データベースの説明

データベース全般
名称	PoSSuM
名称の読み方	ポッサム
別名	Pocket Similarity Search using Multiple-Sketches
DOI	10.18908/lsdba.nbdc01144-000
作成者	作成氏名富井健太郎* 作成者英名 Kentaro Tomii 作成者所属産業技術総合研究所　臨海副都心センター作成者の文献検索
連絡先	〒135-0064 東京都江東区青海2-4-7 国立研究開発法人産業技術総合研究所臨海副都心センター富井健太郎
データベース分類	構造データベース-低分子
データベースの説明	PoSSuMは、タンパク質上の低分子結合サイトを推定するためのデータベースです。このデータベースにはDrug Search機能もあります。Drug SearchではChEMBLから194の創薬に適した化合物を抽出して、それらの化合物との結合する既知のポケットと、それらのポケットと相同性のあるポケットを推定しています。
データベースの特長・有用性・活用方法
データベースの利用許諾	CC 表示-継承詳細
予算的背景・プロジェクト	科学研究費助成事業（課題番号：23500374）「基質結合部位予測に向けたタンパク質局所構造の高速比較法の開発」科学研究費助成事業（課題番号：25430186）「データウェアハウスとタンパク質予測情報を組み合わせた創薬標的探索システムの開発」科学研究費助成事業（課題番号：25293079）「新規エストロゲン受容体活性制御分子の生体機能解明と創薬研究」文部科学省「創薬等支援技術基盤プラットフォーム」厚生労働省科研費
論文等	文献名 PoSSuM v.2.0: data update and a new function for investigating ligand analogs and target proteins of small-molecule drugs. 著者名 Ito J, Ikeda K, Yamada K, Mizuguchi K, Tomii K. 雑誌名/掲載年月/号 Nucleic Acids Res. DB issue 2015;43:D392-8. 外部リンク文献名 PoSSuM: a database of similar protein-ligand binding and putative pockets. 著者名 Ito J, Tabei Y, Shimizu K, Tsuda K, Tomii K. 雑誌名/掲載年月/号 Nucleic Acids Res. DB issue 2012;40:D541-8. 外部リンク文献名 PDB-Scale analysis of known and putative ligand binding sites with structural sketches. 著者名 Ito J, Tabei Y, Shimizu K, Tomii K, Tsuda K. 雑誌名/掲載年月/号 Proteins 2011;80:747-63. 外部リンク文献名 Single Versus Multiple Sorting for All Pairs Similarity Search. 著者名 Tabei Y, Uno T, Sugiyama M, Tsuda K. 雑誌名/掲載年月/号 The 2nd Asian Conference on Machine Learning (ACML2010) 2010.
データベースのオリジナルサイト情報
データベース運用場所	産業技術総合研究所　人工知能研究センター
オリジナルサイト	http://possum.cbrc.jp/PoSSuM/index.html
運用開始年月日	2011/11/01
最終更新年月日	2014/10/15
統括サイト	-
データの一括ダウンロードサイト	-
参照先データベース	PDB, UniProt, ChEMBL, EC, CATH, SCOPe, GO
一覧表示	有り
クエリ検索	有り
Webサービス	無し
WebサービスURL	-
ユーザ登録	無し