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生命科学系データベースアーカイブ

RED

発現データ

データ説明

info データ名 発現データ
info DOI 
info データ内容の説明 

実験で得られた正規化発現データ

info データファイル 
データファイル名:
red_expression.zip
データのURL:
https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/red/LATEST/red_expression.zip
ファイルサイズ:
85.5 MB
info 簡易検索URL 
info データ取得方法 

このテーブルには、Rice 9000 cDNAアレイにハイブリダイズした様々なRNAを用いた実験由来の正規化発現データが含まれています（25個の生理カテゴリーにおける600回超の実験）。実験はイネマイクロアレイプロジェクト、及び、他の研究グループにより行われました。

info 解析方法 

データは、PRIM（processing implementation for microarray）フィルタリング、及び、不均一なセクターを除去するためにスライドガラス上の各スポッティングセクターで行われた「sector median」正規化を含むデータ処理により、正規化されました。すべての発現データは、発現比の値として示されています。

info データ件数 

7,151,065件

データ詳細

項目名項目の説明
Experimental ID Research ID, Round, "C", Control noデータのGroup no,  Control noデータのIntra no, "T", Target noデータのGroup no,  Target noデータのIntra noを '_' でつなげた文字列
Research ID 研究ID（課題番号）
Round ラウンド（第～期）
Control no コントロール・データ
red_sampleテーブルの「Sample number」に対応
Target no ターゲット・データ
red_sampleテーブルの「Sample number」に対応
Element No(Glass) エレメント番号（アレイglass上の位置情報）
EST name EST名
red_estの「Clone name」に対応
Expression value 発現値（正規化された比率平均）