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生命科学系データベースアーカイブ

RED

ESTデータ

データ説明

info データ名 ESTデータ
info DOI 
info データ内容の説明 

Rice8987 Arrayのクローンの染色体上の位置情報リスト

info データファイル 
データファイル名:
red_est.zip
データのURL:
https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/red/LATEST/red_est.zip
ファイルサイズ:
629 KB
info 簡易検索URL 
info データ取得方法 

-

info 解析方法 

-

info データ件数 

9,216件

データ詳細

項目名項目の説明
Element No(Glass) エレメント番号（アレイglass上の位置情報）
Clone name クローン名
Accession_01 DDBJ アクセッション番号（5'末端）
Accession_02 DDBJ アクセッション番号（3'末端）
Locus name 遺伝子座
Chr type 染色体番号
EST cluster type クラスタータイプ
  • D : クローン配列を直接ゲノムへマッピング
  • G : 類似配列グループの代表クローン配列をゲノムへマッピング
Availability 利用可能かどうか
  • true : 利用可
  • false : 利用不可
3'UTR M /no check PCR産物のチェック結果（3'UTR)
  • 空欄：結果は予測バンド位置と一致
  • no : no band
  • m : multiband
Full insert M /no check PCR産物のチェック結果（Full inserts)
  • 空欄：結果は予測バンド位置と一致
  • no : no band
  • m : multiband
Destination Plate PCRチェックを行う際に使用したDestination Plateの番号
Dplate Pos PCRチェックを行う際に使用したDestination Plate上での位置
Mapped 3'UTR Primer seq (Upper) マップされた3'UTRプライマー配列（Upper）
Mapped 3'UTR Primer seq (Lower) マップされた3'UTRプライマー配列（Lower）
Unmapped 3'UTR Primer seq (Upper) マップされていない3'UTRプライマー配列（Upper）
Unmapped 3'UTR Primer seq (Lower) マップされていない3'UTRプライマー配列（Lower）
Putative Identification クローン配列から推定されたGene Identification