PGDBj - オルソログデータベース
このデータベースについて
データベースの説明
| データベース全般 | |||||||
名称
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PGDBj - オルソログデータベース
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名称の読み方
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ピージーディービージェイ - オルソログデータベース | ||||||
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別名
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Plant Genome Database Japan - Ortholog Database | ||||||
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DOI
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10.18908/lsdba.nbdc01194-02-000.V002 |
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バージョン
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作成者
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作成氏名
中谷明弘*  
作成者英名
Akihiro Nakaya
作成者所属
大阪大学
作成者の文献検索
作成氏名
市原寿子
作成者英名
Hisako Ichihara
作成者所属
かずさDNA研究所
作成者の文献検索
作成氏名
浅水恵理香
作成者英名
Erika Asamizu
作成者所属
龍谷大学
作成者の文献検索
作成氏名
平川英樹
作成者英名
Hideki Hirakawa
作成者所属
かずさDNA研究所
作成氏名
中村保一
作成者英名
Yasukazu Nakamura
作成者所属
かずさDNA研究所
作成者の文献検索
作成氏名
田畑哲之
作成者英名
Satoshi Tabata
作成者所属
かずさDNA研究所
作成者の文献検索
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連絡先
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〒565-0871 大阪府吹田市山田丘2-2 大阪大学 大学院医学系研究科 ゲノム情報学共同研究講座 中谷明弘 E-mail:  / 
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データベース分類
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タンパク質配列データベース-タンパク質ドメインデータベース、タンパク質分類 |
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生物種
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データベースの説明
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「オルソログ」とは、共通の祖先遺伝子から種分岐に伴って派生した遺伝子間の対応関係、もしくは、そのような対応関係にある遺伝子群を指し、生物種間のシンテニーに基づいたゲノム進化や遺伝子機能を推定する上で重要な手掛かりとなります。PGDBjオルソログDBは、異なる生物種間におけるアミノ酸配列の類似性に基づいた遺伝子のオルソログ情報を蓄積したデータベースです。現在、緑色植物40種とラン藻213種のオルソログ情報が含まれています。 |
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データベースの特長・有用性・活用方法
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PGDBjオルソログDBは、生物種間の進化系統を反映させた階層的なデータベースであり、生物種間の「ハブ」として国内外の様々な植物ゲノムデータベースが連結されています。これにより、利用者が本DBに対して入力したキーワードやアミノ酸配列に基づいて、生物種や系統群を超えたデータの検索が可能であり、モデル植物から作物を含む多様な生物種における遺伝子の機能や特性に関する情報を一度に取得することができます。 |
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データベースの利用許諾
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CC 表示-継承 詳細 | ||||||
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予算的背景・プロジェクト
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名称
JST バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）<a href="https://biosciencedbc.jp/tec-dev-prog/rdprog-over/rdprog-over-integ#005" target="_blank"> ライフサイエンスデータベース統合推進事業 統合化推進プログラム「ゲノム情報に基づく植物データベースの統合」 H23-H25年度</a> 
名称
JST バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）<a href="https://biosciencedbc.jp/tec-dev-prog/research-issue-in-progress/rdprog-over-integ-h27#005" target="_blank">「ライフサイエンスデータベース統合推進事業 統合化推進プログラム「植物ゲノム情報活用のための統合研究基盤の構築」H26-H28年度」</a> |
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論文等
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文献名
Plant Genome DataBase Japan (PGDBj): A Portal Website for the Integration of Plant Genome-Related Databases
著者名
Erika Asamizu, Hisako Ichihara, Akihiro Nakaya, Yasukazu Nakamura, Hideki Hirakawa, Takahiro Ishii, Takuro Tamura, Kaoru Fukami-Kobayashi, Yukari Nakajima and Satoshi Tabata
雑誌名/掲載年月/号
Plant Cell Physiol (2014) 55 (1): e8.
外部リンク
文献名
Plant Genome DataBase Japan (PGDBj).
著者名
Akihiro Nakaya, Hisako Ichihara, Erika Asamizu, Shirasawa Sachiko, Yasukazu Nakamura, Satoshi Tabata and Hideki Hirakawa
雑誌名/掲載年月/号
Methods Mol Biol (2017) 1533: 45-77.
外部リンク
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| データベースのオリジナルサイト情報 | |||||||
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データベース運用場所
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かずさDNA研究所 |
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オリジナルサイト
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http://pgdbj.jp/pages/index.html?dir=&page=od&ln=ja | ||||||
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運用開始年月日
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2012年8月 | ||||||
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最終更新年月日
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2016年12月 | ||||||
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統括サイト
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http://pgdbj.jp/ | ||||||
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データの一括ダウンロードサイト
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http://pgdbj.jp/od2/download_33090.html | ||||||
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参照先データベース
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一覧表示
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有り | ||||||
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クエリ検索
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有り | ||||||
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Webサービス
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無し | ||||||
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WebサービスURL
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ユーザ登録
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無し | ||||||