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全 696 件 (356件から360件)

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データ名 ⇅	データベース名 ⇅	DOI ⇅	説明 ⇅	データ取得方法 ⇅	解析方法 ⇅	データ詳細
ORF information	KOME	10.18908/lsdba.nbdc00120-016	最長ORFの情報		完全長cDNAからORF(Open Reading Frame)を予測した時の、ORF開始位置と終端位置、及び完全長クローンに対するORFの占有率を示す。完全長クローンの中から開始コドンと終止コドンを探し出し、開始コドンと終止コドンの領域が最も長くなるようにとったものをLongest ORFとする。	データ詳細 open_in_full
PIR search result	KOME	10.18908/lsdba.nbdc00120-018	PIRプロテインデータベースでblastx検索した結果	データベースはPIR Release 80.00 (December 31, 2004)を使用。	PIRプロテインデータベースに対して、Blastxを行った。閾値は1e-10とし、最も相同性が高かったものを表示している。	データ詳細 open_in_full
PLACE search result	KOME	10.18908/lsdba.nbdc00120-015	PLACE：シス作用調節DNAエレメントのデータベースに対してシグナル検索した結果	ジャポニカ種イネゲノムデータにマッピングを行った結果を使用。シス作用調節DNAエレメントのデータベースはPLACE 22.0を使用。	完全長cDNAクローンの予想上流領域に対するシスエレメント解析。ジャポニカ種イネゲノムデータにマッピングを行った結果を元に、マッピングされた部位の上流1000bを予想上流領域とし、その配列に対してシスエレメント解析を行った。	データ詳細 open_in_full
Product annotations	KOME	10.18908/lsdba.nbdc00120-010	Genbank blastn/x の検索結果の中からタンパク質産物や機能関連で最も相同性が高いヒットを抽出した結果	GenBankの塩基配列に対するblastn検索結果、及び、GenBankのアミノ酸配列に対するblastx検索結果を使用。	Genbankのblastn/x検索結果の中からタンパク質産物や機能関連で最も相同性が高いヒットを抽出した。産物関連ヒットの基準は、Definitionにゲノムキーワードを含まず、"mRNA"、"Protein"、"Gene"のいずれかの産物キーワードを含むこととする。	データ詳細 open_in_full
pSort search result	KOME	10.18908/lsdba.nbdc00120-027	PSORTを用いた細胞内局在予測結果	pSort version 5.8を使用。	pSortを用いた細胞内局在予測を行った。	データ詳細 open_in_full
データ名	データベース名	DOI	説明	データ取得方法	解析方法	データ詳細