamori T, Ueda T, Taguchi H.",
                    "journal": "Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Jun 5;109(23):8937-42.",
                    "reference_pubmed_id": 22615364,
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                {
                    "reference_title": "Bimodal protein solubility distribution revealed by an aggregation analysis of the entire ensemble of Escherichia coli proteins.",
                    "reference_authors": "Niwa T, Ying BW, Saito K, Jin W, Takada S, Ueda T, Taguchi H.",
                    "journal": "Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 Mar 17;106(11):4201-6.",
                    "reference_pubmed_id": 19251648,
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            "last_updated_date": "2012-05-02",
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            "name": "FANTOM web resource",
            "how_to_read": "ファントム　ウェブリソース",
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            "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00448-000",
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                {
                    "creator_name": "林崎 良英",
                    "creator_english_name": "Yoshihide Hayashizaki",
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                    "creator_name": "川路 英哉",
                    "creator_english_name": "Hideya Kawaji",
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                    "organism_name": "Homo sapiens",
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                {
                    "organism_name": "Mus musculus",
                    "taxonomy_id": 10090
                }
            ],
            "organism_free_style": "",
            "description": "FANTOMは、理化学研究所 オミックス基盤研究領域が主催する国際研究コンソーシアムです。このデータベースでは、過去の FANTOMプロジェクトで得られたデータを最新のゲノム配列へマップした結果とともに、最新のFANTOMプロジェクトであるFANTOM4で得られた結果を提供しています。\r\nFANTOM4では、ゲノム上に同定された要素同士が互いにどのように作用しているかというネットワークの解明に取り組みました。ヒト白血病由来細胞株（THP-1）が単芽球様から単球様に変化する際の、転写開始点（TSS）の動態を deepCAGE法（deep sequencing with CAGE）により経時的に測定した結果、それぞれの時点において活性なプロモーターと、その発現量をモニタすることができました。これらのデータから転写因子結合部位をコンピューター解析により予測し、THP-1における転写制御ネットワークの一部を明らかにするとともに、この分化において支配的な役割を果たす転写因子を抽出することに成功しました。 転写制御ネットワークの他にも、FANTOM4で取得されたデータを解析することで、転写開始点に関連する短鎖RNAの発見、および、ゲノム配列中に数多く存在する反復配列の役割に関する新たな発見に結びつきました。",
            "features": "FANTOM3では、CAGE (Cap Analysis Gene Expression) 法や関連手法を適用することで、マウスもしくはヒトのトランスクリプトームの全体像を明らかにすることを主眼とした。またFANTOM4では、次世代シー ケンサをCAGE法へ適用することで、トランスクリプトームの動態とその制御機構の解明を主眼とした。本データベースは、これらプロジェクトより得られた データを統合し提供するものである。\r\nCAGE法は、5'端にキャップ構造を持つRNAを、ランダムに5'端から数十塩基ずつ読み取る技術である。そのため、mRNAやncRNAの転写開始点 と、その活性を同時に測定することがあできる。FANTOM3では様々な組織のプロファイルに、FANTOM4ではTHP-1ヒト細胞株をPMAにより刺 激したタイムコースに対してCAGE法を適用した(FANTOM4では、CAGE法の他にqRT-PCRやマイクロアレイ、siRNAによるノックダウ ン、ChIP-chip等の技術によるプロファイルも行った)。そのため、様々な条件におけるプロモータ活性に興味のある研究者、転写制御に興味のある研 究者、また単芽球分化に興味のある研究者にとって、有効なデータベースである。",
            "fundings": [
                {
                    "funding_name": "文部科学省「ゲノ ムネットワークプロジェクト」",
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                }
            ],
            "funding_free_style": "FANTOMは、理化学研究所 オミックス基盤研究領域が主催してきた国際研究コンソーシアムです。このうちFANTOM3,　FANTOM4プロジェクトに関しては、文部科学省「ゲノ ムネットワークプロジェクト」の支援により行われたプロジェクトでした。このデータベースに公開しているデータは、2006年から2010年に行われた FANTOM4プロジェクトの成果であり、理研オミックス基盤研究領域（FANTOMコンソーシアム）とゲノムネットワークプロジェクトの共同の成果です。",
            "references": [
                {
                    "reference_title": "FANTOM4 EdgeExpressDB: an integrated database of promoters, genes, microRNAs, expression dynamics and regulatory interactions.",
                    "reference_authors": "Jessica Severin, Andrew M Waterhouse, Hideya Kawaji, Timo Lassmann, Erik van Nimwegen, Piotr J Balwierz, Michiel JL de Hoon, David A Hume, Piero Carninci, Yoshihide Hayashizaki, Harukazu Suzuki, Carsten O Daub and Alistair RR Forrest",
                    "journal": "Genome Biology. 2009, 10:R39",
                    "reference_pubmed_id": 19374773,
                    "reference_jglobal_id": "201302289014225085"
                },
                {
                    "reference_title": "The FANTOM web resource: from mammalian transcriptional landscape to its dynamic regulation.",
                    "reference_authors": "Kawaji H, Severin J, Lizio M, Waterhouse A, Katayama S, Irvine KM, Hume DA, Forrest AR, Suzuki H, Carninci P, Hayashizaki Y, Daub CO.",
                    "journal": "Genome Biology. 2009, 10:R40",
                    "reference_pubmed_id": 19374775,
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            "description": "FANTOMは、理化学研究所のマウスゲノム百科事典プロジェクトで収集された完全長cDNAのアノテーション（機能注釈）を行うことを目的に、林崎良英博士が中心となり2000年に結成された国際研究コンソーシアムである。その役割はトランスクリプトーム解析の分野を軸に発展・拡大してきた。また、プロジェクトの研究対象は、ゲノムの転写産物という「要素」の理解から、転写制御ネットワークという「システム」つまり「生命体のシステム」の理解へ、より高次の階層に向けて着実に進められている。FANTOM5では、ヒトの体を構成するさまざまな細胞腫について、どの遺伝子がゲノム上のどの場所（転写開始点）からどの程度転写されているかをHeliscope社の一分子シーケンサーによるHeliscopeCAGE法などを用いて網羅的に調べた。この情報を用いることで、ヒトを構成するさまざまな初代培養細胞の転写制御モデルの構築が可能になることが期待できる。本リソースはFANTOM5プロジェクトで得られた様々な生データや解析データで構成されている。",
            "features": "FANTOM5での研究により、人体を構成する正常な細胞の性質を制御する遺伝子制御部位について、その活性を細胞の種類ごとに測定した包括的データが得られた。これは、ゲノムから読み解かれる情報を用いた網羅的かつ体系的な「正常細胞の定義」の基礎となるものである。臨床において病理診断で用いられる組織像などによる細胞の分類には限界があり、細胞の種類を定義づける決定的な方法が存在しなかったが、本研究で得られた細胞の定義を今後さらに充実させることで、ヒトゲノムが生成し得る細胞の全体像が明らかになると期待できる。従って今回の成果は、細胞の多様性がどのように制御されているかという問題の解決だけでなく、病的な状態を定義するために必要な「何が正常なのか」という「正常細胞の定義」の基本になるといえる。がんなどの細胞を「正常細胞の定義」で比較することで、どのような異常が発生しているのかを詳細に解析することが可能になり、有効な抗がん剤などの評価に貢献すると期待できる。",
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            "description": "原核光合成生物であるシアノバクテリアのクロロフィル蛍光強度の時間変化を変異株ごとに取得したデータベースです。 各遺伝子破壊株のクロロフィル蛍光挙動をグラフィックに見ることができると共に、その蛍光挙動が２つの遺伝子破壊株の間でどの程度異なるかを定量化し、 自分が注目する遺伝子破壊株とよく似た蛍光挙動を示す遺伝子破壊株をリストアップすることができます。\r\n遺伝子の機能を明らかにするためには、遺伝子変異株の表現型の解析が行なわれます。 しかし、遺伝子の機能によって異なる解析手法を使う必要があり、ゲノム単位で大規模な解析を行なうことも困難です。 さらに言えば、そもそも、何の表現型を解析すればよいのか、ということがわからなければ、解析の進めようさえありません。 この状況を打破するために、本プロジェクトではゲノム特定研究の支援を受け、光合成生物のクロロフィル蛍光をプローブとして用い、蛍光という単一の表現型 を使いながら、 ゲノム上の全遺伝子の半分程度について、遺伝子破壊株の表現型を得るシステムを構築しました。",
            "features": "マイクロアレイなどを用いた共発現解析などと同様に、自分が興味を持っている遺伝子と何らかの関連がある可能性がある遺伝子を特定の前提条件なしにリストアップすることができます。",
            "fundings": [
                {
                    "funding_name": "文部科学省特定領域研究　ゲノム研究\r\nhttps:\/\/www.genome-sci.jp\/tokutei2005\/modules\/g4_paper2\/paperinfo.php?paperid=5007",
                    "funding_jglobal_id": "201410076767231384",
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            "references": [
                {
                    "reference_title": "Large-scale analysis of chlorophyll fluorescence kinetics in Synechocystis sp. PCC 6803: identification of the factors involved in the modulation of photosystem stoichiometry.",
                    "reference_authors": "Ozaki H, Ikeuchi M, Ogawa T, Fukuzawa H, Sonoike K.",
                    "journal": "Plant Cell Physiol. 2007, 48, 451-458.",
                    "reference_pubmed_id": 17284470,
                    "reference_jglobal_id": "200902224551836123"
                },
                {
                    "reference_title": "Quantitative analysis of the relationship between induction kinetics of chlorophyll fluorescence and function of genes in the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803.",
                    "reference_authors": "Ozaki H, Sonoike K.",
                    "journal": "Photosynth Res. 2009 Jul;101(1):47-58. Epub 2009 Jul 1.",
                    "reference_pubmed_id": 19568952,
                    "reference_jglobal_id": "201402281839510897"
                }
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            "maintenance_site": "早稲田大学 教育学部理学科",
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                "http:\/\/www.photosynthesis.jp\/fluorome\/index.php"
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            "last_updated_date": "2011-10-28",
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            "referenced_site": "CyanoBase",
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                "nbdc00452"
            ],
            "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00452-000",
            "creators": [
                {
                    "creator_name": "光山 統泰",
                    "creator_english_name": "Toutai Mituyama",
                    "creator_affiliation": "国立研究開発法人産業技術総合研究所",
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                {
                    "creator_name": "浅井 潔",
                    "creator_english_name": "Kiyoshi Asai",
                    "creator_affiliation": "東京大学大学院新領域創成科学研究科",
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                "RNA配列データベース"
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            "organism_free_style": "32,978 生物種",
            "description": "機能性RNAデータベースは、文献で報告された非コードRNAを収集し、塩基配列、ゲノム位置、2次構造、文献情報などと関連付けてカタログ化したものである。RNA情報は文献および既存データベース（H-inv、NONCODE、RNAdb）からの収集による。ゲノム位置、2次構造は計算機による予測による。文献情報は、RNAファミリ名を題名・要旨に含むものを検索したものである。",
            "features": "機能性RNAデータベースではBLAST検索、様々なゲノムの文脈(進化的保存度や遺伝子座の特徴など)からの検索、文献からの検索と、ユーザ側の様々な基準に合致するRNAを検索するための強力な検索サービスを提供している。",
            "fundings": [
                {
                    "funding_name": "新エネルギー研究開発機構(NEDO) 機能性RNAプロジェクト(2006～2010)",
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            "references": [
                {
                    "reference_title": "fRNAdb: a platform for mining\/annotating functional RNA candidates from non-coding RNA sequences",
                    "reference_authors": "Kin T, Yamada K, Terai G, Okida H, Yoshinari Y, Ono Y, Kojima A, Kimura Y, Komori T, Asai K.",
                    "journal": "Nucleic Acids Research\/2007\/D145-8",
                    "reference_pubmed_id": 17099231,
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                },
                {
                    "reference_title": "The Functional RNA Database 3.0: databases to support mining and annotation of functional RNAs.",
                    "reference_authors": "Mituyama T, Yamada K, Hattori E, Okida H, Ono Y, Terai G, Yoshizawa A, Komori T, Asai K.",
                    "journal": "Nucleic Acids Research\/2009\/D89-92",
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                }
            ],
            "maintenance_site": "産業技術総合研究所 臨海副都心センター\r\n※オリジナルサイトでの公開を終了",
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            "last_updated_date": "2011",
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                {
                    "creator_name": "佐藤 直樹",
                    "creator_english_name": "Naoki Sato",
                    "creator_affiliation": "東京大学大学院 総合文化研究科 広域科学専攻生命環境科学系",
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                "タンパク質配列データベース"
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            "organisms": [],
            "organism_free_style": "Taxonomy Name:11 plants, 9 Other bikonts, 25 cyanobacteria, 15 photosynthetic bacteria, 31 non-photosynthetic bacteria, 8 Opistokonts (animals and fungi), total 95 species",
            "description": "95生物種のタンパク質の総当たりBlast検索の結果得られたクラスタのデータベース",
            "features": "比較する全生物種の全タンパク質の総当たりBLASTの結果に基づいて，類似度の閾値を自動的に設定しながら， 相同タンパク質の分類を行うのがGclustの特徴である。また，機能未知タンパク質についても相同クラスタができるため， 注目する生物群に特有の相同クラスタを見つけることにより， それら生物群に固有の生理機能にかかわるタンパク質を発見する手がかりを与えることができる（系統プロファイリング）。 Gclustデータベースは系統プロファイルによる検索を可能にした相同タンパク質データベースである。",
            "fundings": [
                {
                    "funding_name": "文部科学省特定領域研究　ゲノム研究",
                    "funding_jglobal_id": "201410076767231384",
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                }
            ],
            "funding_free_style": "相同タンパク質を多数の生物について比較することは，比較ゲノム研究のもっとも基本となるところであるが，従来の方法では，ゲノムを１対１で比較したデータを集めるのが普通であった。タンパク質の種類によって，類似度には大きな差が有り，非常に保存性の高いタンパク質グループもあれば，かなり保存性が低いオルソログも存在する。 こうした点を考慮しながら，ゲノム特定の公募研究として，自動的にオルソログクラスタを作る手法を開発し，光合成生物特有のタンパク質群の機能解析に応用した。",
            "references": [
                {
                    "reference_title": "Gclust: trans-kingdom classification of proteins using automatic individual threshold setting.",
                    "reference_authors": "Naoki Sato",
                    "journal": "Bioinformatics 2009 Mar 1;25(5):599-605.",
                    "reference_pubmed_id": 19158159,
                    "reference_jglobal_id": "201402237166411159"
                }
            ],
            "maintenance_site": "東京大学大学院　総合文化研究科　広域科学専攻生命環境科学系",
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                "http:\/\/gclust.c.u-tokyo.ac.jp\/"
            ],
            "operation_start_date": "2006-06",
            "last_updated_date": "2008-04",
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            "whole_data_download": "http:\/\/gclust.c.u-tokyo.ac.jp\/Gclust_Download.html",
            "referenced_site": "NCBI , JGI(http:\/\/www.jgi.doe.gov\/) , CGP(http:\/\/merolae.biol.s.u-tokyo.ac.jp\/)",
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        {
            "path": "jp\/gdbs\/desc.html",
            "name": "GDBS",
            "how_to_read": "ジーデービーエス",
            "alias": "Gene Diversity DataBase System",
            "dbcat_id": [
                "nbdc00070"
            ],
            "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00070-000",
            "creators": [
                {
                    "creator_name": "五條堀 孝",
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                    "creator_affiliation": "国立遺伝学研究所",
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                {
                    "creator_name": "猪子 英俊",
                    "creator_english_name": "Hidetoshi Inoko",
                    "creator_affiliation": "東海大学 医学部",
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            "categories": [
                "ヒト遺伝子\/疾患-多型データベース全般"
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            "organisms": [
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                    "organism_name": "Homo sapiens",
                    "taxonomy_id": 9606
                }
            ],
            "organism_free_style": "",
            "description": "NEDO遺伝子多様性モデル解析事業(http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/show\/lsdb_project\/19)において実施された、自己免疫疾患（関節リウマチ、尋常性乾癬）及び摂食障害に関連するSNPsを同定するためのタイピングデータ。実験の進行順に以下の３種類のタイピングデータが公開されている。\r\n1. pooled DNAタイピング\r\n2. 個別タイピング\r\n3. SNPタイピング",
            "features": "モデル疾患として選択した多因子性疾患について収集した遺伝子多型情報（JBIRCで収集し実験で多型性を確認したマイクロサテライト等）の2つのデータ ベースと疾患関連遺伝子を同定する実験・解析フロー（各種の検定、連鎖不平衡係数推定、集団のハプロタイプ頻度推定、ハプロタイプ組合せ分布推定等）のた めの7つの解析ツールである。Web上の解析サービスは平成19年3月で終了しました。解析ソフトウェアダウンロードサービスは利用可能である。",
            "fundings": [
                {
                    "funding_name": "NEDO遺伝子多様性モデル解析事業",
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            "funding_free_style": "",
            "references": [
                {
                    "reference_title": "Whole genome association study of rheumatoid arthritis using 27,039 microsatellites.",
                    "reference_authors": "Tamiya G, Shinya M, Imanishi T, Ikuta T, Makino S, Okamoto K, Furugaki K, Matsumoto T, Mano S, Ando S, Nozaki Y, Yukawa W, Nakashige R, Yamaguchi D, Ishibashi H, Yonekura M, Nakami Y, Takayama S, Endo T, Saruwatari T, Yagura M, Yoshikawa Y, Fujimoto K, Oka A, Chiku S, Linsen SEV, Giphart MJ, Kulski JK, Fukazawa T, Hashimoto H, M Kimura, Hoshina Y, Suzuki Y, Hotta T, Mochida J, Minezaki T, Komai K, Shiozawa S, Taniguchi A, Yamanaka H, Kamatani N, Gojobori T, Bahram S, Inoko H.",
                    "journal": "Hum Mol Genetics 14: 2305-2321, 2005.",
                    "reference_pubmed_id": 16000323,
                    "reference_jglobal_id": "201302200706512016"
                }
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            "maintenance_site": "産業技術総合研究所　バイオメディシナル情報研究センター",
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                ""
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            "operation_start_date": "2005",
            "last_updated_date": "2007",
            "upper_level_site": "http:\/\/www.h-invitational.jp",
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            "referenced_site": "NCBI(http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov)",
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        {
            "path": "jp\/genius\/desc.html",
            "name": "GENIUS II",
            "how_to_read": "ジーニアス　ツー",
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                "NBDC00471"
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            "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00471-000",
            "creators": [
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                },
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                },
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                }
            ],
            "organism_free_style": "",
            "description": "多重媒介配列検索法（MISS法）を用いて234生物種ゲノムの全ORFを構造既知のタンパク質の立体構造に帰属したデータベースシステムです。",
            "features": "",
            "fundings": [],
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                {
                    "reference_title": "GENIUS II: a high-throughput database system for linking ORFs in complete genomes to known protein three-dimensional structures",
                    "reference_authors": "Yabuki, Y., Mukai, Y., Swindells, M. B. and Suwa M.",
                    "journal": "Bioinformatics (2004), 20 :596-598.",
                    "reference_pubmed_id": 14751990,
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                }
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                    "organism_name": "Homo sapiens",
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                },
                {
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                },
                {
                    "organism_name": "Rattus norvegicus",
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                }
            ],
            "organism_free_style": "",
            "description": "遺伝子文献情報連携システム「GenLibi」は、JST文献情報JDream IIから得られた遺伝子機能や関連する疾患／表現型を提供するシステムです。",
            "features": "遺伝子関連疾患名や表現型から関連する文献情報を得ることができます。\r\nオリジナルサイトでは、EntrezGene, RefSeq, HGNC, KEGG PATHWAY, Reactome, KEGG SSDB, JDream IIより情報を得て、ヒト、ラット、マウスの遺伝子について、遺伝子、蛋白質、多型、パスウェイ(代謝経路や生命現象の回路図)、疾患／表現型、オーソログ／アミノ酸配列を合わせて提供していました。",
            "fundings": [
                {
                    "funding_name": "独立行政法人 科学技術振興機構 バイオインフォマティクス推進センター(BIRD)事業",
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            "references": [],
            "maintenance_site": "独立行政法人 科学技術振興機構",
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                "http:\/\/gene.biosciencedbc.jp\/"
            ],
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            "last_updated_date": "2009-11-30",
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            "referenced_site": "EntrezGene, HGNC, MGI, Genes, RefSeq, GenBank, NCBI Map_Viewer, GO (Gene Ontology), Enzyme EC number, UniProt, JSNP, dbSNP, KEGG PATHWAY, Reactome, OMIM, JDream II, PubMed, SGD (yeast), HuGE Navigator, J-GLOBAL\r\n※アーカイブ版ではNCBI Gene, NCBI MeSH, J-GLOBALのみ",
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                    "creator_name": "森 浩禎",
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            "categories": [
                "塩基配列データベース-遺伝子構造、イントロン\/エクソン、スプライス部位"
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                    "organism_name": "Escherichia coli str. K-12 substr. W3110",
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                }
            ],
            "organism_free_style": "",
            "description": "GenoBaseは大腸菌K-12(W3110)の生細胞システムを総合的に理解するためのデータベースである。GenoBaseは大腸菌に関する配列情報、プロテオーム、トランスクリプトーム、バイオインフォマティクス、文献に基づく知識の公共リポジトリである。",
            "features": "大腸菌K-12(W3110)のORF情報を中心に、遺伝子・クローン・PPI実験・文献等の関連データを収録している。",
            "fundings": [],
            "funding_free_style": "NEDOプロジェクトの成果が一部含まれている。",
            "references": [
                {
                    "reference_title": "Large-scale identification of protein-protein interaction of Escherichia coli K-12.",
                    "reference_authors": "Arifuzzaman M, Maeda M, Itoh A, Nishikata K, Takita C, Saito R, Ara T, Nakahigashi K, Huang HC, Hirai A, Tsuzuki K, Nakamura S, Altaf-Ul-Amin M, Oshima T, Baba T, Yamamoto N, Kawamura T, Ioka-Nakamichi T, Kitagawa M, Tomita M, Kanaya S, Wada C, Mori H.",
                    "journal": "Genome Res. 2006 May;16(5):686-91. Epub 2006 Apr 10.",
                    "reference_pubmed_id": 16606699,
                    "reference_jglobal_id": "201302211996244828"
                }
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            ],
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                {
                    "creator_name": "林 茂生",
                    "creator_english_name": "Shigeo Hayashi",
                    "creator_affiliation": "理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター",
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            "categories": [],
            "categories_free_style": [
                "ゲノムデータベース（無脊椎動物）-無脊椎動物ゲノムデータベース"
            ],
            "organisms": [
                {
                    "organism_name": "Drosophila melanogaster",
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                }
            ],
            "organism_free_style": "",
            "description": "ショウジョウバエにおいてGal4-UAS法に基づくエンハンサートラップ系統をNPコンソーシアムとして約４６００の挿入系統を作成し、 それらのすべてについてエンハンサー活性を胚および幼虫において検定した。 また挿入位置をゲノム配列上にマップして遺伝子との対応関係を２１５７カ所の独立したサイトについて明らかにした。 本データベースはGal4エンハンサートラップ系統の挿入位置とエンハンサー活性のパターンをまとめたデータベースとして公開されている。",
            "features": "系統については国立遺伝学研究所と京都工芸繊維大学ショウジョウバエ遺伝資源センターにおいて維持、配布されている。",
            "fundings": [
                {
                    "funding_name": "文部科学省 ゲノム特定研究(2000～2004年度）",
                    "funding_jglobal_id": "201410076767231384",
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                {
                    "funding_name": "日本学術振興会 未来開拓学術研究推進事業",
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                }
            ],
            "funding_free_style": "",
            "references": [
                {
                    "reference_title": "GETDB, a database compiling expression patterns and molecular locations of a collection of Gal4 enhancer traps.",
                    "reference_authors": "Hayashi S, Ito K, Sado Y, Taniguchi M, Akimoto A, Takeuchi H, Aigaki T, Matsuzaki F, Nakagoshi H, Tanimura T, Ueda R, Uemura T, Yoshihara M, Goto S.",
                    "journal": "Genesis. 2002 Sep-Oct;34(1-2):58-61.",
                    "reference_pubmed_id": 12324948,
                    "reference_jglobal_id": "201302120332062298"
                }
            ],
            "maintenance_site": "京都工芸繊維大学　ショウジョウバエ遺伝資源研究センター",
            "original_sites": [
                "http:\/\/kyotofly.kit.jp\/stocks\/GETDB\/getdb.html"
            ],
            "operation_start_date": "2003-08-01",
            "last_updated_date": "2009-09-04",
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        {
            "path": "jp\/gggenome\/desc.html",
            "name": "GGGenome dataset",
            "how_to_read": "ゲゲゲノムデータセット",
            "alias": "",
            "dbcat_id": [
                "nbdc01424"
            ],
            "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01424-000",
            "creators": [
                {
                    "creator_name": "内藤 雄樹",
                    "creator_english_name": "Yuki Naito*",
                    "creator_affiliation": "ライフサイエンス統合データベースセンター",
                    "creator_jglobal_id": "201201071327312942",
                    "creator_researchmap_id": "meso_cacase",
                    "creator_orcid": "0000-0002-1182-6786",
                    "creator_jglobal_jgpn": "201550000300230035",
                    "creator_is_representative": true
                }
            ],
            "categories": [
                "塩基配列データベース"
            ],
            "categories_free_style": [],
            "organisms": [],
            "organism_free_style": "",
            "description": "GGGenomeは、ゲノムや転写産物から塩基配列を高速に漏れなく検索するツールです。GGGenomeは、Web上で利用できる(https:\/\/GGGenome.dbcls.jp\/)他、Dockerコンテナとしても配布しています。GGGenomeのDockerコンテナを利用する場合、本データセットを組み込む必要があります。Dockerコンテナの配布については、上記連絡先までお問合せください。\r\nまた、本データセットに含まれる参照配列データ（fasta形式）は、上記以外の用途にも利用することができます。",
            "features": "GGGenomeは、ミスマッチや挿入・欠失を含む短い塩基配列でも漏れなく検索できます。",
            "fundings": [
                {
                    "funding_name": "文部科学省「ライフサイエンス統合データベース」プロジェクト",
                    "funding_jglobal_id": "",
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            "description": "質量分析法を主体としたプロテオミクスの手法で実験的に同定されたN結合型糖タンパク質のデータベース。由来の生物種、試料組織、同定されたタンパク質の アミノ酸配列上の糖鎖付加位置、当該部位を含む糖ペプチドと親和性を示すレクチンの種類、の他、アミノ酸配列上の構造モチーフ(シグナル配列や膜貫通領域 の予測データ)、および同定された糖タンパク質の類縁分子についての外部データベースへのリンク、を含む。",
            "features": "興味あるタンパク質に糖鎖が結合しているか、結合している場合はその位置と、その部位に結合している糖鎖と親和性を示したレクチン名を知ることができる。 ただし、結合していないことを確定することはできない。糖鎖付加位置情報は膜タンパク質の配向を推定するために有効であり、また配向の予測プログラムを開 発する際の学習セットとして利用できる。またマウスタンパク質については、発現している組織の情報を得られる。",
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                    "reference_title": "Proteomics reveals N-linked glycoprotein diversity in Caenorhabditis elegans and suggests an atypical translocation mechanism for integral membrane proteins.",
                    "reference_authors": "Kaji H, Kamiie J, Kawakami H, Kido K, Yamauchi Y, Shinkawa T, Taoka M, Takahashi N, Isobe T.",
                    "journal": "Mol Cell Proteomics. 2007 Dec;6(12):2100-9. Epub 2007 Aug 30.",
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                {
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                    "reference_authors": "Kaji H, Shikanai T, Sasaki-Sawa A, Wen H, Fujita M, Suzuki Y, Sugahara D, Sawaki H, Yamauchi Y, Shinkawa T, Taoka M, Takahashi N, Isobe T, Narimatsu H.",
                    "journal": "J Proteome Res. 2012 Sep 7;11(9):4553-66. doi: 10.1021\/pr300346c. Epub 2012 Aug 13.",
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                    "reference_authors": "Sugahara D, Kaji H, Sugihara K, Asano M, Narimatsu H.",
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                {
                    "reference_title": "Glycoproteomic discovery of serological biomarker candidates for HCV\/HBV infection-associated liver fibrosis and hepatocellular carcinoma.",
                    "reference_authors": "Kaji H, Ocho M, Togayachi A, Kuno A, Sogabe M, Ohkura T, Nozaki H, Angata T, Chiba Y, Ozaki H, Hirabayashi J, Tanaka Y, Mizokami M, Ikehara Y, Narimatsu H.",
                    "journal": "J Proteome Res. 2013 Jun 7;12(6):2630-40. doi: 10.1021\/pr301217b. Epub 2013 Apr 30.",
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                    "creator_name": "藤 博幸",
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            "categories": [
                "タンパク質配列データベース-タンパク質ファミリー別データベース",
                "構造データベース-タンパク質構造",
                "タンパク質配列データベース-タンパク質配列モチーフ、タンパク質活性部位"
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            "description": "Gタンパク質共役型受容体同士の相互作用ペアについての情報を提供するデータベースです。実験または予測により確認された相互作用領域の情報が格納されています。ペアを構成するモノマーの立体構造上での相互作用インターフェイスの位置情報も、実験もしくは予測により提供されています。",
            "features": "相互作用のためのインターフェイスへの変異導入は、相互作用ペアの機能解析のための指針となります。インターフェイスを模倣したペプチドもしくは低分子の設計は、機能制御に利用できます。",
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                {
                    "funding_name": "戦略的国際科学技術協力推進事業 日本-インド研究交流研究課題「グリッドコンピューティング環境による生体高分子複合体の認識メカニズム研究」(科学技術振興機構)",
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            "references": [
                {
                    "reference_title": "GRIPDB - G protein coupled Receptor Interaction Partners DataBase.",
                    "reference_authors": "Nemoto W, Fukui K, Toh H.",
                    "journal": "J Recept Signal Transduct Res. 2011 Jun;31(3):199-205.",
                    "reference_pubmed_id": 21410407,
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                }
            ],
            "maintenance_site": "産業技術総合研究所 臨海副都心センター\r\n※オリジナルサイトでの公開を終了",
            "original_sites": [
                "http:\/\/grip.cbrc.jp\/GDB\/index.html"
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        {
            "path": "jp\/h-inv\/desc.html",
            "name": "H-InvDB",
            "how_to_read": "エイチインブディービー",
            "alias": "H-Invitational Database",
            "dbcat_id": [
                "nbdc00092"
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            "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00092-000",
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                {
                    "creator_name": "今西 規",
                    "creator_english_name": "Tadashi Imanishi",
                    "creator_affiliation": "東海大学 医学部",
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                "塩基配列データベース-遺伝子構造、イントロン\/エクソン、スプライス部位"
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            "organisms": [
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                    "organism_name": "Homo sapiens",
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            "organism_free_style": "",
            "description": "H-InvDBはヒトのすべての転写産物を対象とした統合データベースです。ヒト遺伝子の構造、選択的スプライシングバリアント、機能性RNA、タンパク質としての機能、機能ドメイン、細胞内局在、代謝経路、立体構造、疾病との関連、遺伝子多型（SNP、マイクロサテライト等）、 遺伝子発現プロファイル、分子進化学的特徴、タンパク質間相互作用(PPI)、遺伝子ファミリー などの精査されたアノテーション（注釈付け）情報を提供しています。\r\n本アーカイブは、H-InvDB_8.3から作成しています。",
            "features": "タンパク質コード遺伝子座（遺伝子）をタンパク質存在の信頼度に従って、カテゴリ化しています。目的に応じて遺伝子セットを選択して解析できます。\r\n統計情報のページ ( http:\/\/h-invitational.jp\/hinv\/ahg-db\/statistics_ja.jsp )。\r\n複合検索で絞込が可能です( http:\/\/h-invitational.jp\/hinv\/c-search\/gotocrssearch.do?lang=ja )。\r\nプログラムからアクセスできるようにWebサービスが使えます( http:\/\/h-invitational.jp\/hinv\/hws\/doc\/index_jp.html )。",
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            "references": [
                {
                    "reference_title": "H-InvDB in 2013: an omics study platform for human functional gene and transcript discovery.",
                    "reference_authors": "Takeda J, et al.",
                    "journal": "Nucleic Acids Research, 2013, Jan; 41 (Database  issue): D915-9.",
                    "reference_pubmed_id": 23197657,
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                },
                {
                    "reference_title": "H-InvDB in 2009: extended database and data mining resources for human genes and transcripts.",
                    "reference_authors": "Yamasaki C, et al.",
                    "journal": "Nucleic Acids Research, 2010, Jan;38 (Database issue): D626-32.",
                    "reference_pubmed_id": 19933760,
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                {
                    "reference_title": "The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts.",
                    "reference_authors": "Yamasaki C, et al.",
                    "journal": "Nucleic Acids Research, 2008, 36, Database issue D793-D799.",
                    "reference_pubmed_id": 18089548,
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                {
                    "reference_title": "Integrative Annotation of 21,037 Human Genes Validated by Full-Length cDNA Clones.",
                    "reference_authors": "T. Imanishi et al.",
                    "journal": "PLoS Biology (2004) 2 (6), 856-875.",
                    "reference_pubmed_id": 15103394,
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                }
            ],
            "maintenance_site": "東海大学 医学部 基礎医学系 分子生命科学 情報生物医学研究室",
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            "referenced_site": "CHGC , DKFZ\/MIPS , IMSUT , KDRI , MGC\/NCI , BIND , BodyMap , CCDS , dbSNP , DDBJ\/EMBL\/GenBank , DIP , Ensembl , EntrezGene , fRNAdb , GenAtlas , Gene ontology (GO) , GeneCards , GGDB , GTOP , HGNC , H-GOLD (GDBS) , HPRD , IntAct , InterPro , KEGG , LIFEdb , LSBM , MGI , MINT , Mutation view , NC-IUBMB (EC) , OMIM , PubMed , RefSeq , UCSC , UniGene , UniProt",
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                    "creator_name": "国島 直樹",
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                    "creator_affiliation": "理化学研究所 播磨研究所 放射光科学総合研究センター",
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                "タンパク質配列データベース-タンパク質属性",
                "タンパク質配列データベース-タンパク質配列モチーフ、タンパク質活性部位",
                "構造データベース-タンパク質構造"
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            "description": "タンパク質のＸ線結晶解析で行われる重原子化の事例を収集したデータベース",
            "features": "タンパク質の配列や結晶化条件から重原子化実験に使う重原子化合物や実験条件を検討するために役立つ。 （ただしアーカイブにはインタフェイスは含まれていない。 インタフェイスは http:\/\/hatodas.harima.riken.jp\/ で利用可能である。）",
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            "references": [
                {
                    "reference_title": "Heavy-atom Database System: a tool for the preparation of heavy-atom derivatives of protein crystals based on amino-acid sequence and crystallization conditions.",
                    "reference_authors": "Sugahara M, Asada Y, Ayama H, Ukawa H, Taka H, Kunishima N.",
                    "journal": "Acta Crystallographica Section D\/2005:09\/9",
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                    "reference_title": "HATODAS II - heavy-atom database system with potentiality scoring",
                    "reference_authors": "M. Sugahara, Y. Asada, H. Shimada, H. Taka and N. Kunishima",
                    "journal": "Journal of Applied Crystallography\/ (2009). 42, 540-544",
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                "ヒト遺伝子\/疾患-多型データベース全般"
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                    "taxonomy_id": 9606
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            "organism_free_style": "",
            "description": "日本人におけるマイクロサテライトマーカーへテロ接合度のデータベース。日本人集団を対象とした連鎖解析や相関解析に有用なマーカー選択の基盤を整備した。",
            "features": "日本人におけるマイクロサテライトマーカーのヘテロ接合度を示すと同時に，連鎖解析に有用なマーカーセット検索，ならびに相関解析に有用な遺伝子領域に位置するマイクロサテライトマーカーの検索が可能な点に特長がある。",
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                    "funding_name": "文部科学省特定領域研究　ゲノム研究",
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            "maintenance_site": "九州大学　生体防御医学研究所付属遺伝情報実験センター　ゲノム構造学分野",
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                "http:\/\/www002.upp.so-net.ne.jp\/kyama-Q\/MS.html"
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            "last_updated_date": "2010-08-25",
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        {
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            "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00495-000.V002",
            "creators": [
                {
                    "creator_name": "玉田 太郎",
                    "creator_english_name": "Taro Tamada",
                    "creator_affiliation": "国立研究開発法人 量子科学技術研究開発機構 量子ビーム科学研究部門",
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                {
                    "creator_name": "岡崎 伸生",
                    "creator_english_name": "Nobuo Okazaki",
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                "構造データベース-タンパク質構造",
                "構造データベース-核酸構造"
            ],
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            "description": "水素及び水和水を含むタンパク質や核酸の立体構造データ（中性子回折法や高分解能Ｘ線回折法による）に含まれる水素結合のデータベース。",
            "features": "各種グラフを用いた統計情報閲覧機能、3次元表示を用いた分子構造閲覧機能を持つ。（オリジナルサイトは休止中。またこれらの機能はアーカイブには含まれていない。）",
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            ],
            "funding_free_style": "科学技術振興機構 研究情報データベース化事業",
            "references": [],
            "maintenance_site": "国立研究開発法人　量子科学技術研究開発機構　量子ビーム科学研究部門",
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                "http:\/\/hhdb.taka.qst.go.jp\/hx3\/"
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            "operation_start_date": "2004-10-01",
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        {
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            "description": "このデータベースの名称がキク科植物の情報に限定しているような印象をあたえるが、キク目に含まれる13科（多くの科が研究者になじみが薄いため、代表的なキク科をdatabase名に使用）全部の分類・系統・進化の解明に必要な情報を集めたものです：ウリノキ科 (Alangiaceae)、アルセウオスミア科 (Alseuosmiaceae)、アルゴフィラ科 (Argophyllaceae)、キク科 (Asteraceae) 、カリケラ科 (Calyceraceae)、キキョウ科　(Campanulaceae)、カルポデタ科 (Carpodetaceae)、クサトベラ科 (Goodeniaceae)、ミツガシワ科 (Menyanthaceae)、ペンタフラグマタ科（Pentaphragmataceae)、フェリネ科(Phellinaceae)、ローセア科 (Rousseaceae)、スチリダ科 (Stylidiaceae) の植物名(学名、ラテン語)、科以下の分類ランク名 (亜科、連、亜連、属、種、亜種、変種)、染色体数、DNA量、核及び葉緑体DNAの塩基配列（genBank access番号)、 調査個体数、材料産地、繫殖方法、発表論文著者名、発表年、論文名、掲載誌名、巻号、ページを収録したデータベースです。",
            "features": "■ キク科植物は、被子植物(花の咲く植物)最大の科で、24,000～30,000種が知られており、被子植物全体の1\/8～1\/10を占める。地球の歴史の中で最も新しい植物群と考えられており、現在も活発に種分化(新しい種が誕生すること)がおきており、主要な穀物(小麦、イネ、トウモロコシ)に次ぐ多数の研究者が集中して研究している。 染色体数の情報は、生物の系統と進化を明らかにする上で極めて重要である。 報告されたデータは、膨大な量になっているので、必要な情報を速やかに検索・利用できるsystemが必要になってきている。\r\n■ 調査がすんだ全ての植物の科の染色体数のIndexは、Darlington & Wylie (1945, 1955), Fedrov (1969, 1974), Moore (1967-1971, 1973, 1974), Goldblatt et al. (1975-2003)等により、科名、属名、種名、染色体数、発表論文著者名、文献が記載され、2～3年に1度、印刷され販売されてきた。 そのため、以前の情報は、継続的にこれらの文献を購入している機関(日本では、神戸大学と国立科学博物館だけが保有)を除き、かなり入手しにくくなっている。 そこで全国の関係者から問い合わせが私(渡邊) にあり、その度に過去のIndexをくって情報を提供してきた。\r\n■ 継続的にこれらの文献を購入していない発展途上国や後進国では、新しく調査して得られたdataが、すでに他の研究者により発表されていたり、以前に発表されたdataと食い違いがあるのにもかかわらず、何の検討もされず報告されるケースが増えてきた。 さらに、新しい分子系統学が発展したのに伴い、キク科の分類、系統関係の解明が著しくすすみ、亜科(Subfamily)、連(Tribe),属(Genus)、種(Species)、の改訂、修正、記入漏れ等が多くなり、過去のdataの見直し、再整理が必要になってきた。\r\n■ このdatabaseにより、この研究分野の情報整理と問題点、絶滅前に早急に調査が必要な分類群や地域等を明確にして、集中的な研究の取り組みが可能になる。このdatabaseを公開することで、世界中の研究機関、大学、個人が、無料で情報の利用が可能になる。",
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                    "reference_authors": "Semple, J. C. ＆Watanabe, K.",
                    "journal": "Methods in Molecular Biology (Springer Humana Press)  2023, Vol. 2703, pp.161-171",
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                    "journal": "Systematics, evolution and biogeography of Compoditae (Funk, V. A et al. (ed.)pp.61-72. (2009)",
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            "organism_free_style": "各種モデル生物（Homo sapiens, Mus musculus, Rattus norvegicus）を含む",
            "description": "専門家が科学文献中に記述されている生体内分子機序に関する知識を抽出し、計算機による様々な処理ができるような形式で電子化したデータベース。",
            "features": "オントロジーによる詳細なアノテーションが付与されたシグナル伝達パスウェイデータベース。\r\n\r\n専門家が論文からデータ抽出を行い、パスウェイの要素にオントロジーをアノテーションしている。\r\nキュレーションツールであるINOH client は、フリーで公開している。オントロジーのWeb検索ツール（Ontology Viewer）により、興味あるオントロジータームがアノテーションされたパスウェイデータをダウンロードすることができる。\r\n高度なパスウェイ推論検索システム（Similarity Search）は、オントロジーの階層、複合体の階層、イベント間のつながり、分子間の相互作用などから類似パスウェイを検索することができる。\r\nパスウェイデータは、BioPAX Level2, Level3フォーマットで公開している。",
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                    "journal": "Information Processing Society of Japan (IPSJ), Transactions on Databases, vol.45 No.SIG7(TOD 22) June 2004, pp.77-84",
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                    "reference_authors": "Fukuda K, Yamagata Y, Takagi T.",
                    "journal": "In Silico Biol. 2004;4(1):63-79. Epub 2004 Feb 22.",
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                    "reference_authors": "Fukuda K, Takagi T.",
                    "journal": "Bioinformatics. 2001 Sep;17(9):829-37.",
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            "description": "国内外の生命科学系データベースの所在情報 (URL)と、データベースについての説明や生物種などの基本的な属性情報 (メタデータ)をまとめたデータベースです。",
            "features": "文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省の4省による生命科学系データベース統合の取り組みの一環としてこれまで4省が独自にもっていた以下のデータベースのリストを集約し、4省にまたがるデータベースカタログを構築しました。その後も4省が協力して継続的にデータベースの情報を収集し、カタログへの追加・更新を行っています。\r\n\r\n生命科学系データベースカタログ\r\nWINGpro\r\nMEDALSデータベース便覧\r\nAgriTOGOのデータベース便覧\r\n医薬基盤研究所のデータベースリスト\r\n\r\n本サイトでは、データベースのURL、生物種、運用機関名などの統一された記述項目に従ってデータベースの概要を記載したレコードを閲覧できます。またレコードの記載を対象としたキーワード検索、さらに生物種、カテゴリ （データの対象及び種類）、稼働状況などの条件を組み合わせて一覧を絞り込み、目的のデータベースを探すことが可能です。",
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            "description": "伊豆大島・波浮港(北緯34度40分58.5秒，東経139度26分39.7秒, 水深約20m)に設置したJEDI (Joint Environmental Data Integration) Systemの一部である沿岸海洋観測システムOCEANS (Oshima Coastal Environmental data Acquisition Network System)によって2014年8月12日から2018年8月10日までに得られた物理，化学，生物，工学系の各種計測データです。詳細はwww2.kaiyodai.ac.jp\/~hide\/JEDI\/をご覧ください。さらなる技術的な詳細についてはhide[at]kaiyodai.ac.jpまで連絡してください。",
            "features": "・生物多様性の評価・予測方法の開発\r\n・プランクトン等の分類データ",
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            "funding_free_style": "黒潮と内部波が影響する沿岸域における生物多様性および生物群集のマルチスケール変動に関する評価・予測技術の創出(CREST\/JST, 平成24～30年度）",
            "references": [
                {
                    "reference_title": "A cable observatory system for integrated long term, high-frequency biological, chemical, physical measurement for understanding planktonic ecosystem",
                    "reference_authors": "Yamazaki, H., S. M. Gallager, M. Tanaka and K. Yamaguchi.",
                    "journal": "IEEE Techno-Ocean’16 429-434. doi:10.1109\/Techno-Ocean.2016.7890692",
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            "description": "jPOSTdatabase (Japan ProteOme STandard DataBase)は、jPOSTrepositoryのプロテオームデータに対して統一された基準で再解析した結果を収録したデータベースです。検出された翻訳後修飾の頻度、ペプチド上のリン酸化部位の共起、プロテオーム間のペプチドの共有などをビューアで見ることができます。",
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            "funding_free_style": "ライフサイエンスデータベース統合推進事業 統合化推進プログラム「プロテオーム統合データベースの構築」（平成２７年度～平成２９年度）",
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                    "reference_title": "The jPOST environment: an integrated proteomics data repository and database",
                    "reference_authors": "Yuki Moriya, Shin Kawano, Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Masaki Matsumoto, Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Yoshinori Yamanouchi, Norie Araki, Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Mio Iwasaki, Naoyuki Sugiyama, Satoshi Tanaka, Susumu Goto, Yasushi Ishihama",
                    "journal": "Nucleic Acids Research, Volume 47, Issue D1, 08 January 2019, Pages D1218–D1224. doi: 10.1093\/nar\/gky899",
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                {
                    "creator_name": "五斗 進",
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            "description": "jPOST(Japan ProteOme STandard Repository\/Database)は、ユーザによる質量分析の生データ、ピークリスト、解析データを登録するためのリポジトリです。ProtemoeXchange (PX) Consortiumに加盟しており、登録ユーザが論文投稿する際に必要となるPX IDを発行することもできます。",
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                    "reference_title": "jPOSTrepo: an international standard data repository for proteomes",
                    "reference_authors": "Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Yuki Moriya, Shin Kawano, Tadashi Yamamoto, Masaki Matsumoto, Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Norie Araki, Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Naoyuki Sugiyama, Susumu Goto, Yasushi Ishihama",
                    "journal": "Nucleic Acids Research, Volume 45, Issue D1, 4 January 2017, Pages D1107–D1111",
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                    "reference_authors": "Hirakawa M, Tanaka T, Hashimoto Y, Kuroda M, Takagi T, Nakamura Y.",
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                    "reference_authors": "Haga H, Yamada R, Ohnishi Y, Nakamura Y, Tanaka T.",
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            "description": "カイコゲノム研究プログラム(SGP)で蓄積されているcDNA(EST)情報が格納されたデータベースです。",
            "features": "DDBJのような公的機関に登録し、公開されたカイコの部分的cDNA配列に簡単なアノテーションを付けたデータベースです。このデータベースは、クローン名、BLAST検索スコア、GO（Gene Ontology）ターム、キーワードなどで検索することができ、検索結果からはESTの注釈(アノテーション)やクラスタリング情報を参照できます。「cDNA libraries」には、cDNAライブラリの特性情報、カイコの種類、組織、発育段階などが記載されています。",
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                {
                    "reference_title": "Large scale full-length cDNA sequencing reveals a unique genomic landscape in a lepidopteran model insect, Bombyx mori",
                    "reference_authors": "Suetsugu Y, Futahashi R, Kanamori H, Kadono-Okuda K, Sasanuma S, Narukawa J,Ajimura M, Jouraku A, Namiki N, Shimomura M, Sezutsu H, Osanai-Futahashi M,　Suzuki MG, Daimon T, Shinoda T, Taniai K, Asaoka K, Niwa R, Kawaoka S, Katsuma S,Tamura T, Noda H, Kasahara M, Sugano S, Suzuki Y, Fujiwara H, Kataoka H, Arunkumar KP, Tomar A, Nagaraju J, Goldsmith MR, Feng Q, Xia Q, Yamamoto K, Shimada T, Mita K.",
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            "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01185-000.V005",
            "creators": [
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                    "creator_name": "金久 實",
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                    "reference_authors": "Farit Mochamad Afendi, Taketo Okada, Mami Yamazaki, Aki Hirai-Morita, Yukiko Nakamura, Kensuke Nakamura, Shun Ikeda, Hiroki Takahashi, Md. Altaf-Ul-Amin1, Latifah K. Darusman, Kazuki Saito and Shigehiko Kanaya.",
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            "description": "食用植物、健康促進や薬用効果のある植物についてのデータベースです。収録されている情報は文献情報に基づいており、食用や健康促進\/薬用に関する情報についてまとめられています。オリジナルデータのダウンロードについては、skanaya[at]gtc[dot]naist[dot]jpにご一報ください。",
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            "description": "World Mapは世界の48,256対の薬用生物と使用国（217カ国）の関係を整理し、収録したデータベースです。薬用\/食用植物を使用している国々、あるいは、ある国で使用されている薬用\/食用植物を調べることができます。\r\nオリジナルデータのダウンロードについては、skanaya[at]gtc[dot]naist[dot]jpにご一報ください。",
            "features": "食・長寿・エコをめざした生物機能研究プラットフォームであるKNApSAcK Familyに統合されたデータベースのうちの１つ。KNApSAcK Familyはメタボロミクスによる食物あるいは生薬としての植物のヒトへの効果を分子レベルで解明する為に構築されました。",
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                    "reference_title": "KNApSAcK Family Databases: Integrated Metabolite-Plant Species Databases for Multifaceted Plant Research",
                    "reference_authors": "Farit Mochamad Afendi, Taketo Okada, Mami Yamazaki, Aki Hirai-Morita, Yukiko Nakamura, Kensuke Nakamura, Shun Ikeda, Hiroki Takahashi, Md. Altaf-Ul-Amin1, Latifah K. Darusman, Kazuki Saito and Shigehiko Kanaya.",
                    "journal": "Plant Cell Physiol. 2012 Feb;53(2):e1.1-11. doi:10.1093\/pcp\/pcr165",
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            "description": "「イネ完全長ｃDNAプロジェクト」において収集、全長塩基配列が決定されたイネ（品種：日本晴）由来の完全長cDNAクローン（約38,000)の情報が公開されている。完全長cDNAクローンは環境ストレス処理を施した様々な植物の組織から調製されている。核酸配列やアミノ酸配列のほかに、公共データベースとの相同性検索結果、マッピング情報、選択的スプライシングのパターン、タンパクドメイン情報、膜貫通構造、Gene Ontologyによる細胞内局在や遺伝子機能情報も含まれる。",
            "features": "完全長cDNAライブラリーは、ランダムにピックアップされている17万クローンから、ストレス処理等をおこなったジャポニカ種イネの組織20種類を使用して構築されている。3 '端シングルパス配列の配列情報により、クローンは独立した約28,000種類にグループ化される。すべての代表的なクローンは、完全に配列決定されている。",
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            "funding_free_style": "BRAIN(生物系特定産業技術研究支援センター)監督の下、独立行政法人農業生物資源研究所(NIAS)、財団法人 国際科学振興財団(FAIS)、理化学研究所(RIKEN)の共同コラボレーションによって収集され、完全に配列決定された完全長cDNAクローンの情報がこのサイトで描かれている。この作業は「イネ完全長cDNAプロジェクト」という名前のプロジェクトを介して行われてきた。",
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                {
                    "reference_title": "Collection, mapping, and annotation of over 28,000 cDNA clones from japonica rice",
                    "reference_authors": "Rice Full-Length cDNA Consortium; National Institute of Agrobiological Sciences Rice Full-Length cDNA Project Team, Kikuchi S*, Satoh K, Nagata T, Kawagashira N, Doi K, Kishimoto N, Yazaki J, Ishikawa M, Yamada H, Ooka H, Hotta I, Kojima K, Namiki T, Ohneda E, Yahagi W, Suzuki K, Li CJ, Ohtsuki K, Shishiki T;\r\nFoundation of Advancement of International Science Genome Sequencing & Analysis Group, Otomo Y, Murakami K, Iida Y, Sugano S, Fujimura T, Suzuki Y, Tsunoda Y, Kurosaki T, Kodama T, Masuda H, Kobayashi M, Xie Q, Lu M, Narikawa R, Sugiyama A, Mizuno K, Yokomizo S, Niikura J, Ikeda R, Ishibiki J, Kawamata M, Yoshimura A, Miura J, Kusumegi T, Oka M, Ryu R, Ueda M, Matsubara K;\r\nRIKEN, Kawai J, Carninci P, Adachi J, Aizawa K, Arakawa T, Fukuda S, Hara A, Hashizume W, Hayatsu N, Imotani K, Ishii Y, Itoh M, Kagawa I, Kondo S, Konno H, Miyazaki A, Osato N, Ota Y, Saito R, Sasaki D, Sato K, Shibata K, Shinagawa A, Shiraki T, Yoshino M, Hayashizaki Y, Yasunishi A.",
                    "journal": "Science 2003 July 18; Vol.301 no.5631: pp.376-379",
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                    "reference_authors": "Satoh K, Doi K, Nagata T, Kishimoto N, Suzuki K, Otomo Y, Kawai J, Nakamura M, Hirozane-Kishikawa T, Kanagawa S, Arakawa T, Takahashi-Iida J, Murata M, Ninomiya N, Sasaki D, Fukuda S, Tagami M, Yamagata H, Kurita K, Kamiya K, Yamamoto M, Kikuta A, Bito T, Fujitsuka N, Ito K, Kanamori H, Choi IR, Nagamura Y, Matsumoto T, Murakami K, Matsubara K, Carninci P, Hayashizaki Y, Kikuchi S.",
                    "journal": "PLoS One. 2007 Nov 28; 2(11):e1235.",
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            "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01038-000",
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                {
                    "creator_name": "杉本 亜砂子",
                    "creator_english_name": "Asako Sugimoto",
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            "description": "線虫C. elegans胚の特異的な細胞型・組織・細胞内構造を認識するモノクローナル抗体コレクションのデータベース",
            "features": "線虫C. elegans胚の特異的な細胞種・組織・細胞内構造を認識するモノクローナル抗体コレクションの胚発生過程各時期の免疫染色顕微鏡画像が閲覧可能。 この抗体コレクションは竹田和正博士によって1980年代に作成され、2003年に理研CDB発生ゲノミクス研究チーム（杉本亜砂子チームリーダー）で引 き継いで解析が行われた。 掲載されているモノクローナル抗体のうちストックが残っているものはリクエストにより分与可能 （連絡方法： http:\/\/www.cdb.riken.jp\/dge\/KTmAbDB\/firstpage\/frame.html ）。 また、Developmental Studies Hybridoma Bank (University of Iowa)にも寄託されている（http:\/\/dshb.biology.uiowa.edu\/)。",
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                    "funding_name": "文部科学省特定領域研究　ゲノム研究\r\nhttps:\/\/www.genome-sci.jp\/tokutei2005\/modules\/g4_paper2\/paperinfo.php?paperid=3973",
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            "references": [
                {
                    "reference_title": "Efficient production of monoclonal antibodies recognizing specific structures in Caenorhabditis elegans embryos using an antigen subtraction method.",
                    "reference_authors": "Takeda, K., Watanabe, C., Qadota, H., Hanazawa, M., and Sugimoto, A.",
                    "journal": "Genes Cells. 2008 Jul;13(7):653-65.",
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            "description": "Legenda は文献から抽出した疾患-遺伝子-物質との関係を納めた疾患情報テキストマイニングデータベースです。PubMed 全体の文献のアブストラクトを用いて、遺伝子名、疾患名、などを識別し、用語の共起関係に基づく遺伝子と疾患の関係についての網羅的な解析を行いました。",
            "features": "Legendaではコンセプトのペアが持つ関連度を、2種の指標（MIMとMMIM）で計算し、DBに格納しています。MIM（Mutual Information Measure）は、２つの確率変数の直接的な相互依存の尺度を表す為に利用しています。また、MMIMは、間接的な依存の尺度を表しています。更に、独自の3種（遺伝子辞書、遺伝子機能辞書、疾患・物質名辞書）の辞書を格納しています。",
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            "description": "LigandBoxは、計算機によるバーチャルスクリーニング用の低分子化合物のデータベースです。それぞれの化合物は、水素原子を含む全原子の３次元座標と原子電荷の情報が含まれており、すぐにドッキング計算に使用できるようになっています。\r\nLigandBox(LIGANDs Data Base Open and eXtensible)はJBICによって、分子シミュレーションシステムmyPrestoの一部として開発され,新エネルギー・産業技術総合開発機構（NEDO）によって開発支援を受けています。\r\n3次元構造データの作成は、ナミキ商事株式会社からいただいた2Dの化合物データをもとに行っています。\r\n本データベースの３次元構造は、計算により生成されたものであり、試薬ベンダー等の保有する化合物と厳密には一致しない場合があります。",
            "features": "薬物スクリーニング（構造ベース・リガンドベース）、薬物ドッキング、ケモインフォマティクスなどに使用できます。 分子構造は、水素原子を含む3次元構造のSybyl mol2ファイルであり、原子電荷はMOPAC AM1-BCCであるため、そのまま論文レベルのMD計算にも使用できます。溶解度・脂溶性などの物性値（予測値）が各分子に付加されており、実験に不適な分子を除外しやすい。実験で利用する場合に、キーがベンダーのIDであり入手しやすく、在庫率も高い。",
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            "funding_free_style": "バイオ産業情報化コンソーシアム(JBIC)が実施した以下のプロジェクト\r\n・生体高分子立体構造情報解析(http:\/\/www.jbic.or.jp\/enterprise\/developer\/012.html)\r\n・創薬加速に向けたタンパク質構造解析基盤技術開発(http:\/\/www.jbic.or.jp\/enterprise\/developer\/003.html)\r\n・ITを活用した革新的医薬品創出基盤技術開発(http:\/\/www.jbic.or.jp\/enterprise\/developer\/017.html)\r\nNEDOおよび経済産業省による開発支援、次世代天然物化学技術研究組合が実施した以下のプロジェクト\r\n・次世代治療・診断実現のため創薬基盤技術開発事業(https:\/\/www.amed.go.jp\/program\/list\/06\/01\/005.html)\r\nAMED: 国立研究開発法人日本医療研究開発機構による開発支援",
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                    "reference_title": "LigandBox : a database for 3D structures of chemical compounds.",
                    "reference_authors": "Kawabata,T., Sugihara, Y., Fukunishi, Y., Nakamura, H.",
                    "journal": "BIOPHYSICS,9,113-121.",
                    "reference_pubmed_id": 27493549,
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            "maintenance_site": "次世代天然物化学技術研究組合",
            "original_sites": [
                "http:\/\/www.mypresto5.com\/ligandbox\/cgi-bin\/index.cgi?LANG=ja"
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                    "creator_name": "中村 保一",
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            "description": "かずさDNA研究所で決定したミヤコグサのEST配列と、それらの配列とNCBIのnrデータベースとの間で行ったblastx検索結果",
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                    "reference_title": "Comparison of the Transcript Profiles from the Root and the Nodulating Root of the Model Legume Lotus japonicus by Serial Analysis of Gene Expression",
                    "reference_authors": "Asamizu E, Nakamura Y, Sato S, Tabata S",
                    "journal": "Molecular Plant-Microbe Interactions, 18, 487-498 (2005)",
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                    "reference_authors": "Nomura M, Tan DV, Arunothayanan H, Asamizu E, Tabata S, Kouchi H, Tajima S",
                    "journal": "Plant Biotechnology, 25, 173-175 (2008)",
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                    "reference_title": "Characteristics of the Lotus japonicus Gene Repertoire Deduced from Large-Scale Expressed Sequence Tag (EST) Analysis.",
                    "reference_authors": "Asamizu E, Nakamura Y, Sato S, Tabata S",
                    "journal": "Plant Molecular Biology, 54, 405-414 (2004)",
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            "description": "MassBank は、研究者がマススペクトルを共有することを目的とした、世界で最初の public database です。\r\nこれらのマススペクトルは、メタボローム解析をはじめとする生物科学研究や環境物質の化学分析をおこなう環境科学研究において、質量分析で検出した化合物の同定や推定に利用することができます。\r\nまた、2008年に 日本質量分析学会 の公式マススペクトルデータベースとして認められました。\r\nマススペクトルデータの提供機関は、以下の通りです。\r\n\r\nアテネ大学\r\nボイシ州立大学\r\n中部大学\r\nスイス連邦水質科学研究所\r\nチュービンゲン大学\r\n東大院工\r\n福山大学生物化学研\r\nジーエルサイエンス\r\nライプニッツ植物化学研究所\r\n日本電子株式会社\r\nかずさDNA研究所\r\n慶應大先端生命研\r\n京大院薬・生産開発研\r\nMetaboLights\r\nメタボロン社\r\nマックスプランク化学生態学研究所\r\n日本質量分析学会\r\n奈良先端大情報科学研究科\r\n日大文理\r\n大阪府立母子保健総合医療センター研究所\r\n大阪大学\r\nオズワルド・クルーズ財団\r\nPFOS研究グループ\r\n理研植物科学研究センター\r\n鳥取大農\r\nヘルムホルツ協会環境研究所\r\nコネチカット大学\r\n富山大和漢薬研\r\n産業医科大学\r\nプリバダ・アンテノル・オレゴ大学\r\nワシントン州立大学",
            "features": "特徴１：分散型データベース\r\n特徴２：基礎代謝、植物二次代謝標準物質の高精度精密質量スペクトル\r\n特徴３：精密質量に基づくマススペクトル検索エンジン、ブラウザ\r\n特徴４：統合スペクトルによる検索\r\n特徴５：生物科学や環境科学における基礎研究だけでなく創薬、新薬開発、医用質量分析などの応用研究にとって必須の質量分析データベースとして世界標準として認められている。",
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                    "reference_title": "MassBank: A public repository for sharing mass spectral data for life sciences",
                    "reference_authors": "H. Horai, M. Arita, S. Kanaya, Y. Nihei, T. Ikeda, K. Suwa. Y. Ojima, K. Tanaka, S. Tanaka, K. Aoshima, Y. Oda, Y. Kakazu, M. Kusano, T. Tohge, F. Matsuda, Y. Sawada, M. Yokota Hirai, H. Nakanishi, K. Ikeda, N. Akimoto, T. Maoka, H. Takahashi, T. Ara, N. Sakurai, H. Suzuki, D. Shibata, S. Neumann, T. Iida, K. Tanaka, K. Funatsu, F. Matsuura, T. Soga, R. Taguchi, K. Saito and T. Nishioka",
                    "journal": "J. Mass Spectrom\/45, 703-714",
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            "organism_free_style": "154生物種（被子植物96種（Arabidopsis thaliana、Lotus japonicus、Solanum lycopersicum、Oryza sativa、他）、シダ植物2種（Dicksonia antarctica、Selaginella uncinata）、コケ植物2種（Physcomitrella patens、Marchantia polymorpha）、藻類7種（Chlamydomonas reinhardtii、他）、マウス（Mus musculus）、線虫（Caenorhabditis elegans）、菌類、酵母（Saccharomyces cerevisiae、Schizosaccharomyces pombe）、シアノバクテリア（Synechocystis sp. PCC 6803、Synechococcus elongatus PCC7942）、大腸菌（Escherichia coli）、枯草菌（Bacillus subtilis）、乳酸菌（Lactobacillus brevis、他））",
            "description": "質量分析装置による代謝産物の分析データについて、分析データそのもの（生データ）を、生データに近い形で蓄積・公開するためのデータベースです。分析機器から出力された直後の生データを、必要最低限なサンプル情報とともに公開しています。",
            "features": "様々な生物種の質量分析装置による分析生データを取得し、in silicoスクリーニングなどの解析を行うことができる。また、KOMICS（http:\/\/www.kazusa.or.jp\/komics\/）で配布している解析ツールを用いることで、代謝物アノテーションや比較解析などを行うことができる。",
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            "description": "ライフサイエンス分野のメタデータ要素のレポジトリサイト。\r\n国際標準およびライフサイエンス分野のデータベースのメタデータ要素の定義や内容さらにデータ記述法を収録し、データベース構築時のデータのメタデータの標準化や既存のデータベースのデータ相互の関連付けを支援するサイト",
            "features": "メタデータ（要素）レポジトリとはメタデータ（要素）の登録簿であり、データそのものではなく、データが付随してもつそのデータ自身のデータ、つまりメタデータが収録されるものです。 メタデータレポジトリには、異なる標準のメタデータが登録されます。 メタデータレポジトリは、統一的なデータの概念、表現、定義を提供しますので、異なるデータベース間においてデータの共有や交換、相互運用が可能となります。 メタデータ要素はISO\/IEC 11179 Part 3 (Registry metamodel and basic attributes) (ISO\/IEC JTC1 SC32ホームページ、2008-03-03参照)に準拠した形で収録しています。",
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                "http:\/\/mder.biosciencedbc.jp\/"
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            "last_updated_date": "2009-05-20",
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        {
            "path": "jp\/medaka-est-db\/desc.html",
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                    "creator_name": "武田 洋幸",
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            "description": "メダカEST、迅速マッピングシステムM-marker 2003、オリゴチップmedaka microarray 8Kのデータ",
            "features": "すべてのクローンはNBRP　Medaka（http:\/\/www.shigen.nig.ac.jp\/medaka\/top\/top.jsp）を通じて提供可能である。 その際にはまで連絡をお願いしたい。",
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                    "reference_authors": "Kimura T, Jindo T, Narita T, Naruse K, Kobayashi D, Shin-I T, Kitagawa T, Sakaguchi T, Mitani H, Shima A, Kohara Y, Takeda H.",
                    "journal": "Mech Dev. 2004 Jul;121(7-8):915-32.",
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            "description": "メタボロミクス研究で取得された実験データに対する詳細な実験手法の情報（メタデータ）を専門に管理するデータベースです。メタデータの記録を極力簡単にすることで、メタボロミクスデータの公開と利用を促進することを目的に開発されました。\r\n※アーカイブに収録したデータは、2016\/5\/18にオリジナルサイトからダウンロードしたデータです。",
            "features": "【コンセプト的な特徴】　実験データを管理する他の複数のデータベース間でメタデータを共有できるため、メタボロミクス実験の複雑なメタデータをユーザーが一元管理できる。サンプルの画像や実験方法の動画、関連データへのハイパーリンクなどを、登録者が自由に掲載可能なため、公開データに付加価値を付け、研究成果をアピールすることができる。論文のサプリメントとして参照することも可能。登録ユーザーの利便性を向上することで、メタボロミクスデータの公開を加速する。\r\n \r\n【システム的な特徴】　Wikiシステムなので記入がしやすい。階層的なメタデータ構造を管理できる。一意のID（URI）でどの階層のメタデータにもアクセスできる。外部システムからデータにアクセスしたり意味的検索をしたいるするためのAPIが提供されている。",
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                    "funding_name": "独立行政法人科学技術振興機構（JST）バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）ライフサイエンスデータベース統合推進事業:「統合化推進プログラム メタボローム・データベースの開発」",
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                    "reference_title": "Metabolonote: a wiki-based database for managing hierarchical metadata of metabolome analyses.",
                    "reference_authors": "Ara T, Enomoto M, Arita M, Ikeda C, Kera K, Yamada M, Nishioka T, Ikeda T, Nihei Y, Shibata D, Kanaya S and Sakurai N (2015)",
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                    "creator_name": "浅水 恵理香",
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            "description": "トマト品種マイクロトムのBACライブラリーを構成するクローンの末端配列情報のデータベース。",
            "features": "Tomato SBM & Marker DatabaseではこのデータベースをBLASTの対象となる配列データセットとして利用している。\r\nデータベースにある各クローンはNBRPトマトのサブ機関であるかずさDNA研究所の以下のウェブサイトから供給可能である。\r\nhttp:\/\/www.kazusa.or.jp\/clonereq\/",
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                "http:\/\/www.kazusa.or.jp\/tomato_sbm\/"
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                {
                    "creator_name": "黒川顕",
                    "creator_english_name": "Ken Kurokawa",
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            "description": "MicrobeDB.jpは、ゲノム情報を核として遺伝子・系統・環境等の様々な微生物学のデータをセマンティックウェブ技術を用いて統合し、幅広い分野における微生物学の知見の利用を促進することができる統合データベースです。",
            "features": "MicrobeDB.jp version 2(doi: 10.18908\/lsdba.nbdc01181-000.V002)では、2013年までのデータを用いているversion 1(doi: 10.18908\/lsdba.nbdc01181-000.V001)から、ゲノム・オーソログ・菌株・メタゲノム等の様々なデータを大幅に追加するとともに個々のRDFデータの構造等の改善を行いました。上記データ群は、塩基・アミノ酸配列の類似性を基準に統合化しました。また、我々のグループで開発している、生息環境や感染症などの各種オントロジーも上記データの追加にあわせて語彙の追加や構造の見直しを行い、それらのオントロジーを用いてversion 2のRDFデータをアノテーションすることで、意味の類似性を基にした統合化も行いました。すべてのデータはRDFまたはOWLによって記述されておりますので、Tripleストアにデータをロードすることで、SPARQL言語を用いて検索することができます。",
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                    "creator_name": "眞鍋 理一郎",
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            "description": "発生中のマウス胚における基底膜タンパク質の局在性を示す画像のデータベースです。数百枚のギガピクセル単位の高解像度バーチャルスライドを収録しています。これらの画像では、マウス全身の矢状断切片及び前頭断切片を免疫組織化学的に染色し、隣接する切片をヘマトキシリン\/エオシンで染色しています。",
            "features": "さまざまな基底膜蛋白質の発現・局在を同一プラットフォームで染色してあり、臓器ごとに基底膜組成の比較が可能です。染色像は拡大・移動が自由にできるので、ユーザの興味のある部位での発現パターンが容易に観察できます。また、隣接切片のヘマトキシリン\/エオシン染色像と連動させることができ、臓器の細胞形態を参照しながら観察可能です。",
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            "funding_free_style": "JST 戦略的創造研究推進事業(ERATO)　関口細胞外環境プロジェクト (2000-2005)",
            "references": [
                {
                    "reference_title": "Transcriptome-based systematic identification of extracellular matrix proteins.",
                    "reference_authors": "Manabe R, Tsutsui K, Yamada T, Kimura M, Nakano I, Shimono C, Sanzen N, Furutani Y, Fukuda T, Oguri Y, Shimamoto K, Kiyozumi D, Sato Y, Sado Y, Senoo H, Yamashina S, Fukuda S, Kawai J, Sugiura N, Kimata K, Hayashizaki Y, Sekiguchi K.",
                    "journal": "Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Sep 2;105(35):12849-54. doi: 10.1073\/pnas.0803640105. Epub 2008 Aug 29.",
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                "http:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/archive\/matrixome\/bm\/home.html"
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            "description": "イネ(日本晴)の内在性レトロトランスポゾンTos17を転移させて作製したTos17挿入変異系統(ミュータントパネル)のデータベースです。",
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            "description": "日本最大級の化合物データベースである日本化学物質辞書（日化辞）のRDF (Resource Description Framework)データです。",
            "features": "NBDC版日化辞RDFは、日本化学物質辞書（日化辞）をChemical Information Ontology（CHEMINF）やSemanticscience Integrated Ontology（SIO）などの化合物情報のRDF記述で標準となっているオントロジーを用いてRDF化したデータです。オリジナルの日化辞では収録していないCanonical SMILESなどの情報を持っています。ユーザーはこのRDFデータをダウンロードし、各自の環境のトリプルストアに格納することで、RDFの問い合わせ言語であるSPARQLを使って検索が可能になります。日化辞を対象としたSPARQL検索は、J-GLOBAL knowledge（https:\/\/stirdf.jglobal.jst.go.jp\/）でも実行可能です。",
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            "description": "電子顕微鏡を利用した酵母画像データを収録したデータベースです。",
            "features": "このデータベースは、2,684件の酵母画像を収録しており、3種の形状（細胞、菌糸、胞子）画像と、撮影時の培地条件に関するデータを利用することができます。",
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            "description": "トキシコゲノミクスプロジェクト（Toxicogenomics Project、TGP ）は、独立行政法人医薬基盤研究所、国立医薬品食品衛生研究所および製薬企業（15社）が参画した官民共同プロジェクトであり、平成14年度から平成18年度までの5年間をかけて、150の化合物（医薬品等）をラット個体およびラット・ヒト肝細胞へ曝露した際の遺伝子発現情報および毒性情報を取得し、大規模かつ良質なトキシコゲノミクスデータベースを構築しました。さらに当データベースに解析および毒性予測システムの機能を付加したTG-GATEs（Toxicogenomics Project-Genomics Assisted Toxicity Evaluation system）の開発も達成しています。\r\nTGP2（Toxicogenomics Informatics Project、トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト）は、独立行政法人医薬基盤研究所、国立医薬品食品衛生研究所および企業13社が参画したTGPの後継プロジェクトであり、平成19年度から平成23年度までの5年間をかけ、TG-GATEsを活用して30種以上の安全性バイオマーカーの開発を達成しました。バイオマーカーの検証あるいは機序解析等を目的にTGP2で取得された追加データもTG-GATEsに収載されています。\r\n\r\nOpen TG-GATEsは、TGPおよびTGP2の研究成果を幅広い研究者に活用して頂くために開発した一般公開用のトキシコゲノミクスデータベースであり、TG-GATEsに格納されているデータの中から170化合物に係るデータを公開しています。データの絞り込みにおいては、化合物名を起点とした検索と臓器別病理所見を起点とした検索を行うことが出来ます。また病理所見等のフェノタイプデータに紐付けされた遺伝子発現データをCEL(*)ファイルとしてダウンロードすることが可能です。\r\n\r\n(*)CELは、Affymetrix GeneChip®で取得された遺伝子発現データ（生データ）を表現する一つのファイル形式です。",
            "features": "化合物名を起点とした検索と臓器別病理所見を起点とした検索を行うことが出来ます。また病理所見等のフェノタイプデータに紐付けされた遺伝子発現データをCELファイルとしてダウンロードすることが可能です。",
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                {
                    "funding_name": "厚生労働科学研究費補助金\r\n1. 研究課題名：トキシコゲノミクス手法を用いた医薬品安全性評価予測システムの構築とその基盤に関する研究\r\n（課題番号(ID)：H14-トキシコ-指定-001）\r\n2. 研究課題名：トキシコゲノミクスデータベースを活用した毒性メカニズムに基づく医薬品安全性評価に関する研究\r\n（課題番号(ID)：H19-トキシコ-指定-001）  プロジェクト参加企業からの共同研究費",
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            "maintenance_site": "独立行政法人 医薬基盤研究所　創薬基盤研究部　トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト",
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                    "creator_affiliation": "独立行政法人医薬基盤研究所，国立医薬品食品衛生研究所および製薬企業（15社）",
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            "organism_free_style": "",
            "description": "当病理写真データベースでは、Open TG-GATEsに登録されている160化合物について、それらの化合物を用いて実施した動物試験で作製した肝臓および腎臓の病理標本（約53,000 枚）の高解像度デジタル病理画像を公開しています。従って、Open TG-GATEsに登録されている病理所見の確認などを行うことができます。\r\nデータベースOpen TG-GATEsについては、こちらのアーカイブをご覧ください。\r\nhttps:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/jp\/open-tggates\/desc.html",
            "features": "病理写真はデジタルスライドとして表示・拡大・縮小などが可能です。",
            "fundings": [
                {
                    "funding_name": "厚生労働科学研究費補助金\r\n 研究課題名：トキシコゲノミクス手法を用いた医薬品安全性評価予測システムの構築とその基盤に関する研究\r\n（課題番号(ID)：H14-トキシコ-指定-001） 研究課題名：トキシコゲノミクスデータベースを活用した毒性メカニズムに基づく医薬品安全性評価に関する研究\r\n（課題番号(ID)：H19-トキシコ-指定-001）  プロジェクト参加企業からの共同研究費",
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            "maintenance_site": "独立行政法人 医薬基盤研究所　創薬基盤研究部　トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト",
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            "description": "遺伝型－表現型データ記述形式の標準化規格PML について記述したものです。あわせてPaGE-OMの説明、スキーマやサンプルスクリプトなどを公開しています。ゲノムの多様性と表現型の多様性の関係についての研究には、大規模且つ多様なデータを多くの協力者や研究者の間で共有することが不可欠です。そのためには各々の研究者がデータの互換性を担保した統一のとれた方法でデータを記述することが重要となります。 PaGE-OM (Phenotype and Genotype-Object Model)とはデータ記述のためのデータモデルです。",
            "features": "遺伝型－表現型データベースを作成するときに、国際標準規格に基づいた形式で記述することができます。ゲノム多型と表現型のデータベースを開発する際に、国際標準形式で作成することができます。また、PMLで作成されたデータは再利用しやすいことになります。",
            "fundings": [
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                    "funding_name": "遺伝型-表現型データベースのデータ記述形式に関する標準化調査事業",
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            "funding_free_style": "世界中の遺伝型－表現型データベースを統合利用できるように、データ記述形式の標準化を行うため、新エネルギー・産業技術総合開発機構（NEDO）予算のプロジェクト「遺伝型－表現型データベースのデータ記述形式標準化事業」が2005年度から2008年度まで行われました。予算は平成17年度から平成20年度で、総額約17億円。PMLはその１つの成果です。\r\n(参照　MEDALSポータルサイト, http:\/\/medals.jp\/project_list\/detail\/101.html )。",
            "references": [],
            "maintenance_site": "運用停止しました。なおアーカイブ版はhttp:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/archive\/openpml\/で閲覧可能です。",
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                    "creator_name": "西潟  憲策",
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                    "creator_affiliation": "NECソフト株式会社",
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                    "creator_name": "佐藤 慶治",
                    "creator_english_name": "Yoshiharu Sato",
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                "タンパク質複合体データベース"
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            "description": "PCDq は、予測複合体を含めたヒト蛋白質複合体のデータベースです。",
            "features": "BIND、DIP、MINT、HPRD、IntActおよびGNP_Y2Hの６つの蛋白質間相互作用（PPI）データを整理統合し、PPIネットワークの密な領域から蛋白質複合体が予測され、それらを文献と比較し修正することで、既知の複合体情報と予測された複合体情報の両方を格納しています。既知と予測のサブユニットを区別・活用するため、品質管理指数（complex quality index: CQI）を、各複合体に付与しています。また、複雑なネットワークを簡素に示す図を表示・編集できる機能PPI-Mapがあります。\r\n＊慣行に従い、PCDqを研究等で利用する場合は、「論文等」に記載されている論文を引用してください。",
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                    "funding_name": "ゲノム情報統合プロジェクト (2005-2007年)",
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                {
                    "reference_title": "PCDq: human protein complex database with quality index which summarizes different levels of evidences of protein complexes predicted from h-invitational protein-protein interactions integrative dataset.",
                    "reference_authors": "Kikugawa S, Nishikata K, Murakami K, Sato Y, Suzuki M, Altaf-Ul-Amin M, Kanaya S, Imanishi T.",
                    "journal": "BMC Syst Biol. 2012 Dec 12; 6 Suppl 2:S7",
                    "reference_pubmed_id": 23282181,
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            "description": "「オルソログ」とは、共通の祖先遺伝子から種分岐に伴って派生した遺伝子間の対応関係、もしくは、そのような対応関係にある遺伝子群を指し、生物種間のシンテニーに基づいたゲノム進化や遺伝子機能を推定する上で重要な手掛かりとなります。PGDBjオルソログDBは、異なる生物種間におけるアミノ酸配列の類似性に基づいた遺伝子のオルソログ情報を蓄積したデータベースです。現在、緑色植物40種とラン藻213種のオルソログ情報が含まれています。",
            "features": "PGDBjオルソログDBは、生物種間の進化系統を反映させた階層的なデータベースであり、生物種間の「ハブ」として国内外の様々な植物ゲノムデータベースが連結されています。これにより、利用者が本DBに対して入力したキーワードやアミノ酸配列に基づいて、生物種や系統群を超えたデータの検索が可能であり、モデル植物から作物を含む多様な生物種における遺伝子の機能や特性に関する情報を一度に取得することができます。",
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                    "reference_authors": "Erika Asamizu, Hisako Ichihara, Akihiro Nakaya, Yasukazu Nakamura, Hideki Hirakawa, Takahiro Ishii, Takuro Tamura, Kaoru Fukami-Kobayashi, Yukari Nakajima and Satoshi Tabata",
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            "organism_free_style": "ゲノム解読とDNAマーカー開発が進んでいる８０植物種を対象としています。特にDNAマーカーやQTL情報の整備については、園芸作物を中心とした６５植物種を対象としています。",
            "description": "DNAマーカーと遺伝地図は、遺伝解析による有用遺伝子の同定やゲノム構造比較の他、マーカー選抜育種やDNA鑑定などの応用研究にも利用されます。本データベースでは、園芸作物を中心とした６５植物種について、DNAマーカー（６５生物種分）と、重要な農業形質に関わるQTLおよび地図情報（４５生物種分）を文献や外部データベースから収集・整理し、公開しました。また、８０植物種について、基本情報、ゲノム解析手法、関連ウェブサイトのリンク情報を収集・整理し、公開しました。",
            "features": "本データベースでは、病害抵抗性、環境ストレス耐性、収量などの形質に着目した情報整備を行っています。このため、これらをキーワードとしたDNAマーカーやQTLの検索が可能です。また、DNAマーカーを用いたタイピングの実験条件に関する情報収集と整備も行っており、利用者が有する材料で実験する際の条件検索も可能です。",
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                {
                    "reference_title": "Plant Genome DataBase Japan (PGDBj): A Portal Website for the Integration of Plant Genome-Related Databases",
                    "reference_authors": "Erika Asamizu, Hisako Ichihara, Akihiro Nakaya, Yasukazu Nakamura, Hideki Hirakawa, Takahiro Ishii, Takuro Tamura, Kaoru Fukami-Kobayashi, Yukari Nakajima and Satoshi Tabata",
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            "description": "マウスの初期発生で発現している約25000個のcDNAの塩基配列（部分）を決定し、胚の体軸形成に関与すると考えられる遺伝子や約4000の新規遺伝子を見い出した。その際、得られたEST配列と初期発生段階である未受精卵、受精卵、２細胞期、４細胞期、8細胞期、16細胞期、32および64細胞期（blastocyst）の発現をデータベースとしている。",
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                    "funding_name": "（独）科学技術振興機構 戦略的創造研究推進事業（総括実施型研究）（創造科学技術推進事業）土居バイオアシンメトリプロジェクト（1995年10月-2000年9月）：生命における非対称性を指標にして、様々な生物種で、各種の生命現象を解析。",
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                    "reference_title": "Large-scale cDNA analysis reveals phased gene expression patterns during preimplantation mouse development",
                    "reference_authors": "Ko MS, Kitchen JR, Wang X, Threat TA, Wang X, Hasegawa A, Sun T, Grahovac MJ, Kargul GJ, Lim MK, Cui Y, Sano Y, Tanaka T, Liang Y, Mason S, Paonessa PD, Sauls AD, DePalma GE, Sharara R, Rowe LB, Eppig J, Morrell C, Doi H.",
                    "journal": "Development. 2000 Apr;127(8):1737-49",
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            "description": "プラナリアの神経回路形成に関わる遺伝子群の、単一細胞ごとの遺伝子発現情報、Whole-mount in situ hybridizationによる発現解析、および組織免疫染色による解析データを収録したデータベース。 特に、FACS (Fluorescence Activated Cell Sorting)を用いた半定量的single-cell PCR (FBSC-PCR)手法による、単一細胞レベルの発現解析結果の初めての公開となる。",
            "features": "半定量的single-cell RT-PCRとFACSを組み合わせた独自の手法により、プラナリアの単一ニューロンごとの遺伝子の発現パターンを解析し公開した点が特長である。ScholarpediaのPlanaria nervous systemを本データベースと併せて参照されたい。またin situ hybridizationデータについては、JT生命誌研究館のサイトから公開されている「Oh!脳」でも、関連するいくつかの遺 伝子の情報を閲覧できる。",
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            "funding_free_style": "本データベースについて、single cellでの遺伝子プロファイル法については、代表者が理化学研究所・発生再生総合科学研究センターに所属する時に確立されたものである。神経特異的な遺伝子の解析については、学術創成研究 (平成17-21年度、課題番号:17GS0318)『プラナリアの再生組織構築を決定する位置情報システムの解明』の成果として作成されたものである。",
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                    "reference_title": "Single-cell gene profiling utilizing FACS and its “index sorting” function for stem cell research",
                    "reference_authors": "Tetsutaro Hayashi, Norito Shibata, Ryo Okumura, Tomomi Kudome, Osamu Nishimura, Hiroshi Tarui and Kiyokazu Agata",
                    "journal": "Dev Growth Differ., 52, 131-144 (2010)",
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                    "reference_authors": "Kaneyasu Nishimura, Yoshihisa Kitamura, Takeshi Inoue, Yoshihiko Umesono, Shozo Sano, Kanji Yoshimoto, Masatoshi Inden, Kazuyuki Takata, Takashi Taniguchi, Shun Shimohama and Kiyokazu Agata",
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            "description": "高等植物遺伝子のプロモーター等の発現制御に関わる領域の塩基配列モチーフを論文から収集し、解説や文献、PubMedへのリンク、国際塩基配列データベースのアクセッション番号などを付加したデータベース。",
            "features": "背景・ねらい\r\n\r\n植物遺伝子のプロモーター等の発現制御に関わる領域（シスエレメント）中の塩基配列モチーフのデータベースと適切なホモロジー解析ツールがあれば、植物から単離された遺伝子の塩基配列から、その遺伝子の発現している組織、ホルモンやストレスによる誘導の有無などを推定し、実験を組み立てるのに役に立つと期待される。既存のシスエレメントモチーフのデータベースでは、高等植物のシスエレメントは非常に数少ない。そこで高等植物遺伝子の発現制御に関わるシスエレメント塩基配列モチーフを収集し、PLACE (PLAnt Cis-Element) データベースを構築することにした。\r\n\r\n\r\n特徴・活用方法\r\n\r\n1. 文献を調査してモチーフ塩基配列、特徴などを含めた解説、文献等を入力し集積した。別の遺伝子や別の植物等でその後に報告されたバリエーションも独立したモチーフとして含めた。\r\n2. それぞれのモチーフに関するドキュメントは、ブラウザでキーワード検索して読むことができる。\r\n3. 塩基配列の解析ツールとして導入したWWW Signal Scan によって、質問配列をコピーアンドペーストして検索を実行すると、結果が表示される。表示の仕方は、存在するモチーフ名のアルファベット順にリスト、質問配列上にマップ表示、質問配列の5'側からの順にリスト、の３通りから選択できる。\r\n4. ドキュメントの中にはアメリカNCBI\/NIHの文献要旨データベースPubMed のIDナンバー及びGenBank のアクセッションナンバーが表示されている。これをクリックすることによりそれぞれのデータベースに飛んで、文献の要旨を読んだり、関連塩基配列に関するデータを入手したりできる。\r\n\r\n\r\n有用性\r\n\r\n各モチーフの実験的証拠は、RC (Reference Criteria) 欄に記載されている。ここにまとめたモチーフは、必ずしも厳密に調べたものではない。そのためこのデータベースの結果を使用する前には、それぞれのモチーフのオリジナルの文献を読むべきである。",
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                    "journal": "第5回国際植物分子生物学会, 1997, Abst. #891",
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                    "journal": "第20回日本分子生物学会 講演要旨集, 1997, pp.666 \/ 生物資源研究成果情報, 1999.07.31, No.8, Page7-8",
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                {
                    "reference_title": "Plant cis-acting regulatory DNA elements (PLACE) database: 1999",
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                    "journal": "Nucleic Acids Research, 1999, Vol.27, No.1 :297-300",
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            "operation_start_date": "1997-03-31",
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                    "creator_name": "富井健太郎",
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            "description": "PoSSuMは、タンパク質上の低分子結合サイトを推定するためのデータベースです。このデータベースにはDrug Search機能もあります。Drug SearchではChEMBLから194の創薬に適した化合物を抽出して、それらの化合物との結合する既知のポケットと、それらのポケットと相同性のあるポケットを推定しています。",
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            "funding_free_style": "科学研究費助成事業（課題番号：23500374）「基質結合部位予測に向けたタンパク質局所構造の高速比較法の開発」\r\n科学研究費助成事業（課題番号：25430186）「データウェアハウスとタンパク質予測情報を組み合わせた創薬標的探索システムの開発」\r\n科学研究費助成事業（課題番号：25293079）「新規エストロゲン受容体活性制御分子の生体機能解明と創薬研究」\r\n文部科学省「創薬等支援技術基盤プラットフォーム」\r\n厚生労働省科研費",
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                    "reference_title": "PoSSuM v.2.0: data update and a new function for investigating ligand analogs and target proteins of small-molecule drugs.",
                    "reference_authors": "Ito J, Ikeda K, Yamada K, Mizuguchi K, Tomii K.",
                    "journal": "Nucleic Acids Res. DB issue 2015;43:D392-8.",
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                    "journal": "Nucleic Acids Res. DB issue 2012;40:D541-8.",
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                    "journal": "Proteins 2011;80:747-63.",
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                    "journal": "The 2nd Asian Conference on Machine Learning (ACML2010) 2010.",
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            "description": "タンパク質の立体構造変化とリガンド結合の関係を表したデータベースです。タンパク質の立体構造変化を運動の種類とリガンド結合部位との位置関係によって７つのクラスに分類しています。",
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                    "reference_authors": "T. Amemiya, R. Koike, A. Kidera, and M. Ota.",
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                }
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            "description": "文献から集めたイネのQTL情報のデータベースです。\r\n種々の文献検索サイトよりイネのQTL研究に関した文献情報を抽出し、最終的には1214件の論文から5096件のイネQTL情報を得ました。その上で、統計上検出された遺伝子座間相互作用あるいは遺伝子×環境間相互作用のQTLは排除しました。さらに染色体上の同一カ所に検出されたQTLを整理し、QTL物理位置の同じ形質名を持ち同じインターバルに検出されたQTLを統一することによって、冗長性の少ない代表的QTL情報を得ました。代表的QTLは、463件の論文に由来する1051件のQTL情報から構成されています（2008年3月31日現在）。これらの代表的QTL情報はSQL言語を用いて構造化され、表およびゲノムブラウザから関連情報を得ることができるQ-TARO (QTL Annotation Rice Online)データベースとして整理されました。2012年現在、新たなQTL情報の追加は行っていません。",
            "features": "イネの表現型については、農業形質に関わる重要な形質を中心に、その変異を遺伝的に明らかにする研究が多く行われてきました。その代表的な研究手法がQTL解析ですが、現在までQTL解析で得られた多くのQTL情報が整理されていないことから、QTLの関係（冗長性）やその染色体上の位置などの情報が明らかになっていませんでした。\r\nそこで、我々の研究グループでは、過去20年間のQTLに関する研究論文を1214件収集し、QTL情報を収集し位置情報を得るためのDNAマーカー情報とあわせて整理を行いました。その結果、全体で5096件のQTL情報から、冗長性を極力除いた1051件の代表的QTL情報のデータベースを作成し、ゲノム上に可視化しました。\r\nこのデータベース(Q-TARO;QTL Annotation Rice Online)を利用することで目的とする染色体上のQTLの位置や情報だけでなく、関連するマーカー情報を得られることが期待されます。",
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                    "funding_name": "アグリバイオリソースの高度化と活用研究 (平成18-22年度、農業生物資源研究所)",
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                {
                    "funding_name": "農林水産省　新農業展開ゲノムプロジェクト\r\n課題番号: GIR1003　表現型データベース・育種支援ツールの整備　(平成20年-平成24年度)",
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                    "reference_title": "Q-TARO: QTL Annotation Rice Online Database",
                    "reference_authors": "Jun-ichi Yonemaru, Toshio Yamamoto, Shuichi Fukuoka, Yusaku Uga, Kiyosumi Hori, Masahiro Yano",
                    "journal": "Rice, September 2010, Volume 3, Issue 2-3, pp 194-203",
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            "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00960-000",
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                {
                    "creator_name": "藤原 滋樹",
                    "creator_english_name": "Shigeki Fujiwara",
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                    "organism_name": "Ciona intestinalis",
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            "description": "カタユウレイボヤ EST 解析に用いた卵割期・尾芽胚・幼生のライブラリーから、重複のない 9287 クローンの cDNA を載せたマイクロアレイを作製した。このアレイを用いて、 ホヤ胚におけるレチノイン酸標的遺伝子のスクリーニングを行い多くの新規遺伝子を含む標的遺伝子候補を同定し、 それらについて in situ による発現解析を行った。 本データベースはこれらの結果をまとめたデータベースである。",
            "features": "このデータベース中の in situ ハイブリダイゼーションのデータは、 ANISEED データベース （http:\/\/crfb.univ-mrs.fr\/aniseed\/） の中にも含まれており，他の論文等で報告されているさまざまな遺伝子発現パターンとともに閲覧できるようになっている。 また、マイクロアレイに用いた cDNA クローンは提供可能である。",
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                    "funding_name": "文部科学省特定領域研究　ゲノム研究\r\nhttps:\/\/www.genome-sci.jp\/tokutei2005\/modules\/g4_paper2\/paperinfo.php?paperid=3844",
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            "references": [
                {
                    "reference_title": "Microarray analysis of embryonic retinoic acid target genes in the ascidian Ciona intestinalis.",
                    "reference_authors": "Ishibashi T, Nakazawa M, Ono H, Satoh N, Gojobori T, Fujiwara S.",
                    "journal": "Dev Growth Differ. 2003 Jun;45(3):249-59.",
                    "reference_pubmed_id": 12828686,
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                }
            ],
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            "description": "The Rice Expression Database（RED）は、イネゲノムプロジェクトの一環として進められたマイクロアレイプロジェクトにおいて、8987ESTアレイを用いて解析さ れた遺伝子発現データを集約したデータベースです。REDは、イネマイクロアレイプロジェクトと他の研究グループによる実験で得られた発現プロファイルか らの生データと正規化されたデータを保持しています。",
            "features": "特定の研究テーマに興味がある場合、red_subject_infoテーブルから適切な「Research ID」を見つけることができます。その後、選択した研究のための実験データを取得します。\r\nまた、red_estテーブルから特定の遺伝子のためのアクセッション番号を見つけることができます。その後、アレイBLASTの結果に対する様々な実験条件下での発現プロファイルを取得します。",
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                    "reference_authors": "Junshi Yazaki, Naoki Kishimoto, Masahiro Ishikawa and Shoshi Kikuchi",
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            "description": "The Rice Expression Database II INAHO（RED II INAHO）は、イネのアブシジン酸とジベレリンの応答性遺伝子の転写プロファイリングを調べるために、60-merのオリゴヌクレオチドマイクロアレイを用いてイネの遺伝子発現を分析したデータベースです。",
            "features": "redii_inaho_experimentテーブルから実験データを取得できます。また、redii_inaho_probeテーブルから特定の遺伝子のためのアクセッション番号を見つけることができます。その後、アレイBLASTの結果に対する様々な実験条件下での発現プロファイルを取得します。\r\n \r\n文献\r\nYazaki J, Kishimoto N, Nagata Y, Ishikawa M, Fujii F, Hashimoto A, Shimbo K, Shimatani Z, Kojima K, Suzuki K, Yamamoto M, Honda S, Endo A, Yoshida Y, Sato Y, Takeuchi K, Toyoshima K, Miyamoto C, Wu J, Sasaki T, Sakata K, Yamamoto K, Iba K, Oda T, Otomo Y, Murakami K, Matsubara K, Kawai J, Carninci P, Hayashizaki Y, Kikuchi S.\r\nGenomics approach to abscisic acid- and gibberellin-responsive genes in rice.\r\nDNA Res. 2003 Dec 31;10(6):249-61.\r\nPMID: 15029956\r\n \r\nYazaki J, Shimatani Z, Hashimoto A, Nagata Y, Fujii F, Kojima K, Suzuki K, Taya T, Tonouchi M, Nelson C, Nakagawa A, Otomo Y, Murakami K, Matsubara K, Kawai J, Carninci P, Hayashizaki Y, Kikuchi S.\r\nTranscriptional profiling of genes responsive to abscisic acid and gibberellin in rice: phenotyping and comparative analysis between rice and Arabidopsis.\r\nPhysiol Genomics. 2004 Apr 13;17(2):87-100.\r\nPMID: 14982972",
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            "description": "DNAマイクロアレイの開発によりゲノム規模での遺伝子の発現量の測定が可能となって以来、遺伝子発現データはさまざまな研究グループにより異なる測定手法を用いて産生され、公共データベースに蓄積しつづけています。これらのデータは、仮説の構築、研究計画の立案、実験データの解釈など、さまざまな状況において幅広い分野の研究者に利用される汎用的なデータですが、その膨大さや多様さのため、それらを自らの研究に利用することは困難な場合があります。\r\nRefEx (Reference Expression dataset) は、遺伝子発現解析の基準となる正常な組織や細胞などの大規模測定データを集め、並列に比較できるよう整理し、それらを快適に閲覧できるウェブツールです。",
            "features": "・正常組織・細胞等の遺伝子発現データを ひと目で\r\n複数の遺伝子発現計測手法によって得られた哺乳類の正常組織、細胞等における遺伝子発現データを収集し並列に表現することによって、各組織における遺伝子発現状況を計測手法間の差異とともに直感的に比較できることが特長です。RefExを利用することで、研究者は研究対象とする遺伝子が平常時にどの組織、細胞でどの程度発現しているのかについて、自ら実験をすることなく確認することができます。また、研究者がしばしば遭遇する馴染みのない遺伝子について、一般的には個別の研究論文における実験データや記述などからそれらの生物学的特徴を類推したりしますが、RefExでは実験デザインに左右されない大規模かつ網羅的な測定データから研究者自身の目でそれらを簡単に確認することができます。さらに、研究者の用意した複数の遺伝子IDについて一括で検索できる機能を備えているほか、リスト機能を用いて遺伝子の詳細データを並列に比較することができるため、遺伝子発現解析などで見出された遺伝子群の関係性を知るためのツールとしても有用です。\r\n・調べたい遺伝子を より探しやすく より分かりやすく\r\nもっとも基本的なキーワード·遺伝子名検索では文字を入力する度に検索語の候補が提示されるので、それらから選択することで容易にキーワード入力を行うことができます。また、 「転写因子」や「Gタンパク質共役受容体」、「2番染色体」などのように、ある分類に属する遺伝子群についてまとめて検索·比較できるよう整理されています。さらに、さまざまな実験における比較対照などに用いられる『組織特異的遺伝子』を測定データから独自に算出し、組織ごとに一覧することができます。Advanced searchでは、複雑な検索条件を一度に指定することが可能であり、あらかじめID情報などが手元にある場合には、目的とするデータに簡単に行き着くことができます。\r\n・直感的な可視化で 新たな知識発見・仮説構築を\r\n検索結果一覧および個別の遺伝子の詳細情報ページでは、 組織間の比較と測定手法間（EST、GeneChip、CAGE、RNA-seq）の比較を両立させた相対発現量が棒グラフで示されるとともに人体の3DモデルであるBodyParts3D\/Anatomographyに発現量を反映させたヒートマップが表示されます。またリスト機能を使えば、検索結果の個別の遺伝子について一時的に保存しておくことができます。リストに追加した遺伝子は、最大でその3つについて、40分類の組織·臓器における発現データを比較しながら、遺伝子に付与された機能に関する注釈情報（Gene Ontology他） を見比べることができます。これらの機能は、新たな知識発見あるいは仮説の構築をサポートします。詳細情報ページに記載された種々のIDには、それぞれRefExの内部リンクやオリジナルのデータベースサイトへの外部リンクが貼られており、同じ分類に属する遺伝子を再検索したり、RefEx自体を遺伝子検索の起点とすることもできます。\r\n・再利用可能で有用なパブリックデータの活用例\r\nRefExが提供するすべてのデータは、クリエイティブ·コモンズライセンスのもとで、オープンデータとして自由にダウンロードおよび再利用することができます。検索結果一覧や詳細情報ページのデータはいずれもダウンロードすることが可能で、研究者自身のデータと参照することも、それらを使った再解析も自由に行うことができます。 また、外部の研究データレポジトリ「figshare」にも全てのデータがDOI付きで公開されています（https:\/\/doi.org\/10.6084\/m9.figshare.c.3812815）。さらに、ソフトウェア開発プロジェクトのための共有ウェブサービス「GitHub」上にも、公開データの再解析に用いたプログラムやドキュメントを整理しており、RefExで提供する再解析データについてある一定の評価品質および再現性を担保しています（https:\/\/github.com\/dbcls\/RefEx）。RefExは生命科学データの共有および再利用の活用例のひとつであり、データ駆動型研究のためのデータセット、ウェブツールとしてだれでも自由に使うことができます。",
            "fundings": [
                {
                    "funding_name": "文部科学省「ライフサイエンス統合データベース」プロジェクト ライフサイエンスデータベース統合推進事業「データベース統合に関わる基盤技術開発」",
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            "funding_free_style": "文部科学省「ライフサイエンス統合データベース」プロジェクト ライフサイエンスデータベース統合推進事業「データベース統合に関わる基盤技術開発」",
            "references": [
                {
                    "reference_title": "RefEx, a reference gene expression dataset as a web tool for the functional analysis of genes",
                    "reference_authors": "Ono H, Ogasawara O, Okubo K, Bono H",
                    "journal": "Scientific data\/Aug 2017\/vol. 4 170105",
                    "reference_pubmed_id": 28850115,
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                }
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            "maintenance_site": "ライフサイエンス統合データベースセンター",
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            "last_updated_date": "2018-04-05",
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        {
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            "name": "RGP caps",
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            "alias": "RGP: 332 PCR-based genetic markers on rice chromosomes",
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                {
                    "creator_name": "山本 公子",
                    "creator_english_name": "Kimiko Yamamoto",
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            "description": "我々は161個のsequence tagged site(STS)マーカーと171個のcleaved amplified polymorphic sequence (CAPS)マーカーを含む、332個のPCR法による遺伝マーカーを開発しました。このページではこれらマーカー情報を提供します。",
            "features": "STSマーカーやCAPSマーカーについての染色体上の位置、プライマー配列、増幅断片（日本晴）の大きさ、制限酵素といったあらゆる情報を表にまとめました。これらのマーカーは、日本晴（ジャポニカ種）とKasalath（インディカ種）間の多型検出のために開発されました。これらのマーカーによる多型検出は、品種または系統の組合せに依存しますが、他の組合せでの分析に利用することができます。\r\nこのアーカイブは下記の最終更新日のデータを元に作成されており、現状とは必ずしも一致しない場合があります。",
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            "description": "このデータベースは、「Wu et al, Plant Cell 14, 2002」に掲載したYACベースのイネ転写産物地図に関する情報を提供しています。イネ転写産物地図作成に使用された6,591個のEST部位情報が含まれています。",
            "features": "表や図（ダウンロード用のMicrosoft ExcelフォーマットおよびPDFフォーマットあり）の形式で、YACベースのイネ転写産物地図の詳細を提供します。表には、クローン特異的なESTプライマーを用いた、PCR法によるYACスクリーニングの詳細な結果が含まれています。 図には、割り当てられたEST部位でのイネの遺伝地図、および、YAC物理地図が含まれています。\r\nこのアーカイブは下記の最終更新日のデータを元に作成されており、現状とは必ずしも一致しない場合があります。",
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            "features": "イネ連鎖地図は、Nipponbare (japonica) と Kasalath (indica) のF2交雑でマッピングされた1,381個のRFLPマーカー情報 (1993年版) から構成されています。\r\nこのアーカイブは下記の最終更新日のデータを元に作成されており、現状とは必ずしも一致しない場合があります。",
            "fundings": [
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                    "reference_authors": "N. Kurata, Y. Nagamura, K. Yamamoto, Y. Harushima, N. Sue, J. Wu, B.A. Antonio, A. Shomura, T. Shimizu, S-Y. Lin, T. Inoue, A. Fukuda, T. Shimano, Y. Kuboki, T. Toyama, Y. Miyamoto, T. Kirihara, K. Hayasaka, A. Miyao, L. Monna, H.S. Zhong, Y. Tamura, Z-X. Wang, T. Momma, Y. Umehara, M. Yano, T. Sasaki, Y. Minobe",
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                    "creator_name": "春島嘉章",
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            "description": "RGPのDNAマーカーで選抜されたYACクローンのデータファイルを示します。RGPのイネYACライブラリーは、日本晴（Oryza sativa L. cv. Nipponbare）の培養細胞から構築され、平均挿入長350kbのクローンを6934個含んでいます。",
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                    "reference_authors": "N. Kurata, Y. Nagamura, K. Yamamoto, Y. Harushima, N. Sue, J. Wu, B.A. Antonio, A. Shomura, T. Shimizu, S-Y. Lin, T. Inoue, A. Fukuda, T. Shimano, Y. Kuboki, T. Toyama, Y. Miyamoto, T. Kirihara, K. Hayasaka, A. Miyao, L. Monna, H.S. Zhong, Y. Tamura, Z-X, Wang, T. Momma, Y. Umehara, M. Yano, T. Sasaki and Y. Minobe",
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                {
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                    "journal": "DNA Research (1996) 3(5): 291-296.",
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                    "journal": "DNA Research (1997) 4(2): 127-131.",
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                    "reference_authors": "Hiroshi Tanoue, Takanori Shimokawa, Jianzhong Wu, Norio Sue, Yosuke Umehara, Ikuo Ashikawa, Nori Kurata and Takuji Sasaki",
                    "journal": "DNA Research (1997) 4(2): 133-140.",
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                    "reference_title": "Physical Mapping of Rice Chromosomes 4 and 7 Using YAC Clones",
                    "reference_authors": "Kazuhiro Koike, Katsuhiko Yoshino, Norio Sue, Yosuke Umehara, Ikuo Ashikawa, Nori Kurata and Takuji Sasaki",
                    "journal": "DNA Research (1997) 4(1): 27-33.",
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                    "reference_title": "Construction of YAC Contigs on Rice Chromosome 5",
                    "reference_authors": "Shoko Saji, Yosuke Umehara, Nori Kurata, Ikuo Ashikawa and Takuji Sasaki",
                    "journal": "DNA Research (1996) 3(5): 297-302.",
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                    "reference_title": "An ordered yeast artificial chromosome library covering over half of rice chromosome 6",
                    "reference_authors": "Y Umehara, H Tanoue, N Kurata, I Ashikawa, Y Minobe, and T Sasaki",
                    "journal": "Genome Research (1996) 6(10): 935-942.",
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                    "reference_title": "Physical mapping of rice chromosomes 8 and 9 with YAC clones",
                    "reference_authors": "Baltazar A. Antonio, Makiko Emoto, Jianzhong Wu, Ikuo Ashikawa, Yosuke Umehara, Nori Kurata and Takuji Sasaki",
                    "journal": "DNA Research (1996) 3(6): 393-400.",
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                    "reference_title": "Assignment of YAC Clones Spanning Rice Chromosomes 10 and 12",
                    "reference_authors": "Takanori Shimokawa, Nori Kurata, Jianzhong Wu, Yosuke Umehara, Ikuo Ashikawa and Takuji Sasaki",
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            "description": "高等動植物等タンパク質の立体構造解析実験データベース。タンパク3000プロジェクトにおいてRSGIにより取得された、Ｘ線回折画像データ、結晶化スクリーニング観察画像データと、発現・精製など一連の付随実験情報を含む。ヒトとマウスの48種のタンパク質のデータを公開している。",
            "features": "Ｘ線回折画像や結晶観察画像の巨大なデータセットを多数含み、解析方法の検証などに用いることができる。またタンパク質毎に、発現・精製から結晶化・回折実験までの一連の実験過程を追うことができる。",
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            "description": "イネのミトコンドリアゲノム情報についてのデータベースです。ミトコンドリアゲノムの配列や解析結果の情報を参照できます。",
            "features": "トウモロコシ、小麦などの主要穀物および単子葉植物のミトコンドリアゲノム情報のスタンダードとして、今後の解析に利用できます。",
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            "funding_free_style": "本データベースは、農業生物資源研究所と東京大学大学院のそれぞれの研究結果を活用して構築しております。",
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                {
                    "reference_title": "The complete sequence of the rice (Oryza sativa L.) mitochondrial genome: frequent DNA sequence acquisition and loss during the evolution of flowering plants.",
                    "reference_authors": "Notsu Y, Masood S, Nishikawa T, Kubo N, Akiduki G, Nakazono M, Hirai A, Kadowaki K.",
                    "journal": "Mol Genet Genomics (2002) 268: 434–445",
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                "植物データベース-イネ",
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            "description": "イネのマイクロアレイプロジェクト(1999年4月～2003年3月)に関する総合的な情報が掲載されています。 このマイクロアレイプロジェクトは、近年ゲノム的視点に立った遺伝子発現の網羅的解析技術として着目されているマイクロアレイ技術（詳細は技術的背景のページへ）を用いて、植物が低温、乾燥、有害な土壌、害虫や病気等の環境から種々の影響を受けた際に示す応答に関与する遺伝子やその耐性機構に関与すると思われる遺伝子をいち早く単離すること、また特定の組織や器官でのみ発現している遺伝子を単離することを目標として開始されました。",
            "features": "一般的なマイクロアレイの技術背景からプロジェクトで使用したアレイ解析のプロトコルや我々が作成したマイクロアレイに関する研究データ等の情報を参照できます。",
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                {
                    "funding_name": "遺伝子発現モニタリング手法を用いたイネ・ゲノム有用遺伝子の機能解明（通称：マイクロアレイプロジェクト）（平成１１～１５年度）",
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            "references": [
                {
                    "reference_title": "Chapter 2  Comprehensive Analysis of Rice Gene Expression Using the Microarray System: What We have Learned from the Microarray Project",
                    "reference_authors": "S.Kikuchi J. Yazaki N. Kishimoto M. ishikawa D. Endo",
                    "journal": "Rice Improvement in the Genomics Era, edited by Swapan K. Datta, CRC Press  NY, 2009, pp.15-58, ISBN 978-1-56022-952-0",
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            "alias": "イネプロテオームデータベース",
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                    "creator_name": "小松 節子",
                    "creator_english_name": "Setsuko Komatsu",
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            "description": "イネの各種器官や細胞内小器官を対象に2次元ゲル電気泳動を行い、そのスポットを収集したデータベースです。プロテオーム解析に関する様々な手法のプロトコルも掲載されています。",
            "features": "イネのさまざまな生育時期の各種器官あるいは精製細胞内小器官から抽出したタンパク質を2次元電気泳動し、23種類の2次元電気泳動画像に基づいてそれぞれのタンパク質を精製し、気相プロティンシーケンサーあるいは質量分析計でアミノ酸配列を決定しました。\r\n2次元電気泳動マップ上で分離された14,724種類のタンパク質のうち、6,011種類について分子量・等電点・発現量等の情報、およびアミノ酸配列情報、さらにそれら相同検索結果情報等をカタログ化してイネプロテオームデータベースに収録しました。\r\nこのデータベースは、タンパク質名等のキーワードやアクセッション番号、等電点と分子量、アミノ酸配列を入力することによって、あるいは二次元電気泳動マップ上タンパク質のスポットをクリックすることによって検索することができます。さらに、公開されている各種データベース、イネ解析ツール等とリンクしています。",
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                    "reference_authors": "Komatsu S.",
                    "journal": "Plant Mol Biol. 2005 Sep;59(1):179-90.",
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                    "journal": "Mol Cell Proteomics. 2003 Jan;2(1):2-10.",
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                    "reference_title": "Rice Proteome Database based on two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis: its status in 2003.",
                    "reference_authors": "Komatsu S, Kojima K, Suzuki K, Ozaki K, Higo K.",
                    "journal": "Nucleic Acids Res. 2004 Jan 1;32(Database issue):D388-92.",
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                    "reference_authors": "Tanaka N, Fujita M, Handa H, Murayama S, Uemura M, Kawamura Y, Mitsui T, Mikami S, Tozawa Y, Yoshinaga T, Komatsu S.",
                    "journal": "Mol Genet Genomics. 2004 Jun;271(5):566-76. Epub 2004 Apr 7.",
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                {
                    "reference_title": "Proteome analysis of rice tissues by two-dimensional electrophoresis: an approach to the investigation of gibberellin regulated proteins.",
                    "reference_authors": "Tanaka N, Konishi H, Khan MM, Komatsu S.",
                    "journal": "Mol Genet Genomics. 2004 Jan;270(6):485-96. Epub 2003 Nov 21.",
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                {
                    "reference_title": "Update and challenges on proteomics in rice.",
                    "reference_authors": "Komatsu S, Yano H.",
                    "journal": "Proteomics. 2006 Jul;6(14):4057-68.",
                    "reference_pubmed_id": 16786487,
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            "description": "イネなど7種類の植物のタンパク質の立体構造を決定し、その成果と関連情報をまとめました。Protein Data Bankを情報源としたタンパク質の基本情報、構造決定に用いた実験手法、文献情報、配列、立体構造の画像等を掲載しています。",
            "features": "本研究では、イネ植物機能の総合的な解明と有用遺伝子の効率的な利用方策の開発に向けて、イネゲノムプロジェクトによって得られた遺伝子情報や完全長cDNA等を活用し、学術上または農業・産業上の重要性が想定される遺伝子について、「タンパク質の立体構造と機能\/表現型」の相関と機能発現機構を原子レベルの分解能で解明することを目的としています。このサイトでは、タンパク質の立体構造を、植物ごとに一覧して検索できます。",
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                    "creator_name": "本野 千恵",
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                    "creator_affiliation": "産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター",
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                    "creator_name": "太田 元規",
                    "creator_english_name": "Ota Motonori",
                    "creator_affiliation": "名古屋大学 大学院情報科学研究科",
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                "構造データベース-タンパク質構造",
                "ヒト\/その他の脊椎動物ゲノム-ヒトORF",
                "タンパク質配列データベース-タンパク質属性"
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            "description": "ヒトゲノム由来の全タンパク質配列約24,900個に、配列から立体構造を予測し分子機能を類推する「構造・機能アノテーションシステム」を適用して、42,577個の構造モデルを予測し、結果をデータベースにまとめた。",
            "features": "SAHGのタンパク質立体構造モデルは、高等生物由来のタンパク質に適した高精度の立体構造予測手法で生成された。またタンパク質の立体構造変化をモーフィングにより動画表示し、相互作用部位予測やリガンド結合予測結果と併せて表示することで、構造・運動・機能の実現を分りやすく可視化している。併せて、リガンド結合、複合体構造、膜貫通領域、酵素活性部位、天然変性領域等の予測情報も、視覚的に表示した。",
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            "references": [
                {
                    "reference_title": "SAHG, a comprehensive database of predicted structures of all human proteins",
                    "reference_authors": "Chie Motono, Junichi Nakata, Ryotaro Koike, Kana Shimizu, Matsuyuki Shirota, Takayuki Amemiya, Kentaro Tomii, Nozomi Nagano, Naofumi Sakaya, Kiyotaka Misoo, Miwa Sato, Akinori Kidera, Hidekazu Hiroaki, Tsuyoshi Shirai, Kengo Kinoshita, Tamotsu Noguchi, Motonori Ota",
                    "journal": "Nucleic Acids Research, 2011, Vol. 39,",
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                "http:\/\/bird.cbrc.jp\/sahg"
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            "last_updated_date": "2010-06-25",
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            "referenced_site": "RefSeq, HPRD, EzCatDB, InterPro, UniProtKB\/Swiss-Prot",
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                "nbdc00681"
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            "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00681-000",
            "creators": [
                {
                    "creator_name": "諏訪牧子",
                    "creator_english_name": "Suwa Makiko",
                    "creator_affiliation": "青山学院大学、産業技術総合研究所・生命情報工学研究センター",
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                "タンパク質配列データベース-タンパク質ドメインデータベース、タンパク質分類"
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            "description": "7本膜貫通ヘリックス型タンパク質のGPCR遺伝子を網羅的に収めたデータベースです。56の真核生物のゲノムからバイオインフォマティクス手法（GPCR遺伝子発見パイプライン）で、遺伝子を高精度に同定しています。",
            "features": "遺伝子探索ツール、配列アラインメントツール、モチーフ・ドメイン同定ツール、transmembrane helix(TMH)予測ツールで構成されたGPCR遺伝子発見パイプラインを利用して、２つのステージで同定処理を行いました。\r\n１）遺伝子探索ステージ\r\n　NCBやUCSC、Ensembl、Broad Institute、Baylor College of Medicine、dictyBase、IRGSPのftpサイトから得たデータを利用して、GPCR遺伝子候補数を抽出しました。\r\n２）GPCR遺伝子スクリーニングステージ\r\n　BLASTPによる配列検索、Pfamを用いたドメインの決定、PROSITEによるモチーフの決定、TMwindowsやSOSUIを用いたTMH予測の結果を利用して、前ステージのGPCR候補遺伝子を４レベル（A~D）に分類しました。",
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                    "funding_name": "科学研究費 研究成果公開促進費 研究成果データベース 2007-2008年度(198069, 208059)\r\n「Gタンパク質共役型受容体の網羅的データベース(SEVENS)」",
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            "references": [
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                    "reference_title": "Automatic gene collection system for genome-scale overview of G-protein coupled receptors in eukaryotes.",
                    "reference_authors": "Ono Y, Fujibuchi W, Suwa M.",
                    "journal": "Gene\/2005 Dec 30\/364:63-73.",
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                {
                    "reference_title": "Computational overview of GPCR gene universe to support reverse chemical genomics study.",
                    "reference_authors": "Suwa M, Ono Y.",
                    "journal": "Methods Mol Biol\/2009\/577:41-54.",
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            "description": "SKIP（Stemcell Knowledge & Information Portal）は幹細胞に関する情報を集約したポータルサイトです。 幹細胞を用いた研究や医療の最新情報への入り口を提供するサイトです。社会と協調した幹細胞研究・再生医療研究の活性化を目指し、様々な情報やサービスをご提供しています。",
            "features": "世界中の幹細胞情報を簡単検索 理研BRC、医薬基盤研、Coriell、ATCCなどに登録されている細胞情報や、大学の研究室で作製された細胞情報をOne Stop検索できます。",
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            "description": "Soybean Proteome Databaseは、ゲル使用および不使用のプロテオミクス技術により得られたデータを収録しています。\r\n当データベースの目的は、機能解析のためのプロテオミクス情報を提供することにあります。データの多くはダイズからのものですが、これはダイズが植物油脂とタンパク質を提供する重要な作物でありながら、一方で非生物的ストレスに対して非常に敏感であるためです。\r\n当データベースは元々ポリアクリルアミドゲルを用いた2次元電気泳動によって抽出されたタンパク質のデータ（2D-PAGE、ゲル由来タンパク質データベース）から構成されていました。2015年には、質量分析装置を使って取得したゲル不使用のタンパク質データ（ゲルなしタンパク質データベース）が追加されました。\r\n当データベースは、さらに複数のオミックスデータを統合しています。データベース全体として複数のオミックスの手法で統合されていますので、浸水ストレス下にあるタンパク質を時間の経過によって同定することができます。",
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                    "reference_authors": "Sakata K, Ohyanagi H, Nobori H, Nakamura T, Hashiguchi A, Nanjo Y, Mikami Y, Yunokawa H, Komatsu S",
                    "journal": "J Proteome Res, 8:3539-3548.",
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                    "creator_name": "遠里 由佳子",
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                    "creator_name": "ホー ケネス",
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            "description": "顕微鏡を活用した計測や数理モデリングで得られる時空間情報を数値として有する定量データのデータベースです。さまざまな生物の分子や細胞、個体の動態の定量データを収集・公開しており、格納されているデータはブラウザ上で 多次元表示することができます。",
            "features": "定量データとそのメタ情報はBiological Dynamics Markup Language（BDML）形式のファイルとしてダウンロードできます。RESTful APIを介してSSBDの定量データを解析するクライアントアプリケーションを、プログラミング言語やプラットフォームに制限されることなく 開発できます。さらには、定量データを可視化・解析するためのソフトウェアや、定量データの元となる動画像もダウンロードできます。",
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            "funding_free_style": "ライフサイエンスデータベース統合推進事業 統合化推進プログラム\r\n(H24-26年度)「生命動態システム科学のデータベースの統合化」",
            "references": [
                {
                    "reference_title": "Biological Dynamics Markup Language (BDML): an open format for representing quantitative biological dynamics data",
                    "reference_authors": "Koji Kyoda, Yukako Tohsato, Kenneth H. L. Ho, Shuichi Onami",
                    "journal": "Bioinformatics\/2015年4月\/Volume 31, Issue 7",
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                "ヒト\/その他の脊椎動物ゲノム-モデル生物、比較ゲノミクス",
                "変異体・発現"
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            "description": "マウスES細胞中の遺伝子（あるいはその候補）をレトロウイルス型ベクターによってランダムにトラップ（破壊＋マーキング）して得たES細胞クローンの データベース。 どのような遺伝子（あるいはその候補）がトラップされており、ベクターの挿入によってどの程度の欠失が作り出されているか、検索できるようになっている。 また、ジーントラップによって回収された遺伝子断片の実際の塩基配列を見ることもできる。",
            "features": "外部の研究者が「NAISTrap データベース」中に興味深い遺伝子を見出し、その遺伝子がトラップされたES細胞クローンをリクエストすることができる。",
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                {
                    "reference_title": "Expression profiling with arrays of randomly disrupted genes in mouse embryonic stem cells leads to in vivo functional analysis.",
                    "reference_authors": "Matsuda E, Shigeoka T, Iida R, Yamanaka S, Kawaichi M, Ishida Y.",
                    "journal": "Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Mar 23;101(12):4170-4.",
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            "description": "イネの発芽から開花までの生育画像を数分から数時間間隔で継続的に取得できるシステムによる、表現型の網羅的解析結果のデータベース",
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                {
                    "reference_title": "Kinetic measuring method of rice growth in tillering stage using automatic digital imaging system.",
                    "reference_authors": "Ishizuka, T., Tanabata, T., Takano, M., Shinomura, T.",
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                    "creator_name": "グロミハ マイケル",
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                {
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            ],
            "organism_free_style": "",
            "description": "TMBETA-GENOMEはゲノム配列の解読が完了している生物種のゲノム中に含まれるβ−バレル型膜タンパク質のデータベースです。各ゲノム配列に対して、機械学習と統計的手法を用いた計算が実行され、それらのアノテーション結果がデータベースに格納されています。",
            "features": "ゲノムの各配列についてβ-バレル型膜タンパク質と判定された配列をFASTAフォーマットで取得することができ、さらなる解析に用いることができます。また\"TMBETA-DISC\"や\"TMBETA-SVM\"などの予測ツールを提供しており（アーカイブ版には含まれません）、アミノ酸配列を入力してβ-バレル型膜タンパク質の判別解析を行うことができます。",
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            "references": [
                {
                    "reference_title": "TMBETA-GENOME: database for annotated beta-barrel membrane proteins in genomic sequences.",
                    "reference_authors": "Gromiha MM, Yabuki Y, Kundu S, Suharnan S, Suwa M.",
                    "journal": "Nucleic Acids Res. 2007 Jan;35(Database issue):D314-6. Epub 2006 Nov 6.",
                    "reference_pubmed_id": 17088282,
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                }
            ],
            "maintenance_site": "産業技術総合研究所 ゲノム情報研究センター\r\n※2015年2月をもって、TMBETA-GENOMEオリジナルサイトの公開を終了",
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            "description": "TMFunctionは、α-ヘリックス及びβ-バレル型膜タンパク質に含まれる機能的残基のデータベースです。各タンパク質の名称と由来はUniProtで同定していますが、PDBとも関連づけられるものは、そのIDを示しています。このデータベースには様々な実験手法やパラメータ（例えば、\"affinity\", \"dissociation constant\", \"IC50\", \"activity\"など）が含まれています。また、タンパク質中の各残基（またはその変異）には、計算または実験によって得られた数値が付与されています。このデータベースで用いた実験データは、ジャーナルの調査及びPubMedのキーワード検索によって得られた文献から収集したものです。さらに完全な参照情報（ジャーナルの引用とPubMed ID）も、このデータベースには含まれています。",
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            "description": "収集した膜貫通トポロジーに関する文献 (1074論文) から、X線結晶構造回折、NMR、遺伝子融合などの実験によって決定された、信頼度の高い302の膜貫通トポロジーモデルを抽出し、それらをSWISS- PROTなどのデータベースと結びつけることによって、膜貫通トポロジーデータベース (TMPDB) として構築した。",
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            "description": "生命科学分野のイラストをだれでも自由に閲覧・利用できるように無料で公開しています。 研究発表のスライド作成や資料作成等にお使いください。",
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            "features": "・はじめての方でも簡単に\r\nDBやウェブツールに慣れていなくても、動画で操作方法を解説しています。\r\n・無償で使えます\r\n紹介しているほとんどのDB・ウェブツールは無償で使える有用なものです。\r\n・コツや裏技も\r\n基本的な使い方だけでなく、書籍やウェブサイトでは見落とされがちな、ちょっとしたコツや裏技も紹介します。\r\n・どんな環境でも再生\r\nYouTubeが見れるなら統合TVも視聴できます。\r\n・初学者から本格的な研究者まで\r\n学部生や修士課程の大学院生には、レベルに応じた解説を。 これからDBやウェブツールやツールを使い倒して実験や研究を効率的に進めたいという人には、本格的なバイオインフォマティクス解析の入門編・発展編も。\r\n・合わせ技も可能\r\n各番組をユーザーが必要に応じて自由に検索して組み合わせて、「合わせ技」として自在に応用可能です。 活用事例はこちらをご覧ください。\r\n・コンテンツにDOIを付与\r\n統合TVに掲載されているコンテンツについてご引用いただく際に、恒久的な URL として DOI (Digital Object Identifier) を使用することができます。\r\n・AJACS講習会の資料・テキストとの連携\r\n過去の講習会の資料・テキストと動画が「AJACS講習会資料」 で閲覧できるようになり、受講生の復習のみならず、初学者の学習教材としてご活用いただけます。\r\n・改善を続けています\r\n利用者の求めるものは日々変化するため、データベースの開発・構築が完結することはありません。 統合TVも、利用者の要望に柔軟に対応しながら、有用なデータベースのひとつとなるように改良し続けています。例えば、動画をすべて再生しなくともおおよその内容がわかるダイジェストの導入やご引用いただく際に便利なDOIの付与、AJACS講習会テキストとの連携など、日々進化しています。",
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            "description": "TP Atlasは、ターゲットタンパク研究の各課題につき、Cell Illustratorを使って表現したネットワーク図をプラットフォームとして、 そこに登場するターゲットタンパク質やその構造などの詳細情報や論文情報を引き出せる「ターゲットタンパク研究成果データベース」です。シグナル伝達ネッ トワーク、酵素反応経路、化合物代謝など多様な生命現象を対象とする、基本的生命、医薬、食品環境3分野の35課題を網羅しています。（Cell Illustratorは東大医科研 宮野悟教授らのグループが開発したパスウェイ描画ソフトウェアです。）",
            "features": "タンパク質間の相互関係、シグナル伝達経路などが研究テーマごとに模式的に示されており、ネットワーク図はダウンロードすることもできます。各タンパク質について、タンパク質の詳細情報（配列、構造）、遺伝子情報、文献情報へとリンクされています。ターゲットタンパク研究の各課題について、その背景、ハイライト、概要が簡潔にまとめられています。",
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            "description": "エキスパートが精査を加えた、世界的に最も精度が高いtRNA遺伝子データベースで、 シニア世代研究者の専門知識の活用と次世代への知識継承の一つのモデルケースとして、 長浜バイオ大学で行っている取り組みの産物です。 具体的には、既存の複数のtRNA遺伝子検索プログラムを用いて、 塩基配列の解読された原核生物・真核生物・ウイルスのゲノムや環境由来DNA配列からtRNA遺伝子の網羅的検索を行い、 プログラム間で相違のあるケースについては、エキスパートがマニュアルにより精査しています。",
            "features": "- バクテリアと古細菌の1625 の完全長ゲノムや2993 のドラフトゲノム、151 のウイルスの完全長ゲノム、121 の葉緑体の完全長ゲノム、12 の真核生物(植物と菌類)の完全長ゲノム、約2 億3000 万の環境由来DNA 配列を 対象に、tRNA 遺伝子の網羅的な探索を行って構築。\r\n- tRNA 遺伝子の探査は、3 種の予測プログラム（tRNAScan-SE, Aragorn, tRNAfinder）を併用し、 予測結果が一致しない場合には、エキスパートによる精査を行っている。\r\n- 生物種ごとにコドン使用頻度とtRNA 遺伝子数との関係を閲覧することができ、メジャー isoaccepting tRNA が解読するコドン(適合コドン)やマイナーtRNA が解読するコドン(不適合コドン) が調べられる。",
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                    "reference_authors": "Abe T, Ikemura T, Ohara Y, Uehara H, Kinouchi M, Kanaya S, Yamada Y, Muto A, Inokuchi H.",
                    "journal": "Nucleic Acids Res. 2009 Jan;37(Database issue):D163-8.",
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            "description": "このトリパノソーマデータベースは、トリパノソーマ症に対する薬剤開発において、効果的なターゲットとなり得るピリミジン生合成や酸化還元反応を触媒する酵素について、包括的な情報を提供するデータベースです。\r\nトリパノソーマはさまざまなホストに感染する、トリパノソーマ属の寄生性原生動物です。さまざまな病気（アフリカ睡眠病、南アメリカシャーガス病といったトリパノソーマ症）を引き起こし、毎年10万人以上の人々がトリパノソーマ症に苦しんでいます。それは家畜にも感染し、年間10万頭以上の畜牛が死んでいます。 現在までに、トリパノソーマ症をコントロールできる薬剤開発に効果的なターゲットが見出されてきました。そのようなターゲットの１つがトリパノソーマのDNA\/RNA生合成系を調節する酵素群であり、もう1つのターゲットがトリパノソーマの酸化還元系を調節する酵素群です。実際にトリパノソーマの場合、これらの酵素は両方の反応系に関わっており、トリパノソーマの生死に大きく影響します。",
            "features": "このトリパノソーマデータベースでは、キーワード検索の他、生物種、酵素のカテゴリ、PDB情報の有無、OMIM IDの有無でタンパク質を絞り込んで一覧を見ることができます。また、オリジナルサイトではトリパノソーマについての論文リストを見ることもできます。",
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            "description": "ライフサイエンス分野のデータベースの情報を収集、整理、分類したデータベース。2001年に医学生物学データベース案内（WING)として公開され2007年にはユーザーによる新規記事の投稿や既存記事の編集機能をサイトに搭載した。",
            "features": "生物種やカテゴリ分類をもとに目的のデータベースを探すことができる。",
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            "description": "表現型および遺伝子名から検索可能な線虫の胚発生致死温度感受性変異株のデータベース。 変異株毎に、遺伝子名等の一般的な情報、及び変異情報、表現型の情報等を格納している。エントリー数150。",
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                    "reference_title": "Toward a protein-protein interaction map of the budding yeast: A comprehensive system to examine two-hybrid interactions in all possible combinations between the yeast proteins.",
                    "reference_authors": "Ito T, Tashiro K, Muta S, Ozawa R, Chiba T, Nishizawa M, Yamamoto K, Kuhara S, Sakaki Y.",
                    "journal": "Proc Natl Acad Sci U S A. 2000 Feb 1;97(3):1143-7.",
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                {
                    "reference_title": "A comprehensive two-hybrid analysis to explore the yeast protein interactome.",
                    "reference_authors": "Ito T, Chiba T, Ozawa R, Yoshida M, Hattori M, Sakaki Y.",
                    "journal": "Proc Natl Acad Sci U S A. 2001 Apr 10;98(8):4569-74. Epub 2001 Mar 13.",
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            "description": "海洋性の糸状菌17種について、顕微鏡写真、学名、形態の説明をまとめています。",
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            "maintenance_site": "国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構 北海道農業研究センター\r\n※オリジナルサイトでの公開を終了",
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                    "creator_affiliation": "国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構(農研機構) 生物機能利用研究部門\/農業情報研究センター",
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                {
                    "creator_name": "坪田 拓也",
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                    "creator_affiliation": "国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構(農研機構) 生物機能利用研究部門",
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            "description": "本データ集はカイコの新規参照ゲノム配列(Kawamoto et al., 2019, Insect biochemistry and molecular biology )とカイコP50T系統における複数の器官由来のRNAseqデータから確立した参照トランスクリプトームデータとその関連データである。\r\n「参照トランスクリプトームメタデータ」は新規参照ゲノム配列上での各転写産物の位置情報を示している。\r\n「組織別発現データ」では先述のカイコから取り出した各器官毎の各転写産物のtpm値を示している。\r\n「トランスクリプトームアノテーション情報」は各転写産物をヒトとショウジョウバエのタンパク質のデータセットに対してBLAST検索し、アノテーションを付与したデータを含んでいる。\r\n参照トランスクリプトームデータの予測アミノ酸」は参照トランスクリプトームデータから予測されたアミノ酸配列のマルチfasta fileである。",
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            "description": "分子生物学分野のデータ解析に欠かせないツール提供サイトへのリンク集。論文やWebから解析ツールに関する情報を調査収集し、各ツールを用途によって階層的に分類している。また各ツールの簡易な説明も提供している。",
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            "description": "国際海洋環境情報センター (GODAC) では、2002年から2013年までに市民ダイバーにより提供された琉球列島のサンゴ礁海域周辺に生息する生物の画像や、GODACの遠隔操作型小型無人潜水機「ニライカナイ150」が撮影した動画をとりまとめ、サンゴ礁ネットワークWEBシステム（http:\/\/www.godac.jp\/coral\/）で公開していた。これらの画像集は琉球列島周辺の生物相を捉えたスナップショットであり、振り返って状態を知るための最適な素材となり得る。サンゴ礁ネットワークWEBシステムに提供された画像については画像のメタ情報に基づき、学名や出現位置（緯度経度）を抽出し、生物出現記録として整備し、海洋生物多様性情報のデータベースであるBISMaL (http:\/\/www.godac.jamstec.go.jp\/bismal\/j\/)において公開している。",
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            "description": "シロイヌナズナの表現型は、遺伝的・環境的・実験的要因に対する主要な実験植物の全ての応答性を内包しています。今日、膨大な文献情報が蓄積され、これらは基礎研究分野、応用研究分野のいずれにおいても植物オミックス研究の発展に不可欠なリソースになっています。研究実験の発展のためには、変異株のようなバイオリソース情報と表現型を結び付けることも重要です。しかしながら、文献情報における表記のゆらぎがその効果的な活用を妨げています。 私たちは、新たなシロイヌナズナフェノームデータベースを開発しました。このデータベースは、下記の2つのデータベースから構成されています。\r\n・理研シロイヌナズナ変異株フェノーム\r\n利用者が関心のある表現型を使って、理研で作成された変異株を検索できます。研究実験に有用な試料を探すことができます。\r\n・文献由来植物フェノーム\r\n公刊された文献から人手でキュレーションしたシロイヌナズナの表現型をまとめており、表現型からゲノム、ゲノムから表現型を連関させる研究の実現を容易にします。",
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            "description": "日本人を著者とする生命科学分野の論文について、論文の著者自身の執筆による日本語のレビューを公開するサービスです。",
            "features": "・Nature、Science、Cellなどに代表されるトップジャーナルに掲載された生命科学分野の原著論文のうち、筆頭著者が日本人である論文をいち早くとりあげます。論文の出版から1か月以内の公開を目標とし、遅くとも2か月以内には公開します。2010年9月のサービス開始からこれまでに約1,000本のレビューを公開しています。\r\n・広く生命科学全般にかかわる教員・研究者および大学院生・学生を対象とし、専門の異なる読者にも論文の先進性およびおもしろさがわかるよう、結果・結論ばかりでなく、前提となる研究の経緯・バックグラウンド、将来の展望などもあわせて示すようにしています。\r\n・原稿そのままではなく、生命科学を専門とする編集者がきちんとした編集作業を行っています。\r\n・サイエンスコミュニティの共有物として、クレジットの明記を条件に、転載・改変・再利用（営利目的での二次利用も含め）を自由に行えます。高解像度の図をJPEGファイルとしてダウンロードでき、講義や講演、論文などの著作物に自由に利用することができます。",
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            "description": "生命科学分野における最新の研究成果について、第一線の研究者の執筆による日本語のレビューを公開するサービスです。",
            "features": "・日本分子生物学会、日本蛋白質科学会、日本細胞生物学会、日本植物生理学会 との協力のもと、ある学問分野・領域を広く総合的にとりあげる比較的長いレビューを公開・出版するものです。執筆者・執筆テーマの選定は、それぞれの学会から推薦された編集委員により構成される編集委員会において行います。原稿は、編集委員会の指名した1名以上の査読者により査読をうけ、必要に応じ加筆あるいは改稿のうえ原稿受理とします。2012年9月のサービス開始からこれまでに約60本のレビューを公開しています。\r\n・広く生命科学全般にかかわる教員・研究者および大学院生・学生を対象とし、専門の異なる読者にも論文の先進性およびおもしろさがわかるよう、結果・結論ばかりでなく、前提となる研究の経緯・バックグラウンド、将来の展望などもあわせて示すようにしています。\r\n・原稿そのままではなく、生命科学を専門とする編集者がきちんとした編集作業を行っています。\r\n・サイエンスコミュニティの共有物として、クレジットの明記を条件に、転載・改変・再利用（営利目的での二次利用も含め）を自由に行えます。高解像度の図をJPEGファイルとしてダウンロードでき、講義や講演、論文などの著作物に自由に利用することができます。",
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            "description": "医学・薬学関係の学会や研究会、医師会の年会・大会・集会の予稿集に掲載された記事の書誌情報とスキャン画像のデータベースです。オリジナルは科学技術振興機構(JST)のJDreamIIにおいて公開されていた「医学・薬学予稿集全文データベース」で、JSTでのサービス終了に伴って、公開に許諾をいただいた学会のデータをライフサイエンス統合データベースセンターが継承し、2011年より医学・薬学予稿集全文データベース検索サービス(http:\/\/togodb.dbcls.jp\/yokou)として公開していたものです。",
            "features": "ほとんどの予稿集は紙の冊子として学会の会員向けに限定数発行されるもので、閲覧できる図書館は非常に限られています。本データベースにより会員以外の方がインターネット閲覧することが可能になりました。タイトルや発表者名による検索の他、本文に関連するキーワードによる検索も可能です。",
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            "description": "バイオ医薬品として知られる抗体医薬品に着眼し、承認薬や臨床試験における第I相試験（フェーズ I）から第III相試験（フェーズ III）の3段階の治験段階の情報を表示し、データベースとしてまとめた。",
            "features": "現在開発中の抗体医薬品を含め、主な適応疾患ターゲットタンパク質や適応疾患と関連するパスウェイ情報をまとめている。また抗体医薬品とDrugBankやPDBデータとのＩＤ連携を可能としている。",
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            "features": "InChIやInChIKeyは、国際純正・応用化学連合(IUPAC)などがその標準化と普及を目指している誰でもフリーで使用できる化合物の記述方法。InChIやInChIKeyをキーとすることで、化合物データベースの化合物ID間のマッピングが容易になります。",
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            "description": "日本国内の主要プロジェクトに関してライフサイエンス統合データベースセンターが情報を収集しまとめたもの。現在はバイオサイエンスデータベースセンターが運用・更新を行っている。",
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            "description": "JSTシソーラス(2015年版)の見出し語と同義語 (および、語中の全角英数記号を半角化したもの)を、形態素解析エンジンMeCab（http:\/\/taku910.github.io\/mecab\/）のユーザー辞書として使える形にしました。辞書項目はIPA辞書に基づいており、エンコードはUTF-8です。\r\nなお、辞書中には語の間の関係に関する情報は入っていませんので、この辞書をシソーラスとして利用することはできません。",
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            "description": "9種類の生物(ヒト、マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、ショウジョウバエ、線虫、出芽酵母、分裂酵母、枯草菌)を対象に遺伝子名、 遺伝子ファミリ名を集め並列関係【同義】および上下関係【ファミリ名】で関係付けました。 頭文字表記や代表的な遺伝子・ゲノムデータベースID情報も名称と扱います。",
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