このデータベースについて
Genotype Data (Phase III)
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データ名
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Genotype Data (Phase III) | ||||||||||||||||||
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DOI
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10.18908/lsdba.nbdc00036-006 |
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データ内容の説明
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D3（Phase III）の遺伝子型データ（876K SNP、87サンプル分）。 基本的にはKukita et al. (2010)記載の通りに作成されているが、論文のQCはより厳しくさらに２サンプル（CHM010とCHM035)が排除されている。ダウンロードデータにはコピー数多型（CNV）は含まれていない。 | ||||||||||||||||||
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データファイル
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データファイル名 :
mole_info_DhaploD3.txt.gz
データのURL :
ファイルサイズ :
23.8MB
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簡易検索URL
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データ取得方法
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Affymetrix SNP 6.0 arrays によるジェノタイピング |
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解析方法
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全胞状奇胎(CHM)100検体をAffymetrix SNP 6.0 arrays でジェノタイピングした。アノテーションにはゲノム参照配列 NCBI Build36 を使用した。Kukita et al.(2010)に記載の方法に従って、蛍光シグナル比(log2R)が低値であったSNP、CNV解析により欠失領域にあると判定されたSNP、およびヘテロと判定されたSNPをノーコールに変換した。このあとサンプルコール率およびSNPコール率によるQCを行い最終的に87CHMについての876KSNPのタイピング結果を取得した。 |
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データ件数
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876,399件 |
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| データ詳細 | |||||||||||||||||||
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