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このデータベースについて

Protein (ラン藻)

データ説明
データ名
Protein (ラン藻)
DOI
10.18908/lsdba.nbdc01194-02-004.V002
バージョン
V2 10.18908/lsdba.nbdc01194-02-004.V002 更新履歴
V1 10.18908/lsdba.nbdc01194-02-004.V001 -
データ内容の説明
NCBI Reference Sequenceデータベースから取得したラン藻のアミノ酸配列をNCBI GI番号およびReference Sequence IDと注釈情報を付記して整理したデータ。各系統群でアミノ酸配列が所属するオルソログデータベースのクラスターIDを併記。
データファイル
データファイル名 :
pgdbj_ortholog_db_cyanobacteria_protein.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
106 MB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/pgdbj_ortholog_db_cyanobacteria_protein
データ取得方法

NCBI Reference Sequenceデータベースから取得したアミノ酸配列。

解析方法

NCBI Reference Sequenceデータベースで500以上のアミノ酸配列を含む生物種を対象。

データ件数

797,587 件

データ詳細
項目名 項目の説明
GI number

アミノ酸配列のNCBI GI番号

RefSeq ID

NCBI Reference Sequence ID

Chr

染色体番号またはゲノムID

Start Position

開始位置

Stop Position

終了位置

Cluster (Phylum)

クラスターID (分類群:Phylum)

Cluster (No rank 1)

クラスターID (分類群:No rank 1)

Cluster (Class)

クラスターID (分類群:Class)

Cluster (Subclass)

クラスターID (分類群:Subclass)

Cluster (Order)

クラスターID (分類群:Order)

Cluster (No rank 2)

クラスターID (分類群:No rank 2)

Cluster (Family)

クラスターID (分類群:Family)

Cluster (Genus)

クラスターID (分類群:Genus)

Cluster (Species)

クラスターID (分類群:Species)

Cluster (No rank 3)

クラスターID (分類群:No rank 3)

Cluster (Subspecies)

クラスターID (分類群:Subspecies)

Cluster (No rank 4)

クラスターID (分類群:No rank 4)

Annotation

アミノ酸配列の注釈情報

Organism

生物種名

AA sequence

アミノ酸配列