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データのメタデータ一覧
全 696 件 (556件から560件)
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データ名 データベース名 DOI 説明 データファイル 簡易検索URL データ取得方法 解析方法 データ件数 データ詳細
結晶観察画像 RIKEN SSBC 10.18908/lsdba.nbdc01138-003

結晶化スクリーニング実験データ。
「結晶観察」とあわせて参照されたい。
個々のウェルの経時変化を撮影したJPEG画像が結晶化プレートごとにフォルダにまとめられている。フォルダはプレートIDで命名されているが、フォルダの内部構造やファイルの命名法は観察装置によって以下のように異なる。
・Crystal Farmではウェルごとにサブフォルダにまとめられており、個々の画像ファイルはプレートID、ウェルID、観察日時により命名されている。
・TERA、TERA3では観察日ごとにサブフォルダにまとめられており、個々の画像ファイルはプレートIDとウェル番号で命名されている。
・CrystalEYEでも観察日ごとにサブフォルダにまとめられているが、個々の画像ファイルはプレートID、観察日時、ウェルIDで命名されている。
imageフォルダには、回折実験に選ばれたウェルの画像のコピーを置いてある。

crystal -

自動結晶化・観察装置(TERA3、TERA、Crystal Farm)または結晶観察装置(CrystalEye)

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353ディレクトリ 、画像ファイル 約50万件
データ詳細 open_in_full
試料調製 RIKEN SSBC 10.18908/lsdba.nbdc01138-005

ドメインの発現に用いるプラスミドの情報(タグ切断後の配列情報を含む)、発現条件、生成条件と収量。

riken_ssbc_sample.zip
(8KB)
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/riken_ssbc_plasmid

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62件
データ詳細 open_in_full
Entire Sequence RMG 10.18908/lsdba.nbdc00193-002

イネミトコンドリアゲノムの全配列のデータです。全長490520bpです。この配列は、アクセッション番号AB076665, AB076666として国際塩基配列データベースに登録され、後に1つのアクセッション番号BA000029にまとめられています。RAP-DBの旧ゲノムブラウザにも収録されています。

rmg_seq.zip
(142 KB)
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Kadowaki et al. (1996) に示す方法でミトコンドリアDNAを調製し、SauAIもしくはTspEIで断片化したショットガンライブラリのプラスミドクローンを、dideoxy法で配列決定しています。

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データ詳細 open_in_full
Genes (including RNA editing information) RMG 10.18908/lsdba.nbdc00193-003

イネミトコンドリアゲノムの遺伝子情報の一覧データです。
ORF (Open Reading Frame)や、転写、RNA編集についての情報も記載しています。

rmg_gene.zip
(3 KB)
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/rmg_gene

本データベース中の「Entire Sequence」データ

インターネットに公開されたDNAデータベースとのBLASTN, BLASTXアルゴリズムによる相同性検索、および、tRNAscan-SEプログラムを使った遺伝子予測を実施。
反復配列の解析にはREPuterを使用。

81 件
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Genomic Dynamism RMG 10.18908/lsdba.nbdc00193-007

イネを形作る3つのゲノム(ミトコンドリア、色素体、核)に共通する配列の一覧です。
色素体配列に対する、ミトコンドリア配列および核配列の相同性と変異をまとめたものです。
この結果から、色素体配列の断片がミトコンドリアと核に移動している可能性があることが分かります。

rmg_genomic_dynamism.zip
(1 KB)
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/rmg_genomic_dynamism

6 件
データ詳細 open_in_full
データ名 データベース名 DOI 説明 データファイル 簡易検索URL データ取得方法 解析方法 データ件数 データ詳細