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このデータベースについて

発現データ

データ説明
データ名
発現データ
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00315-005
データ内容の説明
実験で得られた正規化発現データ
データファイル
データファイル名 :
red_expression.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
85.5 MB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/red_expression
データ取得方法

このテーブルには、Rice 9000 cDNAアレイにハイブリダイズした様々なRNAを用いた実験由来の正規化発現データが含まれています(25個の生理カテゴリーにおける600回超の実験)。実験はイネマイクロアレイプロジェクト、及び、他の研究グループにより行われました。

解析方法

データは、PRIM(processing implementation for microarray)フィルタリング、及び、不均一なセクターを除去するためにスライドガラス上の各スポッティングセクターで行われた「sector median」正規化を含むデータ処理により、正規化されました。すべての発現データは、発現比の値として示されています。

データ件数

7,151,065件

データ詳細
項目名 項目の説明
Experimental ID

Research ID, Round, "C", Control noデータのGroup no,  Control noデータのIntra no, "T", Target noデータのGroup no,  Target noデータのIntra noを '_' でつなげた文字列

Research ID

研究ID(課題番号)

Round

ラウンド(第~期)

Control no

コントロール・データred_sampleテーブルの「Sample number」に対応

Target no

ターゲット・データred_sampleテーブルの「Sample number」に対応

Element No(Glass)

エレメント番号(アレイglass上の位置情報)

EST name

EST名red_estの「Clone name」に対応

Expression value

発現値(正規化された比率平均)