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SPD
このデータベースについて

データベースの説明

データベース全般
名称
SPD
名称の読み方
エスピーディー
別名
Soybean Proteome Database
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00238-000
作成者
作成氏名
小松 節子*
作成者英名
Setsuko Komatsu
作成者所属
農研機構 次世代作物開発研究センター(作成時)
作成者の文献検索
作成氏名
坂田 克己
作成者英名
Katsumi Sakata
作成者所属
前橋工科大学
作成者の文献検索
連絡先
〒910-8505
福井県福井市学園3丁目6番1号
福井工業大学
環境情報学部 環境・食品科学科
教授 小松節子
TEL/ FAX: 0776-29-2466(直通)
TEL: 0776-29-2620 (大学代表)・内線2154
E-mail:    
データベース分類

プロテオミクス関連
植物データベース-その他の植物

生物種
Taxonomy Name
Arabidopsis thaliana
Taxonomy ID
Taxonomy Name
Glycine max
Taxonomy ID
データベースの説明

Soybean Proteome Databaseは、ゲル使用および不使用のプロテオミクス技術により得られたデータを収録しています。
当データベースの目的は、機能解析のためのプロテオミクス情報を提供することにあります。データの多くはダイズからのものですが、これはダイズが植物油脂とタンパク質を提供する重要な作物でありながら、一方で非生物的ストレスに対して非常に敏感であるためです。
当データベースは元々ポリアクリルアミドゲルを用いた2次元電気泳動によって抽出されたタンパク質のデータ(2D-PAGE、ゲル由来タンパク質データベース)から構成されていました。2015年には、質量分析装置を使って取得したゲル不使用のタンパク質データ(ゲルなしタンパク質データベース)が追加されました。
当データベースは、さらに複数のオミックスデータを統合しています。データベース全体として複数のオミックスの手法で統合されていますので、浸水ストレス下にあるタンパク質を時間の経過によって同定することができます。

データベースの特長・有用性・活用方法

データベースの利用許諾
CC 表示-継承 詳細
予算的背景・プロジェクト
名称
農林水産技術会議事務局筑波産学連携支援センター・バーチャルラボシステム
名称
科研費・基盤研究B・JP15H04445
名称
農研機構・交付金
論文等
文献名
A data resource for plant differential omics.
著者名
Sakata K, Ohyanagi H, Nobori H, Nakamura T, Hashiguchi A, Nanjo Y, Mikami Y, Yunokawa H, Komatsu S
雑誌名/掲載年月/号
J Proteome Res, 8:3539-3548.
データベースのオリジナルサイト情報
データベース運用場所
オリジナルサイト
http://proteome.dc.affrc.go.jp/Soybean/
運用開始年月日
2008/3/5
最終更新年月日
2015/10/5
統括サイト
-
データの一括ダウンロードサイト
-
参照先データベース
-
一覧表示
有り
クエリ検索
有り
Webサービス
無し
WebサービスURL
-
ユーザ登録
無し