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生命科学系データベースアーカイブ

PoSSuM

データベースの説明

データベース全般

info 名称 PoSSuM
info 名称の読み方 ポッサム
info 別名 Pocket Similarity Search using Multiple-Sketches
info DOI 
info 作成者 
作成者氏名:
富井健太郎*
作成者英名:
Kentaro Tomii
作成者所属:
産業技術総合研究所　臨海副都心センター
作成者の文献検索:
info 連絡先 

〒135-0064 東京都江東区青海2-4-7
国立研究開発法人 産業技術総合研究所臨海副都心センター
富井健太郎

info データベース分類 構造データベース-低分子
info データベースの説明 

PoSSuMは、タンパク質上の低分子結合サイトを推定するためのデータベースです。このデータベースにはDrug Search機能もあります。Drug SearchではChEMBLから194の創薬に適した化合物を抽出して、それらの化合物との結合する既知のポケットと、それらのポケットと相同性のあるポケットを推定しています。

info データベースの特長・有用性・活用方法 -
info データベースの利用許諾 -
info 予算的背景・プロジェクト 

科学研究費助成事業（課題番号：23500374）「基質結合部位予測に向けたタンパク質局所構造の高速比較法の開発」
科学研究費助成事業（課題番号：25430186）「データウェアハウスとタンパク質予測情報を組み合わせた創薬標的探索システムの開発」
科学研究費助成事業（課題番号：25293079）「新規エストロゲン受容体活性制御分子の生体機能解明と創薬研究」
文部科学省「創薬等支援技術基盤プラットフォーム」
厚生労働省科研費

info 論文等 
文献名:
PoSSuM v.2.0: data update and a new function for investigating ligand analogs and target proteins of small-molecule drugs.
著者名:
Ito J, Ikeda K, Yamada K, Mizuguchi K, Tomii K.
雑誌名/掲載年月/号:
Nucleic Acids Res. DB issue 2015;43:D392-8.
外部リンク:
 
文献名:
PoSSuM: a database of similar protein-ligand binding and putative pockets.
著者名:
Ito J, Tabei Y, Shimizu K, Tsuda K, Tomii K.
雑誌名/掲載年月/号:
Nucleic Acids Res. DB issue 2012;40:D541-8.
外部リンク:
 
文献名:
PDB-Scale analysis of known and putative ligand binding sites with structural sketches.
著者名:
Ito J, Tabei Y, Shimizu K, Tomii K, Tsuda K.
雑誌名/掲載年月/号:
Proteins 2011;80:747-63.
外部リンク:
 
文献名:
Single Versus Multiple Sorting for All Pairs Similarity Search.
著者名:
Tabei Y, Uno T, Sugiyama M, Tsuda K.
雑誌名/掲載年月/号:
The 2nd Asian Conference on Machine Learning (ACML2010) 2010.
外部リンク:
 

データベースのオリジナルサイト情報

info データベース運用場所 

　

info オリジナルサイト 
info 運用開始年月日 2011/11/01
info 最終更新年月日 2014/10/15
info 統括サイト -
info データの一括ダウンロードサイト -
info 参照先データベース 

PDB, UniProt, ChEMBL, EC, CATH, SCOPe, GO

info 一覧表示 有り
info クエリ検索 有り
info Webサービス 無し
info WebサービスURL -
info ユーザ登録 無し