データベース全般 | |||||||||||||
 名称 | LigandBox | ||||||||||||
| 名称の読み方 | リガンドボックス | ||||||||||||
| 別名 | LIGANDs Data Base Open and eXtensible | ||||||||||||
| DOI | 10.18908/lsdba.nbdc00551-000.V004 | ||||||||||||
| バージョン |
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| 作成者 | |||||||||||||
| 連絡先 | |||||||||||||
| データベース分類 | 構造データベース-低分子 | ||||||||||||
| データベースの説明 | LigandBoxは、計算機によるバーチャルスクリーニング用の低分子化合物のデータベースです。それぞれの化合物は、水素原子を含む全原子の３次元座標と原子電荷の情報が含まれており、すぐにドッキング計算に使用できるようになっています。 | ||||||||||||
| データベースの特長・有用性・活用方法 | 薬物スクリーニング（構造ベース・リガンドベース）、薬物ドッキング、ケモインフォマティクスなどに使用できます。 分子構造は、水素原子を含む3次元構造のSybyl mol2ファイルであり、原子電荷はMOPAC AM1-BCCであるため、そのまま論文レベルのMD計算にも使用できます。溶解度・脂溶性などの物性値（予測値）が各分子に付加されており、実験に不適な分子を除外しやすい。実験で利用する場合に、キーがベンダーのIDであり入手しやすく、在庫率も高い。 | ||||||||||||
| データベースの利用許諾 | - | ||||||||||||
| 予算的背景・プロジェクト | バイオ産業情報化コンソーシアム(JBIC)が実施した以下のプロジェクト | ||||||||||||
| 論文等 | |||||||||||||
データベースのオリジナルサイト情報 | |||||||||||||
| データベース運用場所 | |||||||||||||
| オリジナルサイト | http://www.mypresto5.com/ligandbox/cgi-bin/index.cgi?LANG=ja | ||||||||||||
| 運用開始年月日 | - | ||||||||||||
| 最終更新年月日 | 2018/08/13 | ||||||||||||
| 統括サイト | - | ||||||||||||
| データの一括ダウンロードサイト | - | ||||||||||||
| 参照先データベース | PDB,KEGG | ||||||||||||
| 一覧表示 | 無し | ||||||||||||
| クエリ検索 | 有り | ||||||||||||
| Webサービス | 無し | ||||||||||||
| WebサービスURL | - | ||||||||||||
| ユーザ登録 | 無し | ||||||||||||
