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このデータベースについて

ダイズトランスクリプトームデータ

データ説明
データ名
ダイズトランスクリプトームデータ
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00238-005
データ内容の説明
ダイズから浸水条件や時間を変えて採取したサンプルから、HiCEP(High-Coverage Expression Profiling)法によってmRNAのシーケンシングを2回行い、クラスタリングを行ったデータ。 2回目のクラスタリングの結果グラフは、TranscriptProf.pdfにまとめられている。
データファイル
データファイル名 :
soybean_transcript.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
1.2 MB
簡易検索URL
https://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/soybean_transcript
データ取得方法

HiCEP(High-Coverage Expression Profiling)法によるシーケンシング

解析方法

クラスタリング

データ件数

29,388件

データ詳細
項目名 項目の説明
Primer

HiCEPプライマーセットの種類(5'末端-3'末端)

Peak No

シーケンサーで同定されたDNA断片のピーク番号

2(0) Height min

サンプル:播種後2日、浸水0日シーケンシングによって得られたピークのうち最小値

2(0) Height max

サンプル:播種後2日、浸水0日シーケンシングによって得られたピークのうち最大値

2.5(0) Height min

サンプル:播種後2.5日、浸水0日(対照群)シーケンシングによって得られたピークのうち最小値

2.5(0) Height max

サンプル:播種後2.5日、浸水0日(対照群)シーケンシングによって得られたピークのうち最大値

2.5(0.5) Height min

サンプル:播種後2.5日、浸水0.5日シーケンシングによって得られたピークのうち最小値

2.5(0.5) Height max

サンプル:播種後2.5日、浸水0.5日シーケンシングによって得られたピークのうち最大値

3(0) Height min

サンプル:播種後3日、浸水0日(対照群)シーケンシングによって得られたピークのうち最小値

3(0) Height max

サンプル:播種後3日、浸水0日(対照群)シーケンシングによって得られたピークのうち最大値

3(1) Height min

サンプル:播種後3日、浸水1日シーケンシングによって得られたピークのうち最小値

3(1) Height max

サンプル:播種後3日、浸水1日シーケンシングによって得られたピークのうち最大値

3.5(0) Height min

サンプル:播種後3.5日、浸水0日(対照群)シーケンシングによって得られたピークのうち最小値

3.5(0) Height max

サンプル:播種後3.5日、浸水0日(対照群)シーケンシングによって得られたピークのうち最大値

3.5(1.5) Height min

サンプル:播種後3.5日、浸水1.5日シーケンシングによって得られたピークのうち最小値

3.5(1.5) Height max

サンプル:播種後3.5日、浸水1.5日シーケンシングによって得られたピークのうち最大値

4(0) Height min

サンプル:播種後4日、浸水0日(対照群)シーケンシングによって得られたピークのうち最小値

4(0) Height max

サンプル:播種後4日、浸水0日(対照群)シーケンシングによって得られたピークのうち最大値

4(2) Height min

サンプル:播種後4日、浸水2日シーケンシングによって得られたピークのうち最小値

4(2) Height max

サンプル:播種後4日、浸水2日シーケンシングによって得られたピークのうち最大値

Size min

シーケンシングによって得られたDNA断片の分子量のうち最小値

Size max

シーケンシングによって得られたDNA断片の分子量のうち最大値

1_Cluster_No

1回目のクラスタリングの結果分類したクラスタ番号(0-31)

2_Cluster_No

1回目のクラスタリングの結果、以下の条件を満たしたものに対して2回目のクラスタリングを行った結果分類したクラスタ番号(1-65)条件:・1回目のクラスタリングにおいてクラスタ31に分類されている・ピークの最大値/最小値 > 3となっている

3_Peak_No

「ダイズオミックスデータ」に収録されたグラフ番号で、対象になるのは以下の条件を満たしたものである条件:浸水したサンプルのピーク値 / 対照群のピーク値 > 20