データベースの説明

植物データベース-イネ

マイクロアレイ、遺伝子発現

The Rice Expression Database II INAHO（RED II INAHO）は、イネのアブシジン酸とジベレリンの応答性遺伝子の転写プロファイリングを調べるために、60-merのオリゴヌクレオチドマイクロアレイを用いてイネの遺伝子発現を分析したデータベースです。

redii_inaho_experimentテーブルから実験データを取得できます。また、redii_inaho_probeテーブルから特定の遺伝子のためのアクセッション番号を見つけることができます。その後、アレイBLASTの結果に対する様々な実験条件下での発現プロファイルを取得します。
 
文献
Yazaki J, Kishimoto N, Nagata Y, Ishikawa M, Fujii F, Hashimoto A, Shimbo K, Shimatani Z, Kojima K, Suzuki K, Yamamoto M, Honda S, Endo A, Yoshida Y, Sato Y, Takeuchi K, Toyoshima K, Miyamoto C, Wu J, Sasaki T, Sakata K, Yamamoto K, Iba K, Oda T, Otomo Y, Murakami K, Matsubara K, Kawai J, Carninci P, Hayashizaki Y, Kikuchi S.
Genomics approach to abscisic acid- and gibberellin-responsive genes in rice.
DNA Res. 2003 Dec 31;10(6):249-61.
PMID: 15029956
 
Yazaki J, Shimatani Z, Hashimoto A, Nagata Y, Fujii F, Kojima K, Suzuki K, Taya T, Tonouchi M, Nelson C, Nakagawa A, Otomo Y, Murakami K, Matsubara K, Kawai J, Carninci P, Hayashizaki Y, Kikuchi S.
Transcriptional profiling of genes responsive to abscisic acid and gibberellin in rice: phenotyping and comparative analysis between rice and Arabidopsis.
Physiol Genomics. 2004 Apr 13;17(2):87-100.
PMID: 14982972