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このデータベースについて

遺伝子名称シソーラス

データ説明
データ名
遺伝子名称シソーラス
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00966-001
データ内容の説明
さまざまなデータベースや論文で利用されている表記を専門的キュレータが編集して、 遺伝子が持つ多様な表記のあいだの関係を明かにした遺伝子名シソーラス
データファイル
データファイル名 :
dictionary.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
4.6MB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/lsdb_gene_thesaurus
データ取得方法

Entrez Gene, Swiss-Prot, HGNCの各データベースより遺伝子の別名について記載している部分を抽出

解析方法

1.さまざまな遺伝子・ゲノムデータベースのエリアス(同義語)情報から遺伝子名を網羅的に収集する。
2. 生物学の知識を持つキュレータにより名称が指す遺伝子の同一関係を確認しグループ化、対応関係に混乱を生じる不適切名称(多義語 異なる遺伝子のアクロニムなど)を削除。
3. 文献データベースMEDLINE抄録から遺伝子を指す用語を拾い未登録の名称を収集する。
4. 辞書の遺伝子名検出性能を評価する。
5. 検出できなかった用語を辞書に付加し、別の文献セットで4-5を繰り返す。

データ件数

遺伝子ファミリ 遺伝子数: 12,110 名称数: 27,923 ヒト 遺伝子数: 27,959 名称数: 145,623 マウス 遺伝子数: 48,545 名称数: 173,375 ラット 遺伝子数: 17,319 名称数: 61,801 ゼブラフィッシュ 遺伝子数: 24,230 名称数: 60,270 ショウジョウバエ 遺伝子数: 30,708 名称数: 96,934 線虫 遺伝子数: 25,304 名称数: 96,220 出芽酵母 遺伝子数: 7,359 名称数: 29,533 分裂酵母 遺伝子数: 7,943 名称数: 15,431 枯草菌 遺伝子数: 4,206 名称数: 14,816)

データ詳細
項目名 項目の説明
SWISS-PROT_ID

SWISS-PROTのID

EntrezGene_ID

EntrezGeneのID

Other_ID

上記以外のDBのID

Gene_Name

遺伝子名