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RED
このデータベースについて

データベースの説明

データベース全般
名称
RED
名称の読み方
-
別名
Rice Expression Database
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00315-000
作成者
作成氏名
菊池尚志
作成者英名
Shoshi Kikuchi
作成者所属
農業生物資源研究所
作成者の文献検索
連絡先
〒305-8602 茨城県つくば市観音台2-1-2 国立研究開発法人 農業生物資源研究所 作物ゲノム研究ユニット 菊池 尚志 E-mail : red address
データベース分類

植物データベース-イネ

データベース分類

マイクロアレイ、遺伝子発現

生物種
Taxonomy Name
Oryza sativa
Taxonomy ID
データベースの説明

The Rice Expression Database(RED)は、イネゲノムプロジェクトの一環として進められたマイクロアレイプロジェクトにおいて、8987ESTアレイを用いて解析さ れた遺伝子発現データを集約したデータベースです。REDは、イネマイクロアレイプロジェクトと他の研究グループによる実験で得られた発現プロファイルか らの生データと正規化されたデータを保持しています。

データベースの特長・有用性・活用方法

特定の研究テーマに興味がある場合、red_subject_infoテーブルから適切な「Research ID」を見つけることができます。その後、選択した研究のための実験データを取得します。
また、red_estテーブルから特定の遺伝子のためのアクセッション番号を見つけることができます。その後、アレイBLASTの結果に対する様々な実験条件下での発現プロファイルを取得します。

データベースの利用許諾
CC 表示-継承 詳細
予算的背景・プロジェクト
名称
遺伝子発現モニタリング手法を用いたイネ・ゲノム有用遺伝子の機能解明(通称:マイクロアレイプロジェクト)(平成11~15年度)
論文等
文献名
Rice Expression Database: the gateway to rice functional genomics
著者名
Junshi Yazaki, Naoki Kishimoto, Masahiro Ishikawa and Shoshi Kikuchi
雑誌名/掲載年月/号
Trends in Plant Science (2002) Dec 7 (12):563-564
外部リンク
データベースのオリジナルサイト情報
データベース運用場所
オリジナルサイト
(運用終了) http://red.dna.affrc.go.jp/RED/
運用開始年月日
2000/10/1
最終更新年月日
-
統括サイト
http://agrid.dna.affrc.go.jp/
データの一括ダウンロードサイト
-
参照先データベース

DDBJ

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有り
クエリ検索
有り
Webサービス
無し
WebサービスURL
-
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無し