LigandBox
このデータベースについて
データベースの説明
| データベース全般 | |||||||||||||
名称
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LigandBox
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名称の読み方
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リガンドボックス | ||||||||||||
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別名
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LIGANDs Data Base Open and eXtensible | ||||||||||||
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DOI
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10.18908/lsdba.nbdc00551-000.V004 |
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バージョン
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作成者
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作成氏名
福西 快文*   
作成者英名
Yoshifumi Fukunishi
作成者所属
産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター
作成者の文献検索
作成氏名
川端 猛
作成者英名
Takeshi Kawabata
作成者所属
大阪大学 蛋白質研究所
作成者の文献検索
作成氏名
杉原 祐介
作成者英名
Yusuke Sugihara
作成者所属
株式会社 富士通九州システムズ
作成氏名
酒井 広太
作成者英名
Kohta Sakai
作成者所属
株式会社 富士通九州システムズ
作成者の文献検索
作成氏名
楠戸 寛
作成者英名
Hiroshi Kusudo
作成者所属
株式会社 日立ソリューションズ東日本
作成者の文献検索
作成氏名
三上 義明
作成者英名
Yoshiaki Mikami
作成者所属
株式会社 日立ソリューションズ東日本
作成者の文献検索
作成氏名
真下 忠彰
作成者英名
Tadaaki Mashimo
作成者所属
株式会社 情報数理バイオ
作成者の文献検索
作成氏名
中村 春木
作成者英名
Haruki Nakamura
作成者所属
大阪大学 蛋白質研究所
作成者の文献検索
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連絡先
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https://www.mypresto5.jp/contact/ | ||||||||||||
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データベース分類
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構造データベース-低分子 |
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データベースの説明
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LigandBoxは、計算機によるバーチャルスクリーニング用の低分子化合物のデータベースです。それぞれの化合物は、水素原子を含む全原子の３次元座標と原子電荷の情報が含まれており、すぐにドッキング計算に使用できるようになっています。
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データベースの特長・有用性・活用方法
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薬物スクリーニング（構造ベース・リガンドベース）、薬物ドッキング、ケモインフォマティクスなどに使用できます。 分子構造は、水素原子を含む3次元構造のSybyl mol2ファイルであり、原子電荷はMOPAC AM1-BCCであるため、そのまま論文レベルのMD計算にも使用できます。溶解度・脂溶性などの物性値（予測値）が各分子に付加されており、実験に不適な分子を除外しやすい。実験で利用する場合に、キーがベンダーのIDであり入手しやすく、在庫率も高い。 |
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データベースの利用許諾
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CC 表示-継承 詳細 | ||||||||||||
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予算的背景・プロジェクト
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バイオ産業情報化コンソーシアム(JBIC)が実施した以下のプロジェクト
・生体高分子立体構造情報解析(<a href="http://www.jbic.or.jp/enterprise/developer/012.html">http://www.jbic.or.jp/enterprise/developer/012.html</a>)
・創薬加速に向けたタンパク質構造解析基盤技術開発(<a href="http://www.jbic.or.jp/enterprise/developer/003.html">http://www.jbic.or.jp/enterprise/developer/003.html</a>)
・ITを活用した革新的医薬品創出基盤技術開発(<a href="http://www.jbic.or.jp/enterprise/developer/017.html">http://www.jbic.or.jp/enterprise/developer/017.html</a>)
NEDOおよび経済産業省による開発支援、次世代天然物化学技術研究組合が実施した以下のプロジェクト
・次世代治療・診断実現のため創薬基盤技術開発事業(<a href="https://www.amed.go.jp/program/list/06/01/005.html">https://www.amed.go.jp/program/list/06/01/005.html</a>)
AMED: 国立研究開発法人日本医療研究開発機構による開発支援
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論文等
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文献名
LigandBox : a database for 3D structures of chemical compounds.
著者名
Kawabata,T., Sugihara, Y., Fukunishi, Y., Nakamura, H.
雑誌名/掲載年月/号
BIOPHYSICS,9,113-121.
外部リンク
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| データベースのオリジナルサイト情報 | |||||||||||||
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データベース運用場所
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オリジナルサイト
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http://www.mypresto5.com/ligandbox/cgi-bin/index.cgi?LANG=ja | ||||||||||||
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運用開始年月日
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最終更新年月日
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2018/08/13 | ||||||||||||
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統括サイト
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データの一括ダウンロードサイト
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参照先データベース
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PDB,KEGG |
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一覧表示
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無し | ||||||||||||
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クエリ検索
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有り | ||||||||||||
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Webサービス
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無し | ||||||||||||
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WebサービスURL
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ユーザ登録
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無し | ||||||||||||