PDB化合物データ

データ説明

データ名

PDB化合物データ

DOI

10.18908/lsdba.nbdc00551-005.V004

バージョン

V4	10.18908/lsdba.nbdc00551-005.V004	更新履歴
V3	10.18908/lsdba.nbdc00551-005.V003	更新履歴
V2	10.18908/lsdba.nbdc00551-005.V002	更新履歴
V1	10.18908/lsdba.nbdc00551-005.V001	-

データ内容の説明

PDBに含まれる化合物データです。Mol2フォーマットで１つのファイルに記載されています。また、Mol2フォーマットからSDFファイルを作成しました。Mol2フォーマットの中のコメント部分を別途CSVファイルとしてまとめています。これは簡易検索で検索することができます。

データファイル

データファイル名:

PDB_Single.mol2.gz （Mol2 フォーマット）

データのURL:

https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/ligandbox/LATEST/PDB_Single.mol2.gz

ファイルサイズ:

31MB

データファイル名:

PDB_Multiple.mol2.gz （Mol2 フォーマット）

データのURL:

https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/ligandbox/LATEST/PDB_Multiple.mol2.gz

ファイルサイズ:

102MB

データファイル名:

PDB_Single.sdf.gz （SDF フォーマット）

データのURL:

https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/ligandbox/LATEST/PDB_Single.sdf.gz

ファイルサイズ:

30MB

データファイル名:

PDB_Multiple.sdf.gz （SDF フォーマット）

データのURL:

https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/ligandbox/LATEST/PDB_Multiple.sdf.gz

ファイルサイズ:

66GB

データファイル名:

ligandbox_pdb.zip（CSVフォーマット）

データのURL:

https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/ligandbox/LATEST/ligandbox_pdb.zip

ファイルサイズ:

3.3MB

簡易検索URL

https://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/ligandbox_pdb

データ取得方法

PDB

解析方法

データ件数

25,276件

データ詳細

項目名	項目の説明
LIGANDBOX_ID	LigandBox内のID
SINGLE	single conformerとして抽出された場合は"true"そうでなければ"false"
SOURCE	データ提供元
IDNUMBER	データ提供元におけるID
MOLECULAR_FORMULA	分子式
MOLECULAR_WEIGHT	分子量
MOLECULAR_CHARGE	分子総電荷
NUM_OF_DONOR	水素結合ドナー原子数
NUM_OF_ACCEPTOR	水素結合アクセプタ原子数
NUM_OF_CHIRAL_ATOMS	光学活性中心原子数
TPSA	トポロジカル極性表面積
HOMO	最高被占軌道エネルギー値
LUMO	最低空軌道エネルギー値
LOGP	分配係数
LOGS	水に対する溶解度
INCHI	InChI
INCHI_KEY	InChIKey
MOL2_FILE	当該エントリのmol2ファイルのURL
SDF_FILE	当該エントリのsdfファイルのURL

- あのデータベースが、丸ごとダウンロード可能に！-