このデータベースについて

AcEST

データ説明

データ名

AcEST

DOI

10.18908/lsdba.nbdc00839-001

データ内容の説明

ホウライシダEST（Adiantum capillus-veneris）配列とそのアノテーション（Clone ID、ライブラリ名、Blastx検索結果等）。CSV 形式テキストファイル。

データファイル

データファイル名 :

acest_est.zip

データのURL :

https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/acest/LATEST/acest_est.zip

ファイルサイズ :

110MB

簡易検索URL

http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/archive_acest

データ取得方法

キャピラリーシーケンサー

解析方法

機能アノテーション（UniProtKB/Swiss-Prot 、及びUniProtKB/TrEMBLデータベースとの間のblastx検索結果）

データ件数

30,540件

データ詳細

項目名	項目の説明
Clone id	ホウライシダEST（Adiantum capillus-veneris）配列のクローンID
Library	ライブラリ名
Length	塩基数
Definition	定義
Accession	DDBJ アクセッション番号
Tissue type	配列の得られた組織の名称
Developmental stage	発生段階
Sequence(60)	塩基配列(60文字で改行したもの）
sequence	塩基配列（改行なし）
■■Homology search results ■■	-
Swiss-Prot (release 56.9)	Swiss-Prot (release 56.9)とのblastx検索の結果
UniProt ID of top hit in Swiss-Prot	Swiss-Prot (release 56.9)とのblastx検索で、最高スコアでヒットした配列のUniProt ID
Definition	Swiss-Prot (release 56.9)とのblastx検索で、最高スコアでヒットした配列のAccessionとDefinition。TogoDBでは、Uniprotへのリンク。
Align length	Swiss-Prot (release 56.9)とのblastx検索で、最高スコアでヒットした配列との間のアラインメント長
Score (bit)	Swiss-Prot (release 56.9)とのblastx検索で、最高スコアでヒットした配列との間のアラインメントのScore (bit)
E-value	Swiss-Prot (release 56.9)とのblastx検索で、最高スコアでヒットした配列との間のアラインメントのE-value
Report	UniProtKB/Swiss-Prot(release 56.9) データベースとのblastx検索結果
TrEMBL (release 39.9)	TrEMBL (release 39.9)とのblastx検索の結果
UniProt ID of top hit in TrEMBL	TrEMBL (release 39.9)とのblastx検索で最高スコアでヒットした配列のUniProt ID
Definition	TrEMBL (release 39.9)とのblastx検索で最高スコアでヒットした配列のAccessionとDefinition。TogoDBでは、Uniprotへのリンク。
Align length	TrEMBL (release 39.9)とのblastx検索で、最高スコアでヒットした配列との間のアラインメント長
Score (bit)	TrEMBL (release 39.9)とのblastx検索で、最高スコアでヒットした配列との間のアラインメントのScore (bit)
E-value	TrEMBL (release 39.9)とのblastx検索で、最高スコアでヒットした配列との間のアラインメントのE-value
Report	UniProtKB/TrEMBL (release 39.9) データベースとのblastx検索結果